Het leven van Clary Fray staat op zijn kop als ze ontdekt dat ze een Shadowhunter is en deel uitmaakt van een verborgen wereld waar bijna oorlog uitbreekt.

Clary en haar nieuwe Shadowhunter vrienden zijn vastbesloten om haar verloren herinneringen terug te vinden en schakelen de mysterieuze Silent Brothers in.

Nadat Simon is ontvoerd door de vampiersclan in New York, wordt Clary door Jace getraind zodat ze mee kan tijdens de reddingsmissie.

Clary roept de hulp in van de mysterieuze tovenaar Magnus Bane om de demon op te roepen die haar herinneringen heeft gestolen. Er wordt een geheim onthuld over Alec.

Luke is gewond en moet vechten voor zijn leven. Hij vertelt Clary over het geheime verleden dat hij deelt met Jocelyn en Valentine.

De Shadowhunters weten waar de Mortal Cup verborgen is, maar een politiebureau vol verdachte mensen en van gedaante verwisselende gemonen staat ze in de weg.

Clary denkt erover om Simon te doen herrijzen als vampier. Bij het Instituut dwingt de komst van de door de Clave gezonden Lydia Branwell Alec om een offer te brengen.

Niet alle Shadowhunters zijn het eens met het besluit van Lydia om Meliorn te verhoren in de City of Bones. Simon probeert zijn nieuwe krachten onder controle te krijgen.

Clary kan via een portal direct naar Valentine toe, maar eerst moet ze door een rustige, alternatieve werkelijkheid waarin Shadowhunters niet meer nodig zijn.

Clary en Jace gaan samenwerken met Michael Wayland, de dood gewaande vader van Jace, om Jocelyn te redden van Valentine, maar Clary vertrouwt Wayland niet.

Alec worstelt met zijn gevoelens voor Magnus. Clary en Jace komen voor een verrassing te staan wanneer ze de betoverde Jocelyn willen helpen.

Clary moet haar moeder wakker maken en daarvoor roept ze de hulp in van een voormalige vijand. Jace houdt zich bezig met het verraad van Hodge en voert een mentale strijd.