A beautiful, naked amnesiac is found in Times Square covered in mysterious tattoos, including one bearing the name of FBI Agent Kurt Weller. Special Agent Weller and his FBI team must decode the map of clues on Jane Doe's body in order to thwart a deadly terrorist attack. Who is Jane Doe - is she an asset or enemy? Who wiped her memory? And who is behind the tattoos?

The team unlocks a cryptic tattoo that points to Major Arthur Gibson, an Air Force pilot with a painful past and a lethal agenda. Jane continues to search for clues to her identity and is haunted when flashes of a disturbing memory force her to question her past. Meanwhile, Weller thinks he might know Jane's true identity.

Джейн успява да размени няколко думи с непознат мъж, който я познава, преди да бъде убит. Междувременно при обир е заловен мъж с татуировка, на тюлените, идентична с една от татуировките на Дежейн. Кърт Уелър и Мей Феър обсъждат ролята на Джейн в екипа, докато чакат резултатите от ДНК изследването.

Patterson and her puzzle-expert boyfriend, David, decode a tattoo clue that sends the team to the Centers for Disease Control (CDC). While at the CDC, the team discovers a hidden message on Jane's body that uncovers a plot that could have catastrophic global consequences. Meanwhile, Jane and Weller grow closer.

After a seemingly straightforward hostage situation turns out to have deeper international implications, the CIA and FBI find themselves racing against each other to apprehend the same criminal with a dark history. Carter expresses concern about Jane's trustworthiness, causing friction with Mayfair and testing Reade's loyalty to the team. Meeting Weller's family proves overwhelming for Jane as she grapples with her identity.

When an assassination leads the team to a dangerous app that allows criminals to track government vehicles, they have to work with the app's surprising creator to take it down. Jane and Weller attempt to keep their relationship professional. Zapata struggles with a moral issue.

Екипът попада на Сао Гереро - един от най-издирваните престъпници, в зтънтено малко градче. Арестуват го, но разбират, че местните не възнамеряват да им позволяват да отведат благодетеля им просто така.

After a police officer is murdered, Patterson unlocks a disturbing tattoo that appears to have predicted his killing, and the team chases a violent clue trail to stop further attacks. Mayfair reveals secrets from her past to Weller, seriously testing their relationship.

Джейн и Уелър се представят за наемни убийци, за да предотвратят попадането на ценен списък в погрешните хора.

Екипът на Уелър попада на спяща клетка от шпиони. Сега тя е активирана и времето на мишените им изтича.

Jane reels from a series of massive revelations about her tattoos and grapples with whether to trust Oscar. Meanwhile, a tattoo leads the team to a shocking discovery in the Black Sea.

Ветеран от Ирак стреля във военна база, а екипът започва да разследва историята на младежа, който също има проблем с паметта. Джейн успява да си припомни части от миналото си свързано с военната ѝ подготовка.

След смъртта на руската шпионка започва търсене на "къртицата" във ФБР. Джонас Фишър отново се появява и застрашава Джейн. Екипър разследва руски дипломати участващи в престъпна схема, което изненадващо оказва влияние върху търсенето на къртицата.

Запада минава под прикритие, в резултат от разследване на смъртна присъда, която изглежда е несправедливо издадена. След "лова" за къртицата Джейн обмисля да напусне ФБР.

After a painting featuring one of Jane's tattoos is heisted from a gallery, the team discovers Jane is the real target. In order to protect her team, Jane goes AWOL.

After an armored truck is robbed, the team discovers that the stolen goods are chemical weapons and they must race to thwart a terrorist plot. Meanwhile, Jane grapples with a confusing memory of Weller - while growing even closer to Oscar. Meanwhile Patterson receives a phone call from someone from her past.

After Patterson discovers a hidden message in the New York Times crossword, she embarks on a tattoo scavenger hunt that leads her into danger. Oscar finally tells Jane more about who she was, and Weller seeks his Dad's opinion about who kidnapped Taylor Shaw.

Рич Дот Ком решава да съдейства на Уеуър за залавянето на Актар - благодетел на множество терористични организации. Но според неговите правила.

Поредната разгадана татуировка води Уеуър и екипа в университет. Съмненията за злоупотреби със стипендии остават на заден план когато започва стрелба с автоматично оръжие, а комуникациите са прекъснати.

Открито е малко скитащо се момиченце, цялото в кръв. То не говори, но рисува. Една от рисунките съвпада с татуировка на Джейн и представлява символ на терористична организация. Джейн има задача - да копира информация от компютър на ФБР, но междувременно отново се сближава с Уелър.

След убийството на Александра Мейфеър официално става обект на интерес за прокуратурата. Бащата на Уелър се влошава. Сградата е хакната, комуникациите са прекъснати и целия персонал остава заключен, без възможност за придвижване из блокираната сграда.

Джейн съжалява за стореното, но Александра се появява и ѝ разяснява част от плана им. Мейфеър е под домашен арест, но решава сама да открие истината, за това как и кой я е натопил. Чистач намира бебе с татуировка в сак. Разследването ядосва бивш кандидат за президент, а Джейн е отстранена от ФБР. 

Преди да умре бащата на Уелър признава, че е убил малката Тейлър. Джейн търси Оскар, след като той прострелва Мейфеър. Нещата не се развиват в нейна полза и сега тя е на път да загуби паметта си а втори път. Едгар, Запата и Патерсън издирват Мейфеър.