I seriepremieren setter funnet av Jane Doe igang et vidt og kompleks mysterium som umiddelbart vekker oppmerksomhet hos FBI.

Mens Jane fortsetter å søke etter ledetråder til hennes identitet, løser teamet en kryptisk tatovering som leder til en jagerpilot med en vond fortid og en dødelig agenda.

Janes SEAL-tatovering knytter henne til et kriminelt nettverk som kanskje har ledetråder til hennes fortid. Samtidig får Jane besøk av en mystisk mann fra hennes første minne.

Patterson og hennes kjæreste dekoder en tatovering og den skjulte beskjeden som leder til en katastofalt omfattende konspirasjon hos CDC.

Når et mord leder teamet til en farlig app som gir kriminelle tilgang til å spore statlige kjøretøy, må teamet samarbeide med en uventet alliert for å stoppe den farlige appen.

En av Janes tatoveringer leder teamet til et avsidesliggende sted der de mister kontakten med FBIs hovedkontor, og står ansikt til ansikt med en farlig forbryter.

Når Patterson løser en skremmende tatovering som forutser et politimord, må teamet jage en rekke voldsomme ledetråder for å forhindre en serie av politimord.

Jane og Weller går undercover som et leiemorderpar i verdensklasse, for å forhindre at dødelig informasjon havner i gale hender. Den inntime oppgaven fører dem nærmere enn noensinne.

Teamet går etter en gjeng sovende spioner som akkurat har blitt aktivert, og haster for å stoppe et massemord.

Jane gjenhenter seg etter avsløringene om hennes tatoveringer, samtidig som hun overveier om hun skal stole på Oscar eller ikke. Teamet følger en farlig sak utenlands.

Etter at en plaget krigsveteran begynner å skyte mennesker, oppdager teamet et ubehagelig plott, mens Jane og Weller haster for å stoppe en ensporet forsker.

Et tips avslører at det er en muldvarp på FBIs New York-kontor, må teamet jakte på agenten mens de må hanskes med ekstreme sikkerhetstiltak fra Inspektør Fischer.

Mens Jane vurderer å forlate FBI, leder et anonymt tips teamet til å etterforske en hastig Death Row-sak - som ender med at Zapata må gå undercover.

Etter at et maleri med en av Janes tatoveringer blir stjålet fra et galleri, oppdager teamet at Jane er det virkelige målet. For å beskytte teamet stikker Jane av.

En pansret lastebil blir ranet, og teamet oppdager at lasten var kjemiske våpen. De må haste for å forhindre et dødelig terrorangrep.

Patterson oppdager en skjult beskjed i et kryssord, og begir seg ut på en farlig tattoeringsjakt.

For å stoppe en internasjonal farlig kriminell, må Jane og Weller samarbeide med en uventet alliert: deres tidligere mål, Rich DotCom.

Når en skoleskyting bryter ut under etterforskningen av en tatovering, deler teamet seg opp for å overmanne gjerningsmannen. Samtidig som Mayfair må hanskes med problemer fra hennes fortid.

Teamet beskytter en mystisk jente med en kobling til en tattoering, men hennes tilknytning til en terrororganisasjon setter hele teamet i fare.

Kriminelle hacker infiltrerer bygningen, og FBI går i lockdown - teamet fanges på innsiden og konfronterer hverandre med sine personalkonflikter.

Etter at en forlatt baby blir funnet med en tatovering identisk med Jane, haster teamet for å pusle sammen babyens identitet og redde flere titalls spedbarn.

I den sjokkerende sesongsfinalen, leter Weller etter sannheten i en hjerteskjærende og uventet påstand, mens Jane søker hjelp med Oscar hos en tidligere mistenkt.