После побега из-под стражи ЦРУ команда отвоевывает Джейн и убеждает ее стать тройным агентом в своей прежней террористической организации, где она раскрывает некоторые крупные секреты из своего прошлого, хотя недавние предательства обеих сторон грозят навечно разлучить её и её команду.

Команда стремится остановить коррумпированного агента Управления по борьбе с наркотиками в ходе сделки по продаже ракет "стингер" наркокартелю, в то время, как Уэллер борется за то, чтобы удержать всех вместе в условиях возрастающего давления из-за разногласий Джейн с остальными и неудобного дополнения в виде Нас в качестве параллельного лидера.

Уэллер и команда должны успеть остановить череду участившихся взрывов в Нью-Йорке, в то время как Джейн вынуждена согласиться на миссию с убийством, чтобы доказать свою верность... или пострадать от последствий.

Нас и Уэллер подстраивают друг под друга свои новые действия в качестве партнёров по лидерству в ходе охоты команды за убийцей с презентации в музее, который, как оказалось, скрывает темную тайну; Джейн начинает видеть положительные стороны своей прежней организации.

После того, как известный политик был едва не убит во время митинга, Уэллер и его команда должны работать с маршалом США Элли Найт, чтобы победить лидера банды.

Пока Уэллер и Нас преследуют беглого агента в Болгарии, Джейн выходит на миссию от "Sandstorm" вместе с Романом. Рид и Запата должны справиться с неотложным вопросом.

Рич Дотком возвращается в ФБР, где он должен помочь с насущной проблемой.

Когда Уэллер и Джейн пропали во время секретной операции под прикрытием, остальные члены команды должны допросить двух преступников, которые владеют ключом к их обнаружению. Заместитель Федерального прокурора США Вейтс возвращается в строй, объявив вендетту команде.

После того, как Джейн узнает, что "Sandstorm" готовится к предстоящей атаке, она рискует всем, чтобы отправить секретное сообщение "S.O.S." своей команде в ФБР.

Паттерсон пропала... и недавно потерявший память Роман находится на свободе. Джейн и Уэллер должны догнать Шеперд - и упущенное время - чтобы найти их, пока не стало слишком поздно.

После того, как один из самых разыскиваемых в мире террористов появляется в Нью-Йорке по неизвестным причинам, команда должна сотрудничать с ЦРУ, чтобы остановить смертельные взрывы.

Когда необычная татуировка приводит обратно к Роману, команда должна решить, следует ли отправить его на полевое задание... работать под прикрытием в опасной банде байкеров.

Команда добивается серьезного прорыва в деле о "Sandstorm", когда они обнаруживают истинную личность Шеперд... и давнюю связь между ней и Уэллером.

Татуировка направляет команду к сильнейшему тайному обществу, но они не могут проникнуть в него без помощи одного из своих "выпускников"... Рича Доткома.

Джейн и Веллер наконец-то смогут встретиться со своим могущественным врагом, который и запустил цепочку событий, приведших главных героев в загадочное место. Вот только злодей обладает ценной информацией по поводу прошлого Джейн, поэтому девушка не может его убить.

Оливера и Джейн похищают неизвестные люди. Оливер вспоминает, что он и его родители давно отдыхали в доме, в котором их с Джейн держат в заложниках. Он понимает, что их похищение как-то связано с денежными махинациями его отца, Магнуса Стила. У Курта и остальной команды совсем мало времени до того, как похитители начнут претворять в жизнь свои угрозы. Ситуация усложняется еще и тем, что преступники похитили не только Джейн и Оливера, но и детей сообщницы Магнуса Стила. Тем временем Риду предстоит тяжелый разговор с Куртом по поводу его увлечения наркотиками.

Команде Курта предъявляют обвинение в пособничестве террористической организации. Мэтью Уайтс начинает допрашивать каждого по-очереди, но Курт не собирается прекращать работу из-за этого. Им предстоит выяснить, как связана смерть девочки из приемной семьи с деятельностью “Песчаной бури”. Тем временем Рид попадает в больницу и, выйдя из нее, решается встретиться со своими демонами и посмотреть видеокассету.

Рид решает вернуться на работу, и Курт дает ему второй шанс. Паттерсон разгадывает тайну очередной татуировки. Она приводит их к сайту «Ликхаб», где публикуются секретные данные. Среди прочих документов там опубликован и протокол Трумана, который, возможно, поможет разобраться, в чем будет состоять второй этап плана Шепард. Курт и Джейн должны пройти испытания, придуманные создателями сайта, чтобы получить доступ к необходимым им документам.

Оказалось, что арест Запаты это операция по её внедрению для получения информации от Девон — девушки-боевика, связанной с Sandstorm. Но Таше приходится действовать не по плану: Девон ранена другой заключённой, Запата организует побег. Веллер узнаёт правду об убийстве Эммы, и что виновна в этом Шепард, а не Джейн. После побега, Девон организует встречу со своим возлюбленным Паркером, снайпером из группы Sandstorm. Паркер узнаёт Запату и использует её чтобы устроить засаду на Веллера и Джейн. Паттерсон выходит из себя, нападает на одного из своих подчинённых и выходит из дела. Веллер спасает Запату, захватывает Паркера и Девон. Джейн невольно вызывает у Романа воспоминание о том, что это она стёрла ему память, Роман приходит в ярость.

Команда Курта узнает координаты базы Шепард. Курт с Джейн отправляются туда, в то время как Запата, Рид и Паттерсон остаются в отделе. Прибыв на место, Курт и Джейн обнаруживают, что в огромном ангаре расположена точная копия их отдела ФБР. Вскоре они понимают, зачем Шепард это было нужно. Тем временем Роману предстоит сделать выбор между Джейн и Шепард.

Курт догадывается, зачем была созвана государственная подкомиссия и сообщает команде, что Шепард планирует уничтожить все правительство. Несмотря на ранение Запата выходит на работу, и вместе с Китоном они с помощью дрона находят ядерное топливо, которое Шепард прячет в машине скорой помощи. Курт и Джейн отправляются в Вашингтон, чтобы перехватить Шепард, а Паттерсон пытается перенаправить глайдер, который вот-вот ударит по Капитолию.