Jane-t a CIA egy titkos helyszínen kínozza, amíg el nem szökik. Naz Kamal a Nemzetbiztonsági Ügynökségtől felkeresi Weller csapatát azzal, hogy segítsenek megtalálni, és visszaállítani az ő oldalukra Jane-t, hogy ezután hármas ügynökként ténykedhessen, és lebuktathassa egykori szervezetét.

Shepherd azt mondja Jane-nek, hogy érje el, hogy Wellerék egy másik tetoválás megfejtésén fáradozzanak. A minta a Kábítószer-ellenes Hivatal egyik korrupt munkatársához vezet, aki rakétákat és automata fegyvereket készül eladni az egyik mexikói drogkartellnek. A Naz Kamallal kiegészült csapatban egyre csak nő a feszültség, amit Wellernek kell kordában tartania. Roman aggódik, hogy nővére nélküle is boldogulni fog-e – főleg, miután azt a hírt kapja, hogy a Homokvihar ismét kiszúrta Cade-et.

Wellerék egy sorozatrobbantó után nyomoznak, akinek a bombái egyre több áldozatot követelnek New Yorkban. Roman és Shepherd hűségpróba elé állítják Jane-t: meg kell ölnie egy mérnököt, volt bajtársát, akit ráadásul annak idején még ő szervezett be.

A csapat egy hacker után nyomoz, aki szigorúan őrzött épületek tervrajzait rejti el módosított videójátékaiba, hogy azokat aztán eladhassa az interneten. A videók igazi bűntényekre készítik fel a rablókat. Eközben Roman elviszi Jane-t a fertőzött Aurora-tóhoz, hogy Jane képet kapjon arról, miért is harcol a Homokvihar.

Egy fegyveres merényletet követ el az egyik szenátor ellen. A szenátor túléli, és a lelőtt merénylőről kiderül, hogy az ír maffia egyik embere. Mivel a szenátor az egyik maffiavezér unokatestvére, behozzák Patrick O’Malleyt kihallgatásra, aki azonban csak Allie-vel hajlandó beszélni. Jane-nek újabb emlék ugrik be az afganisztáni robbantásról, ami elkeseredett lépésre sarkallja az aggódó Shepherdöt és Romant.

Reade és Zapata a Jones-ügyön dolgozik; Jane Romannel tart, hogy megszerezze a mikrocsipet a Bradley Dynamics laborjából. Weller és Naz Bulgáriába repülnek, mert a jelek szerint ott rejtőzik Douglas Winter, aki három éve titkos nemzetbiztonsági és hírszerző információkat szivárogtatott ki.

Gord Enver alias Ajser Suska ismét felbukkan: ezúttal azért kéri az FBI segítségét, mert állítása szerint egy rejtélyes bérgyilkos, az Akkádiai van a nyomában. Wellerék nem bíznak benne, de hamarosan rájönnek, hogy az orgyilkos nem csak létezik, de beszabadult az FBI központjába is, hogy megölje Suskát, és mindenkit, aki az útjában áll.

Wellernek és Jane-nek nyoma vész egy fedett akció során. Weitz szövetségi ügyész pedig a legrosszabbkor bukkan fel, hogy ellenőrizze a nyomozást. Zapata és Reade nem tudnak dűlőre jutni afelett, hogy mi legyen a bizonyítékraktárból elemelt gyilkos fegyverrel.

Jane rájön, hogy a Homokvihar néhány órán belül támadást indítana. Mivel Romannel van, mindent kockára tesz, hogy titokban értesítse a csapatot. Weller a kórházba siet, mert azt a hírt kapja, hogy Allie balesetet szenvedett.

Borden elrabolta Pattersont, akiből Shepherd kínzással akarja kicsikarni az információkat. Jane megpróbálja felszínre hozni öccse elveszett emlékeit. Zapata a lábadozó Reade-nek segít. Pellington igazgató arra készül, hogy eltávolítsa Nazt.

A Dabbur Zann egyik ismert terroristája Amerikába látogat. A csapat kénytelen összedolgozni Keaton CIA-s egységével, hogy megakadályozzák a bombagyártó tervezett merényletét. Eközben Romanhez egy profilozót hívnak, aki vészjósló konklúzióra jut az amnéziás férfival kapcsolatban.

Miután Patterson megfejti a leopárdos tetoválást, a csapatnak el kell döntenie, hogy érdemes-e terepre küldeni az instabil és amnéziás Romant, hogy beépüljön egy veszélyes motoros bandába.

Zapata és Reade egy bibliai álidézetnek néz utána egy gazdaság területén, míg Weller, Naz és Jane Kurt múltját kutatja a katonai akadémián, hogy rájöjjenek, miért olyan fontos Weller Shepherdnek.

Jane egyik tetoválása egy főiskola titkos társaságához vezet, ezért a csapat kénytelen-kelletlen ismét Gord Enverhez alias Ajser Suskához és Boston Arliss Crabhez fordul segítségért, mivel ők a főiskola öregdiákjaiként elmehetnek az évfolyamtalálkozóra, ahova magukkal vihetnek 1-1 párt is.

Mivel több, egymással valahogyan összefüggő tetoválást fedeznek fel Jane testén, a csapat három részre oszlik. Weller terepre megy Romannel, Jane és Zapata egy fogvatartottat kérdez ki, míg Pattersonhoz a későn érkező Reade társul. Naz üzenetet kap a Homokviharba épült forrásától, aki találkozni akar vele.

Kiderül, hogy ki Naz belső forrása a Homokviharnál - olyasvalaki, akire senki nem számított. Mivel azt állítja, tudja, hol lesz Shepherd, díjazás fejében hajlandó megadni Welleréknek a pontos helyszínt. De vajon bízhatnak benne?

A csapatnak ki kell szabadítania Jane-t és Olivert az emberrablók fogságából, akik nem csak értük kérnek váltságdíjat. Közben Weller azon gondolkozik, hogy mihez kezdhetne az egyre rosszabb állapotban lévő Romannel, és hogyan beszélhetne Reade-del a drogtesztről. Patterson úgy érzi, Borden halálával ideje befejeznie a terápiát.

Weller úgy dönt, hogy Romant is terepre engedi, abban bízva, hogy a múltja révén segíthet egy nevelőotthonnal kapcsolatos halálesetben. Weitz ügyész folytatja boszorkányüldözését, és a csapat minden tagjától vallomást vár - még Jane-től és Naztól is. Reade a kórházban találkozik egy háborús veteránnal, aki arra próbálja rávenni, hogy ne kövesse őt a lejtőn, hanem szálljon szembe a démonjaival.

A csapat felfedezi a Homokvihar egy újabb feltételezett tagját, Devont, akit fegyvercsempészet vádjával tartanak előzetes letartóztatásban. Zapata beépül hozzá a börtönbe, hogy közel kerülve információt csikarjon ki belőle. Időközben kiderül, hogy Devon szerelme, Parker, aki a Homokvihar egyik kulcsfigurája. Új terv születik: megszöktetik Devont, aki így elvezeti őket Parkerhez.

Shepherd és csapata betör az FBI–hoz, hogy a Nemzetbiztonsági Hivatal által bekötött védett hálózaton sebezhetővé tegyenek más kormányhivatalokat, amelyekben bombákat rejtenek el, így előkészítve a tervük következő szakaszát. Jane és Kurt kapcsolata új fordulatot vesz.

Shepherd nukleáris fegyvert rejt el Washingtonban, hisz a valódi terve végig az volt, hogy kiiktassa az egész kormányt. A csapat felfedezi ezt, és míg Weller a töltetekről gondoskodik, Patterson kiiktatja az űrsiklót a NASA segítségével, amely berobbantotta volna azokat. Jane és Kurt összeházasodnak, de nem teljes az öröm, hisz Roman megszökött...