3x3 Ulls narra les aventures de Yakumo Fujii, un estudiant japonès a qui Pai, l'última supervivent d'una raça de persones immortals amb tres ulls, converteix en el seu servent immortal per salvar-li la vida. Tots dos comencen la recerca d'un objecte màgic que els permeti convertir-se en humans normals i corrents.

主人公藤井八云本来是一个普通的高中生，他的父亲是一个研究妖怪的民俗学家，已经失踪四年多。1987年的一天，八云在东京新宿的大街上突然遇到一位身着虎皮、手拿龙头拐杖的邋遢女孩。该女孩带来了他父亲藤井教授的遗骨和遗书。原来，这个女孩叫做佩（帕凡提四世，形象源自印度教女神雪山神女，为湿婆之妻），是神秘的种族三只眼吽迦罗的最后残存者，拥有不老不死的力量，但是却希望能够舍去力量、变成人类。

起初，八云对于父亲委托他帮助佩去香港寻找变成人类的方法非常不满，但是随后就被发狂的妖怪橐蜚邑（人面独脚鸟）袭击，在濒临死亡之时，佩使用了不老不死之术将八云变成了自己的无（无），救回了八云的性命。从此之后，只要佩不死亡，八云即使被打成尘埃，也能复原。

变成无之后的八云，在一开始难以被常人接受，同时又受到黑暗中想要得到三只眼的力量的妖怪们的多次袭击，终于决定离开原来的学校，和佩一起专心去寻找变成人类的方法。在这个过程中，他们遇到了形形色色的朋友和敌人，发现黑暗中妖怪们的领袖鬼眼王和他的无──“龙皇”贝纳雷斯。鬼眼王在三百年前被封印，现在贝纳雷斯正在寻找复活鬼眼王的方法，而鬼眼王的目的是要毁灭这个世界……

主人公藤井八雲本來是一個普通的高中生，他的父親是一個研究妖怪的民俗學家，已經失蹤四年多。1987年的一天，八雲在東京新宿的大街上突然遇到一位身著虎皮、手拿龍頭拐杖的邋遢女孩。該女孩帶來了他父親藤井教授的遺骨和遺書。原來，這個女孩叫做佩（帕凡提四世，形象源自印度教女神雪山神女，為濕婆之妻），是神祕的種族三隻眼吽迦羅的最後殘存者，擁有不老不死的力量，但是卻希望能夠捨去力量、變成人類。

起初，八雲對於父親委託他幫助佩去香港尋找變成人類的方法非常不滿，但是隨後就被發狂的妖怪橐蜚邑（人面獨腳鳥）襲擊，在瀕臨死亡之時，佩使用了不老不死之術將八雲變成了自己的无（無），救回了八雲的性命。從此之後，只要佩不死亡，八雲即使被打成塵埃，也能復原。

變成无之後的八雲，在一開始難以被常人接受，同時又受到黑暗中想要得到三隻眼的力量的妖怪們的多次襲擊，終於決定離開原來的學校，和佩一起專心去尋找變成人類的方法。在這個過程中，他們遇到了形形色色的朋友和敵人，發現黑暗中妖怪們的領袖鬼眼王和他的无──「龍皇」貝納雷斯。鬼眼王在三百年前被封印，現在貝納雷斯正在尋找復活鬼眼王的方法，而鬼眼王的目的是要毀滅這個世界……。

The story of a young man named Yakumo Fuuji, who through a strange series of events becomes the immortal slave of the last of a race of 3 Eyed immortals. The immortal absorbs his soul to save his life, making him immortal in the process. Now, he begins a journey with the female immortal in an attempt to find a way of becoming human. Of course, there are many complications along the way, not the least of which being that the immortal is a female with a split personality, one achingly cute and the other being no-nonsense destructive power, and the romances that develop between.

Yakumo Fudji, est un étudiant comme les autres, jusqu'au jour où il fait la rencontre de Pai, une fille très spéciale, dotée de pouvoirs magiques. Yakumo est mortellement blessé, Pai fait alors de lui son Wu, son protecteur, qui jusqu'à la mort de son maître obtient la grâce de la vie éternelle et de l'invulnérabilité.

Ainsi ils partent à la quête du peuple des Seimas, le peuple de Pai.

Pai è l'ultima discendente dei Sanzhiyan Hum Kara, l'antico popolo dei triclopi, detentore del segreto dell'eterna giovinezza ed immortalità. La ragazza è alla ricerca del modo per diventare un essere umano.

