Jane rømmer fra CIAs varetekt, men blir straks innhentet av teamet som overbeviste henne om å bli en trippelagent i hennes gamle terrororganisasjon.

Teamet haster for å stoppe en korrupt DEA-agent fra å selge stinger-missiler til et narkokartell. Weller forsøker å holde gjengen samlet.

Weller og teamet kjemper mot klokken for å stoppe en serie av økende bombing i New York City, mens Jane tvinges til å dra ut på et snikmorder-oppdrag for å bevise hennes lojalitet.

Nas og Weller forsøker å finne dynamikken som samledere under teamets jakt for en snikmorder på en museumsgalla, som viser seg å brygge på en mørk hemmelighet.

En prominent politiker er nær ved å dø under en demonstrasjon, og Weller og teamet på jobbe sammen med Allie Knight fra marineflåten for å ta ned en leder for den irske mafiaen.

Mens Weller og Nas jakter på en varsler på rømmen i Bulgaria, drar Jane på et oppdrag for Sandstorm med Roman.

Rich Dotcom kommer tilbake til FBI når han trenger hjelp med et problem som haster.

Jane og Weller forsvinner under et undercover-oppdrag, og resten av teamet må forhøre to kriminelle som har løsningen på hvordan de skal finne dem.

Jane får vite at Sandstorm ruster opp til et kommende angrep. Hun risikerer alt ved å prøve å hjelpe FBI-teamet.

Patterson er savnet og Roman som nettopp har fått hukommelsestap, er på rømmen. Jane og Weller må nå kjempe mot Shepard og klokken for å finne dem før det er for sent.

En av verdens mest ettersøkte terrorister dukker opp på radaren i NY av ukjente grunner, og teamet må samarbeide med CIA for å stoppe et bombeangrep.

Når en uvanlig tatovering leder til Roman, må teamet bestemme seg for om de vil sende Roman undercover med en farlig MC-klubb.

Teamet får et stort gjennombrudd i Sandstorm-saken når de oppdager Shepards egentlige identitet og koblingen hun har til Weller.

En tatovering peker mot en mektig og hemmelig orden, men teamet kan ikke infiltrere det uten hjelp fra en av ordenens medlemmer - Rich Dotcom.

Når flere sammenfallende tatoveringer gir flere ledetråder, deler teamet opp seg med uvanlige makkere, for å jakte på en dødelig kurerer i underverdenen.

Weller og Jane får endelig rede på Nas kilde innen Sandstorm, og møter en gammel fiende.

En farlig situasjon eksponerer hemmelighetene som både Jane og Oliver har skjult fra hverandre. Kan de stole på hverandre?

Teamet kjemper med å forsvare seg selv når de etterforskes av en tidligere motstandere. Samtidig leder en tatovering dem til et mystisk dødsfall i et fosterhjem.

Jane og Weller går undercover på en risikabel jakt etter hemmeligstemplede dokumenter som finnes i hendene på mektige hackere.

Zapatas handlinger kommer i kapp med henne, noe som gjør at hun havner i fengsel sammen med en potensielt farlig alliert av Sandstorm, Devon.

Teamet lykkes endelig å få informasjon av et Sandstorm-medlem, noe som leder til et stort gjennombrudd i avdekkingen av fase to.