Dopo una missione a Tokyo, la squadra apprende la dura realtà su Jane, che nel frattempo deve escogitare un modo per finanziare la sua operazione segreta.

Rich deve chiedere aiuto alla ex per decodificare una mappa in ufficio. Più tardi, l'esito offre a Jane l'opportunità di ottenere informazioni vitali.

Tentando di sventare una minaccia alla metropolitana, Patterson cela un conflitto personale con una recluta. Kurt nutre sempre più sospetti sul comportamento di Jane.

Per colpa di un tatuaggio gli uffici dell'FBI finiscono in isolamento. L'ultima missione di Zapata diventa molto personale quando Jane chiede aiuto all'esterno.

Rich e Kurt entrano sotto copertura in un gruppo ambientalista militante per sventare un attacco mentre Zapata ha bisogno di Reade per ottenere la fiducia del suo capo.

In seguito all'omicidio di un deputato, la squadra tenta di svelare i legami del delitto con il direttore Weitz, mentre Jane organizza una fuga con Kurt alle calcagna.

In pericolo di morte, Jane e Kurt devono compiere un colpo azzardato. Rich e Patterson indagano su una pista promettente, mentre Reade e Weitz trovano un indizio.

La salute di Jane peggiora mentre mette in moto il suo grandioso piano. Intanto Reade e Weitz si preparano ad hackerare un accordo d'affari.

Per salvare Jane, la squadra corre un grosso rischio mettendola in guerra con se stessa. In seguito Reade torna al quartier generale con una spiacevole sorpresa.

La verità sulla malattia di Jane viene alla luce e guida la squadra verso una possibile cura, mentre Reade deve affrontare la realtà riguardo a Zapata.

La salute di Jane peggiora e la squadra deve rintracciare l'omicida di un famoso scrittore di gialli utilizzando un manoscritto basato sulla vita di ognuno di loro.

Zapata e un complice scoprono il nuovo bersaglio della loro capa, ma la squadra lo viene a sapere e deve impedire che il piano sia realizzato.

Per individuare un criminale emulatore, la squadra studia un vecchio caso che porta a una decisione controversa. Patterson offre a Jane una chance di chiudere il cerchio.

Jane apre una porta del passato, mentre la squadra deve fermare la vendita di un prodotto letale. In seguito Zapata riceve l'aiuto che gli serve da un alleato segreto.

Jane chiede aiuto psicologico a una persona ostile. La squadra deve catturare un sicario che prende di mira i dirigenti legati alla capa di Zapata.

Un tirapiedi tiene in ostaggio Jane e minaccia di seppellirla per sempre, mentre Zapata cerca un modo per mettere alle strette la sua capa.

Le riserve di cibo della città sono a rischio e il padre di Patterson interviene. Zapata incontra una vecchia nemica. Jane e Kurt smascherano una figura incappucciata.

Un letale progetto segreto finisce in mani ignote mentre Kurt fa visita a qualcuno dal suo passato. Patterson e Rich devono confrontarsi con un'ex alleata.

Un carcerato offre informazioni alla squadra su un possibile attentato. Intanto un'agente è coinvolta in una situazione senza via d'uscita che condiziona tutti.

Quando Reade sospetta delle tensioni crescenti tra Kurt e Weitz, la squadra finalmente scopre il piano finale che rischia di mettere in ginocchio l'intero paese.

La squadra parte per l'Islanda per bloccare il piano finale, ma deve affrontare l'opposizione del quartier generale per colpa di lotte intestine e giochi di potere.