Jane prøver at samle stumperne efter den eksplosive finale på Island. Hun får en mystisk besked fra en ukendt allieret, der tillader hende at sætte en redningsmission i gang for at befri Rich Dotcom fra en hemmelig CIA-mission. Men hun får brug for hjælp fra sin gamle rival, Sho Akhtar.

Jane og resten af holdet rækker ud til Pattersons far i håbet om at få adgang til en vigtig konference i Finland, hvor de skal overbringe en vigtig besked til Matthew Weitz.

Da en mission går galt må holdet tage sig af et velkendt monster før det gør det af med dem alle. Imens er Weitz tvunget ind i et intenst, psykologisk skakspil, da Madeline Burke forsøger at teste hans loyalitet og få fat i en potentiel muldvarp hos FBI.

Holdet bliver tvunget til at huske tilbage på nogle vigtige detaljer fra deres allerførste tid i FBI for at stoppe en terrororganisation fra at få fat i et dødeligt, kemisk våben. Imens bliver Weller dybt bekymret, da han får uhyggelige nyheder om sin datters helbred.

Da Jane bliver skudt og Weller kidnappet, må holdet kæmpe for at redde begge deres liv og samtidig holde lokationen for deres hemmelige base skjult. Imens bliver Weller hjemsøgt af nogle mørke minder fra fortiden.

I et forsøg på at stoppe Madeline fra at sende to fly fyldt med ZIP-bomber til USA, må holdet splitte op på en faretruende undercover-mission. Imens afhører Madeline en gammel allieret for at få information om Kurt og hans team.

Holdet må kæmpe til det sidste for at komme før Madeline og Ivy, der er tæt på at nærme sig den hemmelige bunkers destination. Men nogen indefra fodrer Madeline med følsomme oplysninger. Da hendes plan begynder at tage form, må holdet tage desperate metoder i brug.

De overlevende medlemmer af holdet er blevet fanget af FBI, og Madeline og Ivy er nu tæt på at have gennemført deres mission. Men et par uventede allierede kommer frem fra deres skjul og prøver at stoppe hende før det endegyldigt er for sent.

Ivy må løbe stærkt for at få fat på lageret af de altødelæggende ZIP-bomber, mens resten af holdet må få hjælp fra en uventet kant i form af det meget ustabile geni, Kathy Gustofson.

Sagaen om Jane Doe er nået til vejs ende. Ivy skal mødes med bombemageren Jesse Thomas, mens Jane ser syner fra sin fortid, inklusiv sin bror, Roman. Siden Jane tror, at hun er ved at dø, overbeviser han hende om, at hun skal opsøge Ivy på egen hånd i den intense sæsonfinale.