Der er gået 18 måneder siden FBI-holdet under mystiske omstændigheder gik hver til sit. Nu bringer en ny krise dem sammen igen.

Mens teamet vænner sig til den nye dynamik - og de nye tatoveringer - kæmper de mod en farlig fremmed magt, som forsøger at kapre en satellit.

Mens Jane og Weller jagter en flok farlige hackere, bliver Patterson og Rich Dotcom nødt til at samarbejde for at skjule en eksplosiv hemmelighed fra deres fortid.

Samtidigt med at holdet jagter en dødbringende bombemand, som terroriserer Manhattan, afslører Jane en rystende hemmelighed fra sin ungdom.

Jane kæmper med at håndtere en hemmelighed fra sin fortid, mens holdet gør, hvad de kan for at forebygge en international krise.

Holdet står overfor en trussel internt i FBI og bliver tvunget til at gennemføre en hemmelig operation fra Weller og Janes lejlighed. En tatovering fører dem til en læge med en dødbringende hemmelighed.

Mens teamet samarbejder for at bekæmpe en fjende, truer en stor hemmelighed med at inficere og ødelægge Weller og Janes forhold.

Teamet er nødt til at tilsidesætte deres personlige stridigheder og samarbejde for at opspore nogle forsvundne atombomber.

Holdet får hjælp af Reades journalist-kæreste Megan med at stoppe en terroristplan.

Mens Jane og Weller får hjælp af en mystisk mand fra Janes fortid for at finde en savnet person, kæmper teamet for at stoppe en våbenhandel.

Weller og hans tidligere FBI partner genforenes på en farlig undercover mission, mens Zapata afhører en gammel fjende.

Et overraskende besøg fra Nas fører holdet til at undersøge et stykke farligt teknologi, der er blevet stjålet fra NSA. Roman og Blake lærer hinanden bedre at kende.

Da Pattersons efterforskning af en tatovering resulterer i en forfærdelig hændelse, forsøger hun at finde ud af, hvad der gik galt - og indser snart, at alt ikke er, som det ser ud.

Holdet skal beslutte om de skal stole på en fange, som advarer dem om en farlig plan. Zapata kommer i klemme mellem CIA og FBI.

Mens der bliver stillet spørgsmål ved Richs rolle i FBI, truer en CIA kilde med at splitte holdet ad. Samtidig tilbringer Roman og Crawford en dag sammen.

FBI-holdet og Avery deltager i en galla, hvor deres mål Halk Crawford er vært. Samtidig kommer Roman tættere på familien Crawford.

Holdet står overfor en trussel, der kan dræbe dem alle, og Romans loyalitet bliver testet.

Holdet samarbejder med en konspirationsteoretiker for at stoppe et dødbringende våben fra at komme i Crawfords hænder.

Efter at have modtaget chokerende nyt om Averys far, skal Jane og Weller indfange en flygtet kriminel. Samtidigt hjælper Pattersons far til i laboratoriet.

Jane er tvunget til at rekruttere en person fra sin fortid til at hjælpe med at sætte stop for en farlig alliance.

Jane og Weller jagter Roman tilbage til der, hvor det hele startede. Får de endelig sat en stopper for ham?