18 hónappal azután, hogy titokzatos körülmények szétesett, az eredeti FBI-os csapat újra összeáll, mert összehozza őket egy új krízishelyzet.

A csapat próbál hozzászokni az új felálláshoz és az új tetoválásokhoz. A legújabb nyomok egy műholdlopáshoz vezetnek, aminek következtében a rakétákkal szemben Amerika légtere teljesen védtelenül maradna.

Wellerék behoznak egy befolyásos bankárt, de Hirst aggódik, hogy nem elég szilárd ellene a bizonyíték. A csapat egy hacker-trióra gyanakodik, ezért Patterson és Suska mindent megtesznek, hogy ne derüljön fény a múltjuk bizonyos részleteire.

A csapat egy bombamerénylő nyomába ered, aki Manhattant terrorizálja. Egy rég halottnak hitt elkövetőről van szó, vagy egy másolóról? Jane megrázó titkot tud meg a múltjáról.

Amíg Jane a múltbéli titkával küszködik, a csapatnak egy nemzetközi politikai krízist kell megakadályoznia: egy kelet-európai ország trónjának öröklése a tét.

Roman újabb "szívességet" kér Wellertől. Az így kapott nyom egy filmforgatásra vezérli a csapatot, ahol az egyik stábtagnak köze lehet egy nemzetközi terrorszervezethez, ami ideggázt készül bevetni Amerikában.

A csapat Wellerék lakásából mozgatja a szálakat, és egyre közelebb kerül a rejtélyes Van Gogh-oz. A gyanakvó Hirst közben villásreggelire invitálja Reade-et és Zapatát, akik igyekeznek fenntartani a látszatot.

Két nukleáris robbanófejet is ellopnak egy raktárból ? a nyomok a Dabbur Zann terrorszervezethez vezetnek. Weller mindent részletesen elmesél Jane-nek, aki nem tud mit kezdeni a helyzettel, és a kettejük közti feszültséget a csapat is megérzi. Jake Keaton újra figyelmezteti Zapatát, hogy ő már elsősorban a CIA-nak dolgozik.

Reade újságíró barátnőjét, Megant három menekült keresi meg egy érdekes sztorival: a menekülttáborok vezetői merénylőkként állítják be a frissen letelepedési engedélyt kapott bevándorlókat. Eközben Roman és Victor rivalizálása már Blake-nek is feltűnik, és Romannek tennie kell valamit, hogy megőrizze pozícióját. Weller és Jane továbbra sem tud túllépni az Avery-incidensen, és Jane egy régi barátnál vigasztalódik.

Jane, Weller és Clem Berlinbe mennek, hogy kiszabadítsa Averyt - aki Berlinben már találkozott Romannel is. Patterson rájön, hogy egy hacker az applikációja révén tör be más emberek magánéletébe, ezért a csapat Boston és Suska segítségére számít.

Jane, Weller és Clem Berlinbe mennek, hogy kiszabadítsa Averyt - aki Berlinben már találkozott Romannel is. Patterson rájön, hogy egy hacker az applikációja révén tör be más emberek magánéletébe, ezért a csapat Boston és Suska segítségére számít.

A csapat nagy meglepetésére Nas csatlakozik hozzájuk, ugyanis éppen a Nemzetbiztonsági Ügynökségtől loptak el egy veszélyes elektronikus vírust. Blake és Roman között egyre szorosabb kötelék alakul ki; Crawford lánya egy pókerpartin vesz részt, hogy behálózzon egy apjának fontos embert.

Miután egy borzalmas baleset történik a laborban, Pattersonnak rá kell jönnie, mi okozta a galibát - de a folyamatos víziók és a déja vu-k között gyorsan be kell látnia, hogy semmi sem az, aminek látszik, és csak akkor oldhatja meg az ügyet, ha elengedi a múlt démonjait.

A csapatnak bíznia kell egykori ellenségében, aki egy veszélyes akcióra figyelmezteti őket. Zapatának döntenie kell, hogy milyen érdekeket tartson szem előtt. Roman és Crawford eltérő módszerekkel akarná kiszabadítani Blake-et és Juniort.

Miután kiderül a Borden-ügy, Zapata és Patterson viszonya megromlik. A Szakmai Felelősségi Iroda felülvizsgálja, hogy Suskának tényleg helye van-e a csapatban. Roman és Crawford különös körülmények között tölti együtt a napot.

A csapat Averyvel kiegészülve Horvátországba utazik, egy gálára, ahol azt remélik, hogy elkaphatják Crawfordot. Roman ez idő alatt egyre közelebb kerül Hankhez és Blake-hez, és döntenie kell, hogy az utolsó pillanatban melyik oldalra áll.

Kira megkérdőjelezi Roman hűségét, aki ezért minden csapattag ellen külön bérgyilkost küld. Reade-nek ráadásul meg kell küzdenie a Millicent vezette bűnbakkereső belső ellenőrzéssel is.

A csapatnak össze kell állnia egy különc összeesküvés-elmélet gyártóval. Egy veszélyes fegyver prototípusáról van szó, amit nem kapott meg a hadsereg – így viszont Crawford kezébe kerülhet. Eközben Roman minden lépésükben akadályozni próbálja őket, viszont így a magánélete válságba kerül, ugyanis Blake előtt is titkolóznia kell.

Sokkoló hírek derülnek ki Avery apjáról. A nyomok egy hírhedt bérgyilkoshoz vezetnek, akit az FBI már évek óta köröz. A tetkó-adatbázis helyreállításában Patterson apja segít a csapatnak, miközben Romant egyre jobban gyötrik a hallucinációi.

Jane kénytelen múltja egy szereplőjével tárgyalni, miután kiderül, hogy Crawfordék új merényletterve Roman egyik régi tervén alapulhat még a Homokviharos időkből.

Roman visszavisz minden szereplőt oda, ahol az egész elkezdődött, hogy ott vívja meg élet-halál harcát Crawforddal, Jane-nel, és a csapattal