Il team dell'FBI è si unisce nuovamente dopo 18 mesi in seguito ad una nuova crisi. Waller scopre che Jane ha nuovi e misteriosi tatuaggi bioluminescenti.

La squadra si adegua allea nuove dinamiche interne e cerca di decifrare i nuovi tatuaggi, nel frattempo deve affrontare una pericolosa potenza straniera che sta tentando di dirottare un satellite.

Jane e Weller danno la caccia a un gruppo di pericolosi hacker informatici, Patterson e Rich Dotcom devono unirsi per nascondere un segreto legato al loro passato.

Mentre la squadra insegue un attentatore che sta terrorizzando Manhattan, Jane scopre uno sconvolgente segreto della sua gioventù.

La squadra va sotto copertura su un set cinematografico per indagare sulla connessione tra Keith Rhodes, un famoso attore, e un noto boss della criminalità organizzata.

Gli indizi lasciati da Roman indirizzano la squadra sulle tracce di una dottoressa pronta a rilasciare un virus per arricchirsi vendendo la cura.

La squadra lavora insieme per abbattere un nemico, Jane e Weller affrontano un segreto che minaccia di dividerli, Roman incontra il padre di Blake, Hank Crawford.

Il team deve recuperare alcune testate nucleari che sono state rubate da Lana. Roman è messo alla prova dal braccio destro di Crawford.

Uno dei tatuaggi di Jane è legato ad un’inchiesta giornalistica di Meg, la ragazza di Reade per smascherare un terrorista che usa i rifugiati per i suoi attacchi.

La squadra deve affrettarsi per fermare una compravendita di armi, nel frattempo Jane e Weller devono collaborare con un uomo legato al passato di Jane per trovare una persona scomparsa.

Weller e il suo ex partner dell'FBI si riuniscono per portare a termine, sotto copertura, una missione molto pericolosa. Zapata interroga Eleanor Hirst per avere informazioni su Crawford.

Nas chiede alla sua vecchia squadra di aiutarla a rintracciare un virus informatico che è stato recentemente rubato alla NSA. Roman e Blake vanno in Brasile per mandare a monte una partita di poker con una posta in gioco molto importante.

Patterson indaga sulle morti di alcuni marines, apparentemente non collegate tra di loro ma legate ad uno dei tatuaggi di Jane. Le indagini portano ad una rivelazione inaspettata.

La squadra deve decidere se fidarsi o meno di un prigioniero che li avverte dell’esistenza di un pericoloso complotto. Zapata è intrappolata tra l'FBI e la CIA. Roman e Crawford si scontrano su come gestire una situazione esplosiva.

Qualcuno della CIA minaccia di distruggere la squadra. Il posto di Rich nell'FBI è messo in discussione. Roman e Crawford trascorrono una giornata insieme in circostanze anomale.

La squadra dell'FBI e Avery partecipano a un gala organizzato dal loro obiettivo Hank Crawford nella speranza di arrestarlo. Roman si lega sempre di più ai Crawford.

La vita di ogni membro della squadra è minacciata, ognuno di loro è il bersaglio di un gruppo di killer comandati da Roman, le cui alleanze vengono messe alla prova.

La squadra deve collaborare con un teorico della cospirazione per impedire che un’arma letale finisca nelle mani di Crawford. Nel frattempo, Roman cerca di far funzionare la sua relazione con Blake mentre porta avanti le sue missioni segrete.

Dopo aver ricevuto notizie scioccanti sul padre di Avery, Jane e Weller devono dare la caccia a un criminale inafferrabile. Nel frattempo, il padre di Patterson aiuta la squadra nel laboratorio.

Quando viene a conoscenza dell’esistenza di un’alleanza pericolosa, Jane è costretta a chiedere aiuto a qualcuno del suo passato.

Il team dell'FBI decifra il video di Roman, e capisce che si trova a Città del Capo. Zapata lascia l'FBI e rompe con Reade.