Quando dopo tre mesi, Jane sfugge alla CIA, Weller e la squadra la riportano all’FBI, qui l'agente del NSA, Nas rivela che Jane e Oscar erano membri della Sandstorm il gruppo guidato da Shepherd e propone di usare Jane come infiltrata per vendicare Mayfair.

La squadra deve impedire a un agente corrotto della DEA di vendere Missili Stinger a un cartello della droga. Weller cerca di tenere la squadra unita dopo la frattura con Jane e l’arrivo, poco gradito, di Nas.

Weller e la squadra devono impedire che una serie di bombe esplodano a New York, Jane deve dimostrare la sua lealtà a Sandstorm uccidendo un uomo, quando la ragazza fallisce il test, il fratello Ramon corre in suo aiuto.

Dopo aver decifrato un tatuaggio di Jane, la squadra si nasconde in un galà organizzato da un Museo per catturare un assassino che si rivela un ex agente della CIA. Mentre Nas e Weller provano a migliorare la loro intesa, Jane comincia a vedere alcuni aspetti positivi della sua vecchia organizzazione.

Un importante politico rischia di essere ucciso durante una manifestazione, la squadra lavora con l’US Marshal Allie Knight per catturare uno dei leader della mafia irlandese.

Il sistema informatico dell’FBI viene violato da Rich Dotcom che cerca di attirare l’attenzione poiché ha bisogno dell'aiuto della squadra per una questione cruciale. Nel frattempo, Roman viene a sapere che Jane è rimasta fedele all’FBI.

Jane e Weller scompaiono mentre lavorano sotto copertura, il team interroga due criminali che erano con loro per avere informazioni decisive. Nel frattempo, Weitz ritorna e cerca di vendicarsi della squadra minacciando la carriera di Nas.

Jane invia segretamente un SOS al suo team dell’FBI quando viene a sapere che un attacco di Sandstorm è imminente. Shepherd rivela l’esistenza di una talpa all’interno della squadra.

Patterson è catturata dalla talpa e torturata da Shepherd per avere le informazioni che le servono. Roman soffre di una nuova amnesia. Pellington mette Nas fuori dall'FBI per aver ordinato il fallito attacco contro Sandstorm.

Il team lavora con la CIA per fermare un attacco terroristico dopo che un accordo con il leader terrorista Anton Stepulov è saltato. Una psichiatra, dopo averlo valuto, sostiene che Roman manca di empatia.

Un tatuaggio di Jane si riferisce a Roman e coinvolge una banda di motociclisti con una cattiva reputazione, ma la squadra deve decidere se si fida di Roman al punto tale da mandarlo in missione sul campo.

La vera identità di Shepherd è scoperta dalla squadra, così come il suo legame di lunga data con Weller, che potrebbe, senza saperlo, fare il doppio gioco. Reade si avvicina all'ex fidanzata di Freddy.

Il team di Weller seguendo le indicazioni di uno dei tatuaggi è costretto a infiltrarsi in una potente società segreta con l’aiuto di Rich Dotcom. Nel frattempo Nas e Jane cercano di innescare i ricordi di Roman portandolo nelle varie località dove Shepherd ha abitato.

Dopo che Rich Dotcom ha decifrato uno dei tatuaggi, la squadra si mette sulle tracce di un gruppo dedito al contrabbando di organi umani, ma le piste da seguire sono molteplici per cui il team si divide con accoppiamenti inusuali Weller e Roman; Jane e Zapata; Patterson e Reade.

Weller e Jane si trovano faccia a faccia con la persona che Nas ha infiltrato all’interno di Sandstorm e scoprono che si tratta di un loro vecchio nemico.

Jane e Oliver si trovano in una situazione pericolosa che finisce per far venire alla luce i rispettivi segreti, per cui i due non sanno se possono fidarsi l’uno dell’altro. Nel frattempo, Weller e il resto della squadra fanno tutto il possibile per salvarsi.

Un tatuaggio porta la squadra a indagare sulla morte misteriosa di una ragazza ospite di una casa di accoglienza. Nel frattempo, la squadra deve difendersi quando viene messa sotto inchiesta da un vecchio rivale.

Patterson riesce a congelare i conti di Sandstorm prima che Shepherd possa acquistare i materiali nucleari. Nel frattempo, la squadra di Weller segue un altro tatuaggio e si imbatte in due hacker che hanno messo all’asta dei dati sensibili per la sicurezza nazionale.

Zapata va sotto copertura in carcere per avvicinare Devon, una ragazza che ha forti legami con Sandstorm. Quando le due riescono a evadere e il piano va male, Weller e la squadra devono affrettarsi per aiutare Zapata la cui copertura potrebbe essere saltata.

La sede della squadra è attaccata da Shepherd e i suoi uomini, Roman si riunisce a Sandstorm, Weller apprende qualcosa in più sul suo ruolo e sulla Fase Due del gruppo terroristico.

Mentre l'FBI deve confrontarsi con una tragedia, Weller è al centro di un evento sorprendente. Jane si trova di fronte ad un futuro incerto.