La storia si apre in Tibet, dove il morente professor Fuji promette a Pai che suo figlio Yakumo l'aiuterà a realizzare il suo compito. Quando però Pai arriva in Giappone e riesce fortuitamente a trovare il ragazzo, Yakumo viene ucciso da Takuhi, un demone al servizio di Pai ma di cui lei perde il controllo. A Pai resta un solo modo per impedire all'anima di Yakumo di raggiungere l'aldilà: assimilarla e fare di lui il proprio Wu, il suo guardiano immortale.

Da quel momento in poi la vita dei due sarà legata a doppio filo: Pai è ricercata da tutti i demoni che vogliono diventare immortali e se lei morisse morirebbe anche Yakumo. Riuscirà Yakumo con le sue sole forze a proteggerla? E soprattutto esiste ancora il modo per diventare umani?

普通の高校生・藤井八雲。ある時彼は「三只眼吽迦羅（さんじやんうんから）」と呼ばれる妖怪の少女・パイと出会い、彼女と同様に不死人『无（ウー）』となってしまう。 だが、不老不死の体は永遠の寿命のためにやがて無気力無関心無感動となってしまうため、2人は人間となるために冒険の旅に出る。

가족을 돌보지 않고 삼지안 운가라의 전설을 쫓아 세계를 방랑하는 후지이 교수의 아들 후지이 야크모. 가족을 소홀히 한 아버지를 원망하며 혼자서 어렵게 살아가고 있던 야크모는 어느날 길에서 우연치 않게 외국인 소녀를 스쿠터로 치일 뻔 하는 사고를 겪게 된다. 공교롭게도 그 소녀는 야크모를 찾아서 티벳에서부터 일본까지 온 파이라는 인물로, 후지이 교수의 유골과 그가 남긴 편지를 야크모에게 건낸다. 편지에는 파이가 후지이 교수 자신이 그토록 찾아 헤매던 삼지안 운가라족의 생존자라는 것, 그리고 그녀를 부탁한다는 내용이었다. 삼지안은 인간과는 다른 요괴 종족으로 신비한 힘을 쓸 수 있는 종족이다. 인간이 되기를 원하는 파이를 위해 후지이 교수는 야크모에게 파이를 도와줄 것을 유언으로 남겼는데...

Pai é o último dos Sanjiyan, uma raça mágica de criaturas de 3 olhos, e ela vem em busca do estudante yakumo do ensino médio de Tóquio com a notícia da morte de seu pai e esperanças de se tornar humano. Após um acidente fatal, Pai é forçado a absorver a alma de Yakumo para impedi-lo de morrer, tornando-o uma criatura morta-viva amarrada a ela. Sua jornada para tornar Pai humano torna-se complicada com forças obscuras que procuram detê-los, especialmente quando a natureza mais cruel de Pai emerge...

Якумо Фудзии, как обычно, обычный школьник, правда, его папаша слишком увлечен археологией и уже давно не кажет носа в Токио. Якумо не унывает, он сам прекрасно со всем справляется, учится в старшей школе, а по вечерам подрабатывает официанткой в баре для трансвеститов. Внезапно, в его жизнь врывается Пай – робкая девочка с Тибета, которая передает ему завещание отца – помочь ей найти волшебную статуэтку и… стать человеком. Оказывается, Пай – последняя из сандзян, могущественной расы, наделенной удивительными магическими способностями и третьим глазом. Конец пришел мирной жизни Якумо. Во-первых, он хочет помочь Пай, во-вторых, в Пай уживаются две личности, милой девушки, которая ему нравится, и высокомерной сандзян. В третьих, так получилось, что жизни Якумо и бессмертной сандзян теперь связаны, и снова стать смертным он сможет только если сандзян станет человеком… начинаются поиски волшебной статуэтки и прошлого Пай.

3×3 Ojos sigue las aventuras de Pai, la última de los Sanjiyan Unkara, una raza de seres inmortales y eternamente jóvenes. Pai tendrá como compañero a Yakumo quien al morir al poco tiempo de conocerla, se convertirá en su Wu o compañero inmortal. En esta búsqueda, encontrarán a muchos servidores del ahora muerto rey demonio Kaiyanwang, quienes no perderán oportunidad para intentar asesinar a Pai, o quedarse con sus poderes para resucitar al dios, y/o alcanzar la inmortalidad.