אחד החניכים, שהגיעו לאקדמיה לסוכנים של האף-בי-איי בקוונטיקו, חשוד בתכנון פיגוע טרור בניו יורק. כעת נותר רק לגלות מי זה.

על אלכס לגשת לדירתה כדי לחפש שם משהו שעשוי לטהר את שמה, כפי שלמדה בקורס, אך לשם כך עליה להערים תחילה על ליאם.

אמה של אלכס מובאת לחפ"ק האף-בי-איי לחקירה. מספר חודשים לפני כן, במהלך הקורס, אלכס מקבלת את תיק השירות של אביה. מספר אירועים מהאקדמיה מקדמים את אלכס בגילוי המפגע.

החניכים בקוונטיקו משתתפים בתרגיל חילוץ בני ערובה שגורם לאלכס לפקפק בהמשך דרכה בקורס. בהווה, אלכס מוצאת ראיות שמצביעות על מעורבות של בת כיתתה בפיגוע הטרור.

החניכים בקוונטיקו משתתפים בתרגיל לבניית דמות מסווה וסיפור כיסוי. בתרגיל עליהם לשכנע את הסביבה בסיפור הכיסוי החדש. בעתיד, אלכס מנסה לספר את גרסתה לציבור.

החניכים בקוונטיקו משתתפים בתרגיל מעקב. בהווה, אלכס מגלה שמישהו מהקורס אחראי לאיסוף ובדיקת צילומי האבטחה מזירת הפיגוע על מנץ למצוא את המפגע. מה אלכס תעשה?

החניכים בקוונטיקו לחוצים לקראת מבחן השליש, שיקבע את המשך דרכם בקורס. בהווה, סיימון עוזר לאלכס למצוא את נימה, כדי לברר אם באמת היה לה קשר לפיגוע.

החניכים שנותרו בקוונטיקו מקבלים משימה שבמסגרתה הם מגיעים למטה האף-בי-איי. אלכס מוצאת את התיק על אביה ומגלה מידע חדש. בהווה, אדם נוסף מגלה שאלכס חפה מפשע.

משימה חדשה, ובה החניכים צריכים לגלות מי הקורבן השתול בתיקי חקירה של רוצחים סדרתיים. סיימון מצטיין בתרגיל, מה שמעמיד את חייו בסכנה. בהווה, אלכס נחטפת לחקירה.

לאחר ששכנעו את העולם שהיא נתפסה ותועמד לדין, אלכס מוחזרת לחפ"ק האף-בי-איי. שם היא ממשיכה בחקירה, אך עליה לעקוב גם אחרי אלו שעזרו לה. המעקב מניב תגליות מעניינות.

החניכים בקוונטיקו משוחררים הביתה לכבוד החג, אבל לא כולם שמחים לחזור אל חיק המשפחה ומחליטים להישאר שם. בהווה, לאלכס נותרו שעות בודדות למצוא את המטען השני.

בהווה, אלכס מעידה בוועדת חקירה של הקונגרס, על פיגועי הטרור. בעבר, בקוונטיקו, המחזור של אלכס מתמודד נגד מחזור מתקדם יותר. מהמחזור המפסיד יודחו חמישה חניכים.

החניכים לומדים כיצד לגייס מודיעים ולהוציא מהם מידע, ויוצאים להיבחן על כך בשטח. בהווה, אלכס ועוד סוכנת, נמצאות בסכנת חיים ולכן הן נאלצות לעבור על החוק.

החניכים בקוונטיקו לומדים נהיגה מתקדמת, והמתח בין דרו לליאם הולך וגובר. בהווה, אלכס נוסעת לבקר את סיימון ומגלה שם אדם אחר לגמרי.

בקוונטיקו, החניכים מקבלים תרגיל קשה שמעורר בשלבי זיכרונות קשים. בעתיד, אלכס מגייסת לעזרתה את האנה בניסיון לעצור את הטרוריסט, והאנה מפתיעה.

בקוונטיקו, החניכים לומדים על סחר בבני אדם והברחתם, ומקבלים משימה מעבר לגבול. בעתיד, סיימון מסכן את חייו כדי לעזור לאלכס בהשלמת המשימה האחרונה שהטיל עליה הטרוריסט. .

בקוונטיקו, החניכים מגלים פרטים מפתיעים על עמיתיהם לקורס במהלך תחקיר לקבלת סיווג ביטחוני. בעתיד, אלכס יוצרת קשר עם .הסנטורית, קלייר האס, כדי לאתר את חברה הנעדר.

ביום הקריירה בקוונטיקו נפגשים החניכים עם נציגי ענפים שונים באף-בי-איי. בעתיד, החיפוש של אלכס אחר הטרוריסט מפגיש אותה עם כמה פנים מוכרות.

החניכים נשלחים למשרדי שטח שונים כדי להתנסות ביום עבודה רגיל. אייריס מגלה מה קורה עם ההורים של שלבי. בהווה, אלכס מגלה מידע חדש על האיש שהיא אוהבת.

סוף הקורס מתקרב והחניכים מתרגשים לקראת התחלת העבודה וקבלת משימות אמיתיות. בעתיד, אלכס מגלה שמישהו שהיה יקר לה, שונה משחשבה, ונקלעת אל מרכזו של פיגוע אפשרי נוסף.

פרק אחרון לעונה. בקוונטיקו, טקס סיום קורס הסוכנים מגיע. בינתיים, בעתיד, אלכס וחבורתה מוצאים את עצמם במרוץ נגד הטרוריסט.