在时代广场发现了一名美丽的裸体健忘症患者，身上布满了神秘的纹身，其中一个纹身的名字是联邦调查局特工库尔特·韦勒。特工威勒和他的联邦调查局小组必须解码Jane Doe尸体上的线索地图，以挫败致命的恐怖袭击。谁是无名氏？她是资产还是敌人？谁抹去了她的记忆？纹身的背后是谁？

该团队解开了一个神秘的纹身，指向空军飞行员亚瑟·吉布森少校，他有着痛苦的过去和致命的议程。简继续寻找自己身份的线索，当一段令人不安的记忆迫使她质疑自己的过去时，她感到很困扰。与此同时，威勒认为他可能知道简的真实身份。

一伙臭名昭著的小偷几乎完成了这起完美的珠宝抢劫案，但一名纹身与简一模一样的海豹突击队小偷在犯罪现场被抓获。这个人认识简吗？与此同时，当韦勒和梅菲尔为简在团队中的角色而斗争时，简收到了这位神秘的大胡子男子的来访，并发出了模棱两可的警告。

帕特森和她的益智专家男友大卫解码了一条纹身线索，并将团队送往美国疾病控制中心。在美国疾病控制与预防中心期间，研究小组在简身上发现了一条隐藏的信息，揭示了一个可能会造成灾难性全球后果的阴谋。与此同时，简和韦勒越来越亲密。

在一场看似简单的人质事件被证明具有更深的国际影响后，中央情报局和联邦调查局发现自己正在相互竞争，以逮捕同一名有着黑暗历史的罪犯。卡特对简的可信度表示担忧，这引起了与梅菲尔的摩擦，也考验了里德对球队的忠诚度。当简努力寻找自己的身份时，与韦勒的家人见面对她来说是压倒性的。

当暗杀事件导致团队找到一款危险的应用程序，该应用程序允许犯罪分子追踪政府车辆时，他们必须与该应用程序令人惊讶的创建者合作，才能将其删除。简和韦勒试图保持他们的关系专业。萨帕塔正在与一个道德问题作斗争。

简的一个纹身把团队送到了一个偏远的地方，在那里他们发现自己与一名危险的罪犯面对面，这起案件考验了简和韦勒紧张的关系，并威胁要揭露梅菲尔的秘密。与此同时，帕特森打破规则解决了一个纹身难题。

一名警察被谋杀后，帕特森解开了一个令人不安的纹身，这个纹身似乎预示着他会被杀，团队追踪暴力线索以阻止进一步的袭击。梅菲尔向韦勒透露了她过去的秘密，认真地考验着他们的关系。

Jane和Weller作为一对世界级的暗杀情侣卧底，以防止致命信息落入坏人之手。亲密的任务使他们比以往任何时候都更亲密。与此同时，大卫开始了一项单独的任务，夺回帕特森，卡特与梅菲尔就如何处理一个危险的人发生了冲突。

在激动人心的季中大结局中，团队追捕一群刚刚被激活的潜伏间谍，并竞相阻止一系列暗杀行动。

简从一系列关于她纹身的大量爆料中解脱出来，并纠结于是否应该信任奥斯卡。与此同时，一个纹身带领团队在黑海发现了一个令人震惊的发现。

在一名伊拉克战争老兵射杀了一个军事基地后，该小组揭露了一个险恶的阴谋。当简和韦勒争相阻止一位专一的科学家时，简回忆起自己神秘的军事过去，并考虑与奥斯卡建立新的关系。

在一条线索显示联邦调查局纽约办公室内有内奸后，该小组必须在面临菲舍尔探长的严格审查的同时追捕这名特工。该团队最深层的秘密有可能被揭露，每个人都是潜在的嫌疑人，但有些人，尤其是无名氏，还有更多要隐瞒的。

一条匿名举报导致该小组调查一起紧急死囚案件，最终派出萨帕塔卧底。在追捕内奸的过程中差点被抓住后，简考虑离开联邦调查局。

在一幅简纹身的画作从画廊被盗后，小组发现简才是真正的目标。为了保护她的团队，简擅离职守。

在一辆装甲卡车被抢后，小组发现赃物是化学武器，他们必须争分夺秒挫败恐怖阴谋。与此同时，简努力克服对韦勒的困惑记忆，同时离奥斯卡越来越近。与此同时，帕特森接到了一个过去的人打来的电话。

帕特森在《纽约时报》的填字游戏中发现了一条隐藏的信息后，她开始了一场纹身寻宝活动，这让她陷入了危险。奥斯卡终于告诉简更多关于她是谁的事情，威勒就谁绑架了泰勒·肖征求了他父亲的意见。

在调查纹身的过程中，当学校发生枪击案时，小组会分头将枪手击毙。梅菲尔处理过去的一些问题。

当一个与纹身有关的神秘年轻女孩落入波登的照顾时，波登将她的案件提交给联邦调查局，但事实证明，她与恐怖组织的关系对他们所有人来说都是危险的。与此同时，矛盾的简开始再次与韦勒亲近，波登和帕特森之间的友谊开花结果。

当犯罪黑客潜入大楼，将小组困在SIOC内时，联邦调查局被封锁。当他们奋力摆脱困境时，近距离的冲突迫使梅菲尔、萨帕塔、里德和莎拉直面个人冲突。

在发现一名被遗弃的婴儿身上有与简一模一样的纹身后，该团队竞相拼凑出孩子的身份，拯救了数十名婴儿。愤怒的简质问奥斯卡秘密任务的结果。

韦勒在一个令人心碎和困惑的断言中寻找真相。简向一名前嫌疑犯寻求帮助，帮助他对付奥斯卡。与此同时，团队的其他成员努力帮助一位朋友。。。