A raça humana é ameaçada por criaturas chamadas Aragami. No entanto, há uma tropa de extermínio especializada no combate contra eles, os God Eater.

Com seu Jinki, Lenka parte para salvar Eric quando o primeiro pelotão chega. No entanto, o perigo não cessa diante do poderoso Vajra.

A caminho à sede do Extremo Leste, o avião cargueiro da sede russa é atacado por uma grande quantidade de Aragami pequenos. Dentro do avião está Alisa, uma God Eater do novo modelo, como Lenka que deve ser resgatada.

Lenka volta depois do sucesso na missão de resgatar Alisa e é designado ao primeiro pelotão junto da resgatada e de Kouta. Ele vai para a cidade pela primeira vez a convite de Kouta e aprende sobre Aegis, uma ilha enorme que há de abrigar toda a raça humana quando for concluída.

Depois do fracasso da missão, Lenka e Alisa se veem sozinhos no território dos Vajra e em condições adversas. Como lutar contra os Aragami com um Jinki morto?

Lenka e Alisa são salvos de um ataque de Aragami, mas ainda estão em terreno perigoso. Por conta disso, Rindou vai com os dois para um refúgio onde moram os que foram negados acesso a Fenrir.

Lenka e Alisa voltam à sede do Extremo Leste e ficam de licença por tempo indeterminado. Alisa se consulta com um psiquiatra para lidar com o estresse pós-traumático de ver seus pais sendo mortos por Dyaus Pita, um Aragami que mata humanos por prazer, e o Dr. Sakaki procura formas de reavivar o Jinki de Lenka.

O corpo de Lenka está sofrendo alterações porque o fator de compatibilidade dele é alto demais. Com isso, as células Oráculo estão o comendo aos poucos por dentro e, caso ele use seu Jinki, morrerá.

Há 15 anos, a família Utsugi encontra um bebê abandonado e resolve acolhê-lo e o criam com amor e carinho. Um dia, o God Eater Rindou Amamiya aparece para eles e sugere que façam o teste de compatibilidade, embora o pai de Lenka seja contra esse método discriminatório.

A Operação Meteorito, destinada a recolher mil núcleos de Aragamis grandes, é posta em ação. Lenka ainda não pode ir a campo por conta dos ajustes em seu Jinki, mas Rindou sugere que ele fique no comando.

Lenka está indo para onde Rindou se encontra a fim de ajudá-lo a enfrentar os inúmeros Vajras que se dirigem à região. Com o tempo, o restante do 1º Pelotão se une a ele, mas uma ameaça maior chega: Pita.

O primeiro pelotão continua em sua missão de destruir o dispositivo para atrair Vajras que está próximo ao vilarejo, mas eles também têm que encarar um inimigo muito pior: Pita.