Jaces Abreise mit Valentine sorgt für Aufregung im Institut. Die Ankunft von Victor Aldertree verhindert derweil den Rettungsplan für Jace. Jocelyn erwacht unterdessen und versucht, auf den neuesten Stand gebracht zu werden.

Alec und Isabelle fackeln auf der Suche nach Jace nicht lange, nachdem der Clave einen Tötungsbefehl ausgegeben hat.

Jaces Situation verschlimmert sich, als er zum Ziel des New Yorker Wolfsrudels wird, das ihn für einen Mörder hält.

Jace (Dominic Sherwood) wartet auf seine Verhandlung in der City of Bones. An anderer Stelle kämpft Clary (Katherine McNamara) gegen einen Dämon, der das Institut von Alec (Matthew Daddario) und Isabelle (Emeraude Toubia) terrorisiert. Jocelyn (Maxim Roy) konfrontiert Clary mit einem Vorschlag. Raphael (David Castro) und Simon (Alberto Rosende) verschärfen ihre Jagd nach Camille (Kaitlyn Leeb).

Jeder der Shadowhunter geht mit dem kürzlichen Angriff auf das Institut anders um. Simon zieht zurück nach Hause, findet es allerdings nicht einfach, sein neues Leben zu führen, während seine Familie ihn umgibt.

Um Informationen über Valentines Plan zu erhalten, werden Isabelle (Emeraude Toubia) und Clary (Katherine McNamara) zu den Iron Sisters geschickt. Simon (Alberto Rosende) und Maia werden damit beauftragt den immer noch verschwundenen Luke (Isaiah Mustafa) zu finden. Magnus (Harry Shum Jr.) und Alec (Matthew Daddario) haben ihr erstes Date.

Clary und Luke streiten sich wegen Cleo, die hinsichtlich des jüngsten Angriffs ihre Unschuld beteuert. Simon bekommt derweil Datingtipps aus unerwarteter Quelle, während Isabelle einen gefährlichen Pfad betritt.

Alec hat den Auftrag, die Runenzeremonie seines Bruders Max zu organisieren. Diese Gelegenheit ergreift er, um seiner Familie Magnus vorzustellen.

Clary hat mit der Feindseligkeit der Unterweltler und der Aktivierung von Iris' Bluteid zu kämpfen. Isabelle und Raphael kommen sich indes näher.

Als Valentine seinen Plan für das Seelenschwert durchzieht, gehen die Shadowhunter schnell vor, um die Unterwelt zu sichern, doch Clarys Leben ist in Gefahr.

Alle widmen sich den Nachwirkungen des Soul Sword-Angriffs auf das Institut.

Clary (Katherine McNamara) fühlt sich mit der Entscheidung zwischen Jace (Dominic Sherwood) und Simon (Alberto Rosende) unter Druck gesetzt.

Sebastian (Will Tudor) befreit seinen Vater aus dem Gefängnis.

Simon bittet Isabelle (Emeraude Toubia) um Hilfe.

Die Leiter des Instituts fürchten, den Aufstieg eines Unterweltlers als Shadowhunters in alarmierender Folge sterben.

Alec (Matthew Daddario) hat große Pläne, um eine Allianz mit der Downworld zu schmieden, während Jace (Dominic Sherwood) und Clary (Katherine McNamara) zu Queen Seelie zitiert werden.

Simon ( Alberto Rosende) folgt einer dunklen Spur, während sich Alec (Matthew Daddario) und das Team darauf vorbereiten, Valentine (Alan van Sprang) zu transportieren.

Weil zwei der drei tödlichen Instrumente vermisst werden, versucht jeder den letzten zu finden - der tödliche Spiegel. Jace (Dominic Sherwood) und Clary (Katherine McNamara) sind auf der Jagd danach und wollen es als erstes finden, sodass der Spiegel nicht in gegnerische Hände fällt. Auf dem Weg bemerkt Clary jedoch, dass ihr Bruder Jonathan näher sein könnte als gedacht. Währenddessen fällt es Isabelle (Emeraude Toubia) nicht leicht zu akzeptieren, dass ihr kleiner Bruder Max (Jack Fulton) langsam erwachsen wird und Maia (Alisha Wainwright) kämpft damit, mit Simon (Alberto Rosende) klarzukommen.

Nach einem verheerenden Angriff auf das Institut ist jeder alarmiert als sich die Shadowhunter zusammentun und sich auf die Jagd nach Jonathan begeben. Währenddessen helfen Simon (Alberto Rosende) und Maia (Alisha Wainwright) einem Neuen in der Unterwelt während die Seelie Königin (Lola Flanery) eine Antwort von Magnus (Harry Shum Jr.) und Luke (Isaiah Mustafa) erzwingt.

Nach Jahrhunderten von Misshandlung und Lügen der The Clave gegenüber den Downworlders, entscheiden die Downworlders sich zusammenzuschließen und die Sache selbst in die Hand zu nehmen während die Jagd nach Valentine und Sebastian sich verstärkt. Die Downworlders Entscheidung sich von den Shadowhunters zu trennen, könnte schnell zu einem Krieg eskalieren.

Jace (Dominic Sherwood) und Clary (Katherine McNamara) eilen, um den letzten Widerstand zu leisten. Ein Verräter wird offenbart und Jace und Clary stehen vor einem größeren Kampf als erwartet. Währenddessen müssen Alec (Matthew Daddario) und Izzy (Emeraude Toubia) gegen eine Horde von Dämonen kämpfen und Luke (Isaiah Mustafa) und Simon (Alberto Rosende) machen sich auf den Weg zum Seelie Gericht, um ein unerledigtes Geschäft mit der Seelie Königin zu klären.