Zróżnicowana grupa rekrutów przybyła do bazy FBI Quantico w celu szkolenia. Są najlepsi, najzdolniejsi i najlepiej sprawdzeni, więc wydaje się niemożliwe, aby jeden z nich był podejrzany o terroryzm.

Podczas ucieczki Alex musi wrócić do domu, aby znaleźć dowody swojej niewinności. Odkrywa, że każdy ukrywa jakiś sekret.

W Quantico Alex dowiaduje się więcej o przeszłości swojego ojca. Później Liam zaprasza matkę dziewczyny do udziału w konferencji prasowej, emitowanej w telewizji. Chce pozyskać Alex dla swoich celów. Tymczasem rekruci skupiają się na odkrywaniu mocnych i słabych stron swoich towarzyszy.

W Quantico rekruci biorą udział w treningu, podczas którego mają uwolnić zakładnika. Podczas ćwiczeń Alex zaczyna zastanawiać się, czy nie porzucić służby. Obecnie Alex udaje się znaleźć dowody obciążające jednego z jej kolegów ze szkolenia.

Uczestnicy po raz pierwszy opuszczają kampus, przechodząc pierwsze tajne zadanie. Wieczorem Alex i Ryan znajdują się blisko, podczas gdy umiejętności rekrutów są testowane.

Rekruci uczą się zasad inwigilacji z Mirandą i jej nękanym problemami synem. Shelby stara się z dystansem traktować Caleba. Toczy jednak walkę ze sobą, gdyż chłopak bardzo się jej podoba. Inną strategię wybiera Raina, która pozwala Simonowi się do niej zbliżyć. Obecnie - Alex potrzebuje pomocy, by dostać się do systemu komputerowego FBI.

Grupę rekrutów czeka półroczny test. Muszą zmierzyć się z materiałami wybuchowymi. Obecnie - Alex wciąż próbuje odzyskać swoje dobre imię. Sporawy nie ułatwią Nimah i Raina, które dostarczają jej więcej pytań, niż odpowiedzi.

System komputerowy FBI zostanie zhackowany, a poufne pliki zostaną upublicznione, co doprowadzi Alexa do wniosku, że w Nowym Jorku jest gdzieś druga bomba. Po powrocie do Quantico, rekruci otrzymują indywidualne zadania.

W Quantico rekruci badają przypadki byłych seryjnych zabójców jako ćwiczenie do analizy dowodów. Alex jest przesłuchiwana, a życie Ryana wisi na włosku.

Alex wraz z resztą rekrutów pracuje w ukryciu. Chcą poznać położenie prawdziwej bomby. Tymczasem w retrospekcji sekrety zostają ujawnione w trakcie awaryjnej rozprawy dyscyplinarnej w Quantico.

Terroryści odpowiedzialni za bomby na stacji Grand Central Station ujawniają się, ale zamiast odpowiedzi, pozostaje więcej pytań. Rekruci w Quantico dostają zasłużone wakacje, ale nie wszyscy wydają się tacy szczęśliwi.

Alex jest przesłuchiwana w Kongresie o atakach terrorystycznych. Przekonana, że ​​Elias nie działa sam, jest zdeterminowana znaleźć odpowiedzi i prawdę.

Rekruci uczą się, jak pozyskiwać informacje od poufnych informatorów, ale wkrótce zdają sobie sprawę, że bycie agentem nie jest takie łatwe, na jakie wygląda. W przyszłości Alex i towarzyszący jej agent znajdują się w śmiertelnym zagrożeniu, gdy muszą ujawnić poufne informacje, które mogę mieć śmiertelne skutki.

W Quantico rekruci przygotowują się na lekcje jazdy obronnej, a napięcie między Liamem a Dre sięga zenitu, wywołując szokujące wyznania i konsekwencje. W przyszłości Simon zmaga się ze swoją nową rzeczywistością po tym, co się wydarzyło.

Komórka terrorystyczna próbuje przeniknąć do Quantico, zmuszając Mirandę i Liama do zapłacenia śmiertelnej ceny. Tymczasem w przyszłości Alex nadal otrzymuje instrukcje od terrorysty, a życie Claire Haas wisi na włosku.

W Quantico rekruci dostają zadanie, które mocno wpływa na Shelby. W przyszłości Alex niespodziewanie znajduje sojusznika w Hannah, gdy próbuje powstrzymać terrorystów przed ponownym atakiem.

W Quantico rekruci mają za zadanie nauczyć się o przemycie ludźmi, gdy Liam i Miranda prowokują ich, by przeszli przez granicę bez paszportów. W przyszłości Simon, dużo ryzykując, pomaga Alex w szukaniu terrorystów.

W Quantico rekruci sprawdzają się nawzajem, by ustalić, kto dostanie autoryzację najwyższego stopnia, a podczas tego procesu Alex, Shelby i Iris poznają zaskakującą prawdę o Drew, Willu i Calebie. W przyszłości Alex kontaktuje się z Claire Haas, by odnaleźć swoich zaginionych przyjaciół, i dowiaduje się, co się stało z Calebem.

Rekruci spotykają się z przedstawicielami różnych działów FBI, którzy mają im pomóc wybrać dalszą ścieżkę kariery. W przyszłości Alex dalej szuka terrorysty i spotyka znajome twarze, łącznie z tą, która zna ostatnie słowo terrorysty.

Pozostała kilka tygodni do końca kursu, rekruci są przydzieleni do różnych biur terenowych, a Alex i Ryan mają razem pracować nad sprawą. W przyszłości związek Shelby i Caleba przeżywa kryzys, a Alex nie wie, komu ufać, gdy dowiaduje się nowych informacji o mężczyźnie, którego kocha.

Rekruci cieszą się z nadchodzącego końca kursu i przygotowują się do opuszczenia Quantico. Wyruszają w prawdziwy świat rozwiązywać nowe zadania. W przyszłości Alex dowiaduje się, że osoba, o którą troszczyła się w Quantico, nie jest taka, na jaką wygląda, i znajduje się w centrum możliwego ataku.