セカンド･シーズン第１話。ルシファーは、母親が地獄から逃げ出したことに気を取られながらも、女優のスタンドイン殺害事件についてクロエと捜査する。そんな中、新任監察医のエラが登場し、クロエはルシファーへの信頼が試される。一方、ルシファーとともにメイズの不在に対処しようとするアメナディエルは、ルシファーの激しい一面をコントロールしようとしていた。

ルシファーの母親シャーロットが、恐ろしい殺人現場に居合わせる。シャーロットは、自分は無実だと言い張るが、ルシファーはそんな母親の主張には懐疑的だ。シャーロットを一人にしてはいけないと思ったルシファーは、“彼女を傷つけてはならない”という条件付きで、メイズにシャーロットの見張りを指示し、クロエとともに事件の捜査に当たるのだった。

インターネット上に残虐な殺人に関する動画がアップロードされ、ルシファーとクロエはその事件を捜査する。そして、新たな映像がアップロードされると、２人はそれが連続殺人鬼によるものだと気づく。一方、ルシファーの母親がシャーロット・リチャーズとしてふたたび姿を現す。力を失い始めていることに葛藤するアメナディエルは、ドクター･リンダと会う約束を取り付ける。

ロサンゼルスに移住してきた２人の若き女性が毒殺され、死体で発見される。クロエとルシファーは、事件の犯人を捜そうと奔走する。一方、メイズはクロエに“飲みにいこう”と誘う。クロエは、彼女が自分を友人として誘ってくれたのだと思っているが、実はメイズが誘ったのはルシファーとの取り決めがあったからだ。その後、メイズとクロエは衝撃的な決断をする。

大ファンだったアクション･スターのウェズリー・キャボットが殺害され、ルシファーは全力を挙げて捜査に当たろうとする。始めは、キャボットの昔からのライバル、ロルフ・ヴァン・ザントが容疑者だったが、捜査を進めていくうちに他の人物の名前が浮上する。一方、ルシファーの弟ウリエルがやって来て、アメナディエルは、自分が力を失っているのだと告白することになる。ルシファーとウリエルは、クロエや自分たちの母親のことでけんかしてしまう。

罪悪感にさいなまれ自暴自棄になっているルシファーは、捜査中にクロエと衝突してしまう。そのため、クロエはダンと組むことになる。一方アメナディエルは、シャーロットとの距離を縮めていく。メイズはトクリクシーを連れて、お菓子をねだる“トリック･オア･トリート”に行く。

クロエの父親を殺した罪に問われていた受刑者が殺され、事件に関する新たな証拠が見つかったため、受刑者が誰かに陥れられて殺人罪を被った可能性が示唆される。一方、メイズは仕事を探そうとする。そしてルシファーは“普通”であることを学ぶため、ダンについて回るのだった。

アズラエルの剣がある人物によって盗まれたことが発覚し、ルシファーは、地域のヨガスタジオが凶暴な連続刺傷事件と関係していることにすぐさま気づく。クロエが殺人事件の捜査を続ける中、ルシファーは、これ以上被害者を出さないようエラに協力を仰ぎ、剣の在りかを突き止めようとする。

ラックスが入っているビルのオーナーが殺害され、ルシファーとクロエは犯人を捜し出そうとする。一方、新たなオーナーはルシファーたちを立ち退かせ、ビルを取り壊そうとしていた。ルシファーはそれを食い止めようと必死になるが、その最中にクロエが自分の味方についたことに驚きを隠せない。また、メイズとアメナディエルはシャーロットを尾行する。シャーロットは、ルシファーを動揺させ、彼が地球を去って天国へ戻りたくなるような計画を企んでいた。

シャーロットは、ルシファーが確実に地球から去るよう、彼をクロエと敵対させようとする。一方アメナディエルは、シャーロットの手下として行動するようになり、メイズは彼が本当は誰の味方なのか疑問に思うのだった。

ルシファーとクロエは覆面を被った謎の殺人鬼について捜査する。この殺人鬼は大学生を毒殺していた。そして、ついに待望のキスを交わしたルシファーとクロエは、この新たな関係が何なのかをはっきりさせようとする。一方シャーロットは、ドクター･リンダに会いに行き、ある際どい問題について助言を求めていた。

博士が生み出した毒への解毒剤を見つけ出すため、ルシファーは地獄へ行って博士の魂を捜す。だが、そこでルシファーは、ウリエルの死への罪悪感と向き合うことを強いられる。シャーロットは、そんな彼をこの世に連れ戻すため地獄に向かうが、ルシファーは新たな事実を知ったため、両親に裏切られたという気持ちが存在したままだった。

クロエが命を落としかけてから２週間後。ルシファーは、家族とも警察との連絡もすべてを絶って行方をくらましていたが、新進気鋭のギタリスト殺害事件の捜査が始まったところで、再びみんなの前に姿を現す。ルシファーは、新たな恋愛関係を持つキャンディという、謎の女性ストリッパーをみんなに紹介する。ルシファーの母親が必死に息子と接触しようとする中、クロエはルシファーと距離を置こうとする。ルシファーは、以前のようにチームから迎え入れられるため、何とかして自分の誠意を証明しようとする。

ルシファーの家族が無事に地獄へ戻るためには炎の剣を使うしかないことが明らかになり、ルシファーは今まで出来たためしのないことを成し遂げなければならなくなる。剣を燃え立たせるために、自分の感情をコントロールすることだ。一方、クロエは自分自身の感情をさらけ出したくなる。また一流私学の学校経営者とセラピストが殺害され、ルシファーたちは捜査に当たることになる。

精神科病院で恐ろしい殺人事件が起こり、主要容疑者が自身のことを“神”と名乗っていた。この男が本当の父親である可能性に気づいたルシファーは、父親に対する気持ちが複雑になりながらも真相を知ろうとする。またルシファーは、それと並行して殺人事件の真犯人も突き止めようとする。

炎の剣一部を持っていた男が殺害され、その剣の一部もなくなってしまう。シャーロットはクロエとルシファーとともに捜査に当たり、犯人を捜し出そうとする。だが、ルシファーが脇に追いやられると、メイズは、危機に立たされているドクター･リンダのキャリアを守ろうという話をルシファーに持ち掛ける。また、メイズは、ルシファーが隠している秘密について問いただす。

シャーロットは自己防衛の際に誤って男を焼いてしまい、ルシファーは、その真相をクロエから隠し通そうとする。ルシファーは、最近の出来事から行方をくらましたシャーロットとアメナディエルがどこにいるのか、メイズに居場所を突き止めさせようとする。カチカチ動く時限爆弾のような“シャーロット”という問題の解決方法を見つけ出そうとルシファーが奔走する、セカンド･シーズン最終話。