Kiedy FBI radzi sobie z tragedią, Weller znajduje się w centrum zaskakującego wydarzenia. Przyszłość Jane znakiem zapytania.

Zespół rozwiązuje sprawę dotyczącą jednego z członków Sandstorm. Dzięki temu agenci dokonują wielkiego przełomu w śledztwie i odkrywają Fazę Drugą.

Zapata zostaje wysłana do więzienia. Tam ma zebrać informacje wywiadowcze od Devony. Weller dowiaduje się o śmierci Emmy. Winą obarcza Shepherd.

Jane i Weller rozpoczynają tajne śledztwo dotyczące przestępstw popełnianych przez potężnych hakerów. Shepherd wyjeżdża do Tajlandii, by zdobyć niebezpieczną broń.

Zespół próbuje się bronić przed starym wrogiem. Tymczasem jeden z tatuaży prowadzi ich do tajemniczej śmierci w domu opieki.

Jane i Oliver znajdują się w niebezpiecznej sytuacji, która ujawnia ich tajemnice. Zdani na samych siebie, nie potrafią sobie zaufać. Tymczasem agenci dowodzeni przez Wellera spieszą na pomoc uwięzionym kolegom.

Nas Kamal cudem unika śmierci. Jest przekonana, że terroryści z Sandstorm odkryli prawdziwą tożsamość jej informatora. Funkcjonariusze próbują schwytać mężczyznę. Tymczasem Jane zostaje zaatakowana przez Cade'a. Wkrótce okazuje się, że to on jest tym tajemniczym informatorem Nas. Cade zdradza swoich, gdy zauważa kompletny brak poszanowania ludzkiego życia u Shepherd. Wyjawia śledczym miejsce pobytu członka Sandstrom, lecz ten ginie, zanim funkcjonariusze go odnajdują.

Patterson łączy ze sobą trzy tatuaże. Te doprowadzają go do przemytnika, który jest bardzo znany w przestępczym świecie. Zespół wyrusza w pogoń za słynnym szmuglerem.

Funkcjonariusze próbują przeniknąć do tajnego stowarzyszenia, by rozwikłać zagadkę jednego z tatuaży. Chcąc wykonać misję, potrzebują pomocy Richa Dotcoma, członka tajemniczej organizacji. Tymczasem Nas, Jane i Roman, w nadziei na przywołanie wspomnień, wyruszają do miejsc, w których mieszkała Shepherd.

Śledczy odkrywają, że Kurt Weller może pracować jako podwójny agent i nie zdawać sobie z tego sprawy.

Pewien niezwykły tatuaż prowadzi zespół do Romana. Funkcjonariusze muszą zadecydować, czy wysłać go pod przykrywką do siedziby niebezpiecznego gangu motocyklistów.

W Nowym Jorku dochodzi do jednego z największych ataków terrorystycznych. Zespół musi współpracować z CIA, by zapobiec kolejnym zamachom.

Bez śladu znika Patterson, podobnie jak cierpiący na amnezję Roman. Zespół musi ich odnaleźć, zanim zrobi to żądna zemsty Shepherd. Reade próbuje zdobyć serce Tashy, lecz ona odrzuca jego zaloty. Tymczasem Pellington nakazuje przekazać Romana w ręce CIA w celu dalszego przesłuchania. Wkrótce jednak zmienia zdanie.

Jane odkrywa, co planuje Sandstorm. Podejmując ogromne ryzyko, robi wszystko, by wysłać sekretne ostrzeżenie do jej zespołu z FBI.

Jane i Weller znikają podczas pracy pod przykrywką. Zespół próbuje zlokalizować ich miejsce pobytu. Przesłuchują dwóch zbrodniarzy, którzy byli z nimi i prawdopodobnie mają kluczowe informacje. Tymczasem Weitz powraca z planem zemsty.

Do FBI wraca Rich Dotcom. Mężczyna ma pewien pilny problem i potrzebuje pomocy swoich dawnych kolegów, by go rozwiązać.

Weller i Nas prowadzą pościg za informatorem, który znalazł kryjówkę w Bułgarii. Jane i Roman razem udają się na niebezpieczną misję. Reade i Zapata otrzymali nową - trudną oraz niezwykle pilną - sprawę.

Po tym, jak prominentny polityk został prawie zabity podczas wiecu, Weller i jego zespół muszą współpracować z amerykańską marszałek Allie Knight, aby pokonać przywódcę Irish Mob.

Nas i Weller próbują podołać obowiązkom liderów. Razem szukają zabójcy z muzealnych uroczystości, który skrywa mroczny sekret. Detektywi odkrywają, że potrafią jednak ze sobą współpracować. Tymczasem Jane nie potrafi zaaklimatyzować się w CIA. Dopiero teraz zaczyna doceniać swój dawny zespół.

Weller i jego zespół muszą powstrzymać serię zamachów terrorystycznych, do których dojdzie w Nowym Jorku. Mają niewiele czasu. Przestępcy zmuszają Jane do uczestniczenia w ich działaniach.

Skorumpowany agent DEA chce sprzedawać rakiety stingera kartelowi narkotykowemu. Zespół próbuje powstrzymać ten plan. Jednak wspólna praca okazuje się dla nich trudna ze względu na Jane i Nasa.

Jane zostaje schwytana przez agencję wywiadowczą CIA. Członkowie organizacji zmuszają kobietę do współpracy. Od tej pory Jane będzie potrójnym agentem.