Na te zijn ontsnapt uit de handen van de CIA wordt Jane ingerekend door het team van Weller. Zij overtuigen Jane om zich tegen haar oude terroristische organisatie te keren, waar ze grote geheimen uit haar verleden ontdekt. Het bedrog van beide kanten dreigt Jane en het team voorgoed uit elkaar te drijven.

Het team racet tegen de klok om een corrupte DEA-agent tegen te houden, die stinger raketten aan een drugskartel wil verkopen. Ondertussen doet Weller er alles aan om het team bij elkaar te houden na de gebeurtenissen met Jane en de toevoeging van Nas als mede leider van het team.

Weller en het team doen er alles aan om een serie van escalerende bomaanslagen in New York tegen te houden. Jane wordt door haar oude organisatie gedwongen om een huurmoord uit te voeren om haar loyaliteit aan te tonen.

Nas en Weller werken aan hun rollen als mede leiders tijdens een operatie om een museumgala moordenaar met een duister geheim tegen te houden. Jane begint een softere kant van haar oude organisatie te zien.

Nadat een prominente politicus bijna is vermoord tijdens een bijeenkomst moeten Weller en het team samenwerken met U.S. Marshal Allie Knight om een bendeleider uit te schakelen.

Rich Dotcom keert terug bij de FBI wanneer hij hulp nodig heeft met een belangrijk probleem en bescherming wil. Reade en Zapata maken ruzie over een zaak.

Weller en Jane raken tijdens een undercover missie vermist, waardoor het team zich wendt tot twee criminelen die er meer over weten. AUSA Weitz keert terug met een vendetta tegen het team.

Nadat Jane ontdekt dat Sandstorm zich klaarmaakt voor een aanval riskeert ze alles om een SOS-signaal naar haar team te sturen. Het team van Weller bestormt het hoofdkantoor van Sandstorm.

Patterson is vermist en Roman loopt vrij rond. Het is aan Jane en Weller om hem eerder te vinden dan Shepherd. Zapata vindt ondertussen een gecodeerde boodschap die de FBI naar de locatie van Borden weet te brengen.

Nadat een van de meest gezochte terroristen plotseling in New York opduikt, moet het team samenwerken met de CIA om een bomaanslag te voorkomen.

Een ongewone tatoeage leidt naar Roman, waarna het team hem samen met Jane bij een motorbende undercover stuurt. Jane en Roman maken een riskante deal met de bende om Sandstorm in de val te lokken en Shepherd te arresteren. Ondertussen moeten Patterson en Reade hun demonen onder ogen zien.

Het team heeft een grote doorbraak in de Sandstorm-zaak als het de ware identiteit van Shepherd aan het licht brengt. Weller ontdekt zijn mysterieuze en decennia-oude connectie met Shepherd.

Een tatoeage brengt het team op het spoor van een geheime genootschap. Alleen Rich Dotcom, één van de alumni, kan dit genootschap infiltreren.

Het team maakt jacht op een dodelijke koerier uit de onderwereld nadat een set tatoeages meerder aanknopingspunten geven.

Weller en Jane komen oog in oog te staan met de bron van Nas in Sandstorm. Ze moeten het nu zien op te nemen tegen een oude vijand.

Jane en Oliver komen in een gevaarlijke situatie terecht waarbij hun geheimen boven water komen. Niet wetende of ze elkaar kunnen vertrouwen, moeten ze samen in leven zien te blijven.

Het team wordt onderzocht door een oude rivaal en het blijkt lastig om overeind te blijven. Een tatoeage brengt hen ondertussen op het spoor van een mysterieuze dode in een weeshuis.

Jane en Weller gaan undercover bij een grote machtige hackers die op zoek zijn naar verborgen schatten. Shepherd reist naar Thailand om een wapen te bemachtigen.

Zapate belandt in de gevangenis samen met een machtige persoon van Sandstorm: Devon. Weller en het team krijgen het lastiger dan ooit om Zapate te redden.

Het team weet eindelijk iemand van Sandstorm te breken. Dit zorgt meteen tot een enorme doorbraak in het ontdekken van fase twee.

Terwijl de FBI met een groot verlies probeert om te gaan, bevindt Weller zich middenin een onverwachte situatie. Jane gaat ondertussen een onzekere toekomst tegemoet.