뉴욕 타임스스퀘어 한복판에서 발견된 신원 미상의 여인. 자신의 이름조차 망각한 제인 도의 몸엔 의문의 문신이 가득하고, 그녀의 정체를 파헤치던 FBI 웰러 요원과 팀원들은 뜻밖의 음모를 마주한다.

제인 도는 하나둘씩 돌아오는 기억 속에 정체성의 혼란을 느끼고, 그녀의 몸에 새겨진 미스터리를 해독하던 웰러 요원과 팀원들은 전직 공군 조종사의 은밀한 과거로 이어지는 새 단서를 발견한다.

보석상을 습격하던 중 체포된 국제적인 강도 조직의 일원. 그의 몸에서 발견된 문신은 제인 도가 사건 해결의 열쇠임을 암시한다. 한편 제인의 역할을 두고 팀 내에서 갈등이 불거지고, 동시에 그녀의 정체를 밝힐 DNA 검사 결과가 공개된다.

웰러 요원과 팀원들은 참혹한 인질극을 진압한 끝에 더욱 거대한 미스터리를 마주한다. 한편 제인 도는 하나둘씩 밝혀지는 자신의 과거가 버겁기만 하고, 그녀의 신변을 두고 FBI와 CIA가 첨예하게 대립한다.

뉴욕시 한복판에서 벌어진 사우디 왕자 피격 사건. 제인 도의 몸에 새겨진 올빼미 문신이 수사의 유일한 단서다. 한편 제인과 웰러 요원은 서로를 밀어내려 하고, 궁지에 몰린 저파타는 선택의 갈림길에 선다.

제인 도의 문신에 이끌려 위험한 무법지대로 향한 웰러 요원과 팀원들은 미스터리 해결의 결정적인 단서가 될 뜻밖의 인물을 발견한다. 한편 패터슨은 남자 친구와 함께 제인의 퍼즐을 파헤치며 아슬아슬한 줄타기를 이어 간다.

브루클린에서 경찰을 노린 연쇄 살인 사건이 발생하자 웰러 요원과 팀원들은 제인 도의 문신 속 단서를 쫓아 분주히 움직인다. 한편 게레로의 등장으로 메이페어 부부장의 어두운 과거가 드러나자, 그녀를 향한 웰러의 신뢰는 시험에 든다.

제인 도와 웰러 요원은 수천 명의 운명을 가를 기밀 정보의 유출을 막고자 암살자로 위장한 채 파티에 잠입한다. 한편 웰러는 과거의 연인과 조우하고, 데이비드는 패터슨과의 관계 회복을 위해 애쓴다.

패터슨이 겪은 쓰라린 아픔으로 잠복 조직의 거대한 음모가 드러나자 웰러 요원과 팀원들은 서둘러 진화에 나선다. 한편 웰러를 향한 감정을 확인한 제인 도는 모든 수수께끼의 실마리가 될 의문의 인물을 마주한다.

제인 도의 문신 속에 감춰진 좌표를 따라 흑해로 향한 웰러 요원과 팀원들은 국제적인 테러 조직의 치명적인 음모를 파헤친다. 한편 패터슨은 보안 규정 위반으로 내사의 표적이 되고, 제인은 오스카의 등장에 혼란을 느낀다.

군 기지에서 발생한 의문의 총격 사건. 제인 도의 문신에는 범인의 충격적인 정체를 파헤칠 단서가 숨어 있다. 한편 제인은 팀원들과 오스카 사이에서 선택의 갈림길에 서고, 웰러 요원은 25년간 감춰 온 아버지의 비밀을 전해 듣는다.

FBI 뉴욕 지부에 러시아 스파이가 침투했다는 첩보를 입수한 피셔 수사관은 대대적인 내사를 펼친다. 팀원들은 자신의 은밀한 비밀이 드러날까 전전긍긍하고, 서로를 향한 신뢰는 시험에 든다.

한 남자가 살인 누명을 썼다는 익명의 제보를 받은 팀원들은 진범을 찾는 동시에 저파타를 구해야 한다. 한편, 제인은 FBI 팀으로부터 스파이로 의심을 받자 FBI를 떠나려고 한다.

미술관 도난 사건을 조사하던 중, 갑작스러운 폭탄 공격을 받는다. 제인은 자신이 표적임을 알게 되고 팀까지 위험에 처하게 되자 모두의 안전을 위해 자취를 감추기로 한다.

무장한 괴한들이 장갑차를 습격해 위험한 물건을 훔친다. 인명 피해를 막기 위해 팀원들은 배후를 찾기 시작하고 패터슨은 떠나간 데이비드가 남긴 십자말풀이를 풀다가 그가 남긴 메시지를 보게 된다.

패터슨은 데이비드가 죽기 전 문신을 해독한 걸 알게 되고 팀원들께 알리지 않고 홀로 단서를 추적하던 중 한 남자에게 납치가 된다. 한편, 매슈 와이츠는 저파타를 찾아와 메이페어 부부장에 대한 의문을 제기한다.

감옥에서 폭행을 당한 리치 닷컴이 FBI에 매력적인 거래를 제안한다. 팀원들은 일급 수배자를 잡고자 리치 닷컴과 공조하게 되고 늦은 밤 배서니에게 의문의 여성이 접근한다.

숫자 문신의 단서를 따라 대학교에 간 팀원들이 갑작스러운 총기 난사 사건에 맞닥뜨린다. 총과 폭탄으로 무장한 범인을 추적하는 동시에, 연락이 두절된 리드의 행방까지 찾아야 한다.

상처투성이의 여자아이가 길에서 발견이 되고 아이의 스케치북에는 제인의 문신이 그려져 있다. 아이가 테러 조직과 관련됐다는 걸 안 팀원들은 아이를 보호하며 테러 공격을 막기 위해 동분서주한다.

FBI 본부의 메인 서버가 해킹을 당해 수많은 사람이 건물 안에 갇히고 만다. 요원들은 영리한 해커들의 정체를 추적하면서 위험에 처한 사람들의 목숨을 구해야 한다. 한편, 미연방 검사인 매슈 와이츠가 메이페어 부부장의 사무실을 압수 수색한다.

갓난아이가 도심 한복판에 버려졌는데, 아기의 출생 기록은 어디에서도 찾을 수 없다. 웰러와 팀원들은 아기를 둘러싼 비밀 프로젝트를 파헤치고, 메이페어는 자신을 살인자로 몰아넣은 배후를 찾아 나선다.

아버지의 고백에 혼란을 느낀 웰러는 사실 확인을 위해 고향으로 돌아가 과거 흔적을 찾는다. 리드와 저파타, 패터슨이 메이페어가 남긴 의문을 파헤칠 때, 제인은 오스카로부터 충격적인 진실을 듣는다.