New Yorkban, a Times Square közepén ott hagynak egy táskát. A tűzszerészek döbbenten tapasztalják, hogy bomba helyett egy agyontetovált, meztelen nő van benne. A nő tetoválásai közül a legfontosabb a következő: „Kurt Weller FBI”. Az ügynököt azonnal riasztja Mayfair igazgató, és a csapat elkezd dolgozni a rejtélyes ügyön: mindent ki kell deríteniük az ismeretlen „Jane Doe-ról”, mivel ő maga semmire sem emlékszik a múltjával kapcsolatban. Az egyik tetkó egy címet és egy dátumot tartalmaz, ami alapján az FBI elindul egy feltételezett elkövető után, aki talán válaszokkal szolgálhat. Ahogy bizonyos dolgokra fény derül Jane múltjából, a csapat egy küszöbön álló bombamerényletről szerez tudomást.

Jane tetoválásai alapján újabb nyomra bukkan a csapat: a rejtett jelek Arthur Gibson, a Légierő már leszerelt, de anno legjobb tartott pilótájához vezetnek. A férfi felrobbantja a házát, és menekülőre fogja. Wellerék igyekeznek az ügy mélyére ásni, és durva dolgokról rántják le a leplet: terrorizmus, drón-program, civil áldozatok. Gibson tovább folytatja gyilkos bosszúhadjáratát, miközben Jane-nek meg kell birkóznia egy újabb emlékkel, ami az előzőnél is erőszakosabb.

Egy rablóbanda egyik tagját elkapják egy ékszerrablás után. A férfi kórházba kerül, és bizonyos jelek arra utalnak, hogy talán ismerheti Jane-t. A csapat alig várja, hogy kitolják a rablót a műtőből – mit sem sejtve arról, hogy bűntársai is ki akarják szabadítani. Közben Jane-hez betoppan egy látogató a múltjából, de valaki nem akarja, hogy felvilágosítsa a lányt arról, hogy mi történt vele…

A sötét titkok kulcsa a nő testén lévő ábrákban keresendő! Jane egyik tetoválása most a járványügyi központba kalauzolja a csapatot, ahol Wellerék megdöbbentő felfedezést tesznek: egy rakás életveszélyes vírust tartalmazó fiola tűnt el. Zapatáról sötét titok derül ki.

Túszhelyzet alakul ki egy önkormányzati épületben. Jane tetoválása vezeti oda a csapatot még a rendőrség előtt. Weller gyanítani kezdi, hogy valami nem stimmel, és jóval több állhat a túszejtés hátterében, mint azt az egyik fegyveres sejteti.

Egy applikáció segítségével a bűnözők nyomon tudják követni a kormányzati járműveket, ami egyre több halálos áldozattal jár. A csapat a hacker nyomába ered. Vajon most is segíti az FBI munkáját a Jane testére tetovált megannyi talány?

Újabb tetoválást fejtenek meg Jane testén: a nyomok egy szakadár, fegyveres milíciához vezetnek, Draclynbe, ahol az ügy nem várt fordulatot vesz, amikor Wellerék rábukkannak egy régóta keresett bűnözőre. Reed továbbra sem tudja, hogy mennyire bízhat Jane-ben, Patterson pedig ezúttal túl messzire merészkedik, amikor Davidet is bevonja a rejtvényfejtésbe.

Miután meggyilkolnak egy rendőrtisztet, Patterson felfedez egy tetoválást Jane-en, ami látszólag előre megjósolta a bűncselekményt. Az elkövetés módja arra utal, hogy a tettes még több rendőr életének kioltását tervezi, ezért a csapat mindent megtesz annak érdekében, hogy minél előbb felgöngyölítse a 65-ös körzet rendőrségének kétes ügyeit. Mayfair eközben egyre több részletet oszt meg Wellerrel a titkos Napvilág-programról, amivel komolyan próbára teszi a szakmai kapcsolatukat.

Miután a tanúvédelmi program bizalmas adatai kiszivárognak, Jane és Weller bérgyilkos párként épül be a bűnözés világába, hogy visszaszerezze a védett tanúk álneveit és rejtekhelyeit tartalmazó listát. David kétségbeesetten igyekszik visszahódítani Pattersont, de lehet, hogy ezúttal túl messzire merészkedik. Carter és Mayfair továbbra sem ért egyet abban, hogyan is kezeljék Guerrerót.

Kiderül, hogy David halálért is valószínűleg egy orosz származású, úgynevezett alvó ügynök a felelős. A gyilkosság után több alvó ügynököt is aktiválnak, ezért a csapat mindent megtesz annak érdekében, hogy megakadályozza a merényleteket. Patterson a gyásszal próbál megbirkózni, Weller Jane iránt táplált érzelmeivel, Zapata pedig saját lelkiismeretével, majd az epizód végén nem várt fordulat jön: kulcsfontosságú adat derül ki Jane múltjáról.

Jane egyik tetoválása egy elhagyatott szigetcsoporthoz vezeti az egységet a Fekete-tengeren. Ankarában landolnak, és kisvártatva azután, hogy találkoznak török összekötőjükkel, túszul ejti őket a Dabbur Zann egy sejtje. Kiderül, hogy a 921-es utasszállító, amiről 3 hónapja azt hitték, lezuhant, még egy hangárban van, és az utasok többsége szintén a terroristák túsza. A gépeltérítők az amerikai hadsereg műholdas rendszerét akarják összezavarni. A csapatot csak az otthon maradt Patterson és Mayfair tudná kimenteni, de őket Fischer faggatja éppen David halálának az ügyében, azzal a feltett szándékkal, hogy felfüggessze az ügynököket.

A csapat egy ámokfutó katona után nyomoz, akiről mindenki úgy tudta, hogy halott. Kisvártatva megtalálják ugyanazt a memória-törlő szert a szervezetében, mint anno Jane-ében. Patterson rájön, hogy még legalább 4 katona lehet érintett hasonló, illegális kísérletekben, így a csapat versenyt fut az idővel. Weller édesapjával igyekszik békülni, míg Jane még többet tud meg a múltjáról Oscartól.

Kiderül, hogy tégla van az FBI berkein belül. Weller és Sloane ügynök meg is kezdené a kettős ügynök utáni vadászatot, ám Fischer főfelügyelő hamar az irodába ér, majd lezáratja azt, és főleg Weller csapatát veszi górcső alá. Feltett szándéka, hogy tönkretegye Mayfairt, ezért rajta kívül Jane-t és Zapatát is kiemeli a többiek közül, miután azt gyanítja, hogy mindhