Das FBI-Team jagt einen gefährlichen feindlichen Agenten, und ein tödlicher neuer Feind taucht auf.

Um Shepherd zu befreien versucht Remi geheime FBI-Daten von einem russischen Spion zu stehlen, während Burke und Zapata Crawfords ehemalige Anwältin Kira Evans besuchen um belastende Beweise zu beseitigen.

Patterson und Rich DotCom trainieren neue Rekruten, während das FBI-Team einer explosiven Bedrohung ausgesetzt ist.

Ein entschlüsseltes Tattoo führt das Team zu einer mysteriösen Sammlung von Puppen, die biologische Waffen zu enthalten scheinen, welche um die Welt geschickt werden sollten und nun vom FBI beschlagnahmt wurden.

Remi nutzt die Angst vor den Waffen aus, um ihren eigenen Plan zur Rettung Shepherds voranzutreiben.

Eine Website aus der Vergangenheit von Rich DotCom führt das FBI-Team zu einer tödlichen Terroristenverschwörung.

Das Team wird in gefährliche politische Intrigen hineingezogen, als ein Tattoo auf jemanden aus Weitz' Vergangenheit zeigt.

Remis Pläne bringen sie und Weller in Gefahr, während Patterson und Rich ein mysteriöses Rätsel beim FBI lösen.

Remi kämpft gegen die immer schlimmer werdende ZIP-Vergiftung an, um ihren ultimativen Plan in die Tat umzusetzen. Derweil versuchen Reade und Weitz Zapata aufzuspüren.

Der verzweifelte Versuch des Teams, Jane zurück zu bekommen, führt zu einem Kopf-an-Kopf-Rennen mit Remi.

Reade trifft auf Zapata, während das Team einer Spur zu einer möglichen Heilung für Jane folgt.

Der Mord an einem wahren Krimi-Bestseller schickt Jane und das Team auf die Jagd nach einem Serienmörder, der im endgültigen Manuskript des Autors detailliert beschrieben wird, das auch leicht fiktionalisierte Versionen des FBI-Teams enthält.

Romans Hinweise führen zu einem milliardenschweren Hypochonder mit Stammzellen, der Jane heilen könnte, die jetzt auf ihrem Sterbebett liegt. Patterson und Rich bieten an, das Buch der Geheimnisse gegen die Stammzellen einzutauschen - aber erst müssen sie es bekommen.

Jane und Wellers romantischer Ausflug wird abgebrochen, als das Team die Pläne von Madeline Burke stoppen muss, ein Gebäude in die Luft zu sprengen und ein Flugzeug abstürzen zu lassen, das sich als mehr als ein durchschnittliches Verkehrsflugzeug herausstellt.

Ein aktiver Bombenleger zwingt das Team, sich mit einem Fall aus der Vergangenheit auseinanderzusetzen.

Janes Vergangenheit mit Shepherd und Sandstorm hilft und schadet den Bemühungen des Teams, den Verkauf eines Gerätes zu stoppen, das gestohlenes Plutonium zur Waffe machen wird.

Das FBI ist Burke dicht auf den Fersen, als Jane Hilfe bei einem bekannten Feind sucht.

Pattersons Vater, Bill Nye, kehrt für einen Fall zurück, in dem das Team gegen einen verseuchten Feind antritt. Zapata wird abtrünnig mit einer alten Freundin. Jane und Weller setzen ihre Suche nach der Kapuzenfigur fort.

Nachdem eine tödliche Waffe gestohlen wird deckt das Team eine internationale Verschwörung auf, Jane unterstützt Weller, als jemand aus seiner Vergangenheit schmerzhafte Erinnerungen ausgräbt, und Patterson und Rich streiten sich mit einer aus der Haft entlassenen früheren Hacker-Komplizin.

Ein schrecklicher und rachsüchtiger Bösewicht bedroht das FBI. Weller überlegt sich seine Prioritäten. Zapata und Reade versuchen, sich in ihrer Lebenssituation zurechtzufinden. Patterson erforscht ein aufkeimendes Interesse.

Während Dominic beginnt, Burkes katastrophalen Plan in die Tat umzusetzen, versucht das Team ihn aufzuhalten. Die Spannungen im Team steigen nachdem Geheimnisse aus der Vergangenheit gelüftet werden.

Das Team begibt sich auf eine internationale Mission, um die Ausbreitung des Angriffs zu verhindern. Burke versucht, den Spieß umzudrehen, da interne Konflikte die Beziehungen innerhalb des Teams bedrohen.