Det er gått 18 måneder siden FBI teamet skilte lag under mystiske omstendigheter. Nå bringer en ny krise dem sammen igjen.

Mens Jane og Weller jakter et kollektiv av farlige hackere, blir Patterson og Rich Dotcom nødt til å samarbeide for å skjule en eksplosiv hemmelighet fra deres fortid.

Samtidig med at teamet jager en dødelig bombemann som terroriserer Manhattan, avslører Jane en rystende hemmelighet fra sin ungdom.

Jane kjemper med å håndtere en hemmelighet fra sin fortid, mens teamet gjør hva de kan for å forebygge en internasjonal krise.

Teamet går undercover på en filminnspilling for å stoppe en terrorplan med uventede bakmenn. Samtidig presser Roman Weller med en forferdelig hemmelighet om Jane.

Teamet står overfor en trussel internt i FBI og må gjennomføre en hemmelig operasjon fra Weller og Janes leilighet. En tatovering fører dem til en lege med en dødelig hemmelighet.

Mens teamet samarbeider for å bekjempe en fiende, truer en stor hemmelighet med å infisere og ødelegge forholdet mellom Weller og Jane.

Teamet er nødt til å sette til side sine personlige stridigheter og samarbeide for å spore opp noen forsvunnede atombomber.

Teamet får hjelp av Reades journalist-kjæreste Megan med å stoppe en terrorplan.

Mens Jane og Weller får hjelp av en mystisk mann fra Janes fortid for å finne en savnet person, kjemper teamet for å stoppe en våpenhandel.

Weller og hans tidligere FBI-partner gjenforenes på et farlig undercover-oppdrag, mens Zapata avhører en gammel fiende.

Et overraskende besøk fra Nas leder teamet til å undersøke farlig teknologi stjålet fra NSA. Roman og Blake lærer hverandre å kjenne.

Når Pattersons etterforskning av en tatovering resulterer i en forferdelig hendelse, prøver hun å finne ut av hva som gikk galt - og innser straks at alt er ikke som det ser ut.

Teamet må bestemme om de kan stole på en fange som advarer dem om en farlig plan. Zapata kommer i klemme mellom CIA og FBI.

Mens det blir stilt spørsmål ved Richs rolle i FBI, truer en CIA-kilde med å rive teamet i stykker. Samtidig tilbringer Roman og Crawford en dag sammen.

FBI-teamet og Avery deltar på en galla hvor deres mål Halk Crawford er vert. Samtidig kommer Roman tettere på familien Crawford.

Teamet står overfor trussel som kan drepe dem alle, og Romans lojalitet blir testet.

Teamet samarbeider med en konspirasjonsteoretiker for å stoppe et dødelig våpen fra å komme i hendene på Crawford.

Etter å ha mottatt sjokkerende nytt om Averys far, må Jane og Weller jakte en sleip kriminell. Samtidig hjelper Pattersons far til i laboratoriet.

Jane må rekruttere en person fra sin fortid for å sette en stopper for en farlig allianse.

Jane og Weller jakter Roman tilbake dit hvor det hele begynte. Får de endelig stoppet ham?