Después de 18 meses separados, el equipo del FBI vuelve a reunirse a causa de una nueva crisis.

Jane ha adquirido nuevos tatuajes y el equipo está intentando adaptarse a la nueva dinámica mientras se enfrentan a un poder extranjero que trata de tomar el control de un satélite.

Jane y Weller se encargarán de perseguir a un grupo de hackers, mientras Rich y Patterson trabajan juntos para ocultar un secreto de su pasado.

Mientras el equipo persigue a un peligroso terrorista que tiene aterrorizada a Manhattan, Jane descubre un desgarrador secreto de su juventud.

Mientras que Jane lucha por hacer frente a un secreto de su pasado, el equipo corre para evitar una crisis internacional.

El equipo va encubierto en un plató de cine para detener un complot terrorista con patrocinadores improbables. Roman chantajea a Weller con un horrible secreto sobre Jane.

Al surgir una amenaza dentro del FBI, el equipo se verá obligado a realizar una operación encubierta desde el apartamento de Jane y Weller. Un tatuaje les lleva a un médico que guarda un secreto mortal.

Mientras el equipo trabaja para derrotar a un enemigo, Jane y Weller se enfrentan a un tóxico secreto que amenaza con destrozar su relación.

Después de algunas luchas personales, el equipo debe encontrar la manera de trabajar juntos para localizar las ojivas nucleares que faltan.

El equipo trabaja para frustrar un complot terrorista mortal con la ayuda de la novia periodista de Reade.

Mientras Jane y Weller se asocian con un hombre misterioso del pasado de Jane para encontrar a una persona desaparecida, el equipo se apresura a detener un trato con las armas.

Weller y su ex compañero del FBI se reúnen para una peligrosa misión encubierta mientras Zapata interroga a un enemigo del pasado.

Una sorprendente visita de Nas lidera al equipo para investigar una peligrosa pieza de tecnología que fue robada de la NSA. Roman y Blake se acercan más cuando asisten a un juego de póquer de alto riesgo.

El equipo debe decidir si creer a un prisionero que les avisa de un complot. Zapata es capturada por el FBI y la CIA. Roman y Crawford se rompen la cabeza sobre como manejar una situación un tanto inestable.

Una fuente de la CIA amenaza con destrozar al equipo. El lugar de Rich en el FBI es cuestionado. Roman y Crawford pasan un día juntos bajo extrañas circunstancias.

El equipo del FBI y Avery asisten a una gala organizada por su objetivo Hank Crawford con la esperanza de arrestarlo. Roman se acerca más a los Crawford.

El equipo se enfrenta una amenaza mortal, mientras que la lealtad de Román se pone a prueba.

El equipo debe asociarse con un teórico de la conspiración extravagante para evitar que un arma mortal llegue a las manos de Crawford. Mientras tanto, Roman se esfuerza por mantener su vida personal con Blake mientras se enfrenta a una serie de misiones secretas.

Después de recibir noticias sorprendentes sobre el padre de Avery, Jane y Weller deben perseguir a un delincuente escurridizo. Mientras tanto, el padre de Patterson ayuda al equipo en el laboratorio.

Jane se ve obligada a reclutar a alguien de su pasado para ayudar a derribar una alianza peligrosa.

En el final de la temporada tres, Jane y Weller cazan a Roman de vuelta a donde todo comenzó. ¿Podrán detenerlo?