Trzy lata po wydarzeniach przedstawionych w drugim sezonie Alex porzuca spokojne i anonimowe życie we Włoszech, aby pomóc Ryanowi odbić Shelby. Została ona porwana przez międzynarodowego handlarza bronią, a okup jest w stanie dostarczyć tylko Alex.

Podczas śledztwa mającego odkryć pochodzenie śmiercionośnego szczepu gruźlicy grożącej Amerykanom agent Ryan Booth musi pod przykrywką zinfiltrować rasistowską organizację.

Agenci ochraniają byłego agent CIA podczas operacji mającej doprowadzić do zatrzymania jednego z przywódców kartelu. W tym samym czasie Ryan udaje się na randkę z jednym z przywódców kartelu, podczas której ma zamiar odkryć, kto jest wtyką sprzedającą informacje przestępcom.

Po nieudanym zamachu na młodego księcia Alex i McQuiqq zostają przydzieleni do jego ochrony, z czasem odkrywając, że zdrajca jest wśród ludzi arystokraty.

Alex, McQuiqq, Deep i Owen starają się odnaleźć azjatyckich terrorystów, którzy zmusili niewinnego naukowca do kradzieży uranu i budowy bomby atomowej.

Geniusz zbrodni, Dante Warwick, porywa byłego wspólnika i kochanka Jocelyn, Franka Marlowa. Agenci ruszają na ratunek.

Agenci mają za zadanie ochraniać grupę naukowców stojących za stworzeniem pocisku, który jest w stanie namierzyć człowieka na podstawie rytmu serca.

Agenci pracują nad zatrzymaniem szefa firmy zbrojeniowej, która współpracuje z Koreą Północną.

Życie agentów jest w niebezpieczeństwie. Kiedy pomagają Shelby podczas spotkania z osobą z jej przeszłości, nie spodziewają się, że może mieć to straszliwe konsekwencje.

Kiedy Owen i McQuigg dowiadują się przykrych wiadomości na temat członków swojej rodziny, agenci muszą być bardzo ostrożni, ponieważ nigdzie nie są

Conor Devlin wybiera swoją własną ścieżkę, planuje zemstę i wraca do swojego kraju, Irlandii. W tym samym czasie agenci odkrywają, że są pionkami w jego grze.

Conor Devlin nadal szuka zemsty. W tym czasie w życiu Alex pojawia się ktoś z jej przeszłości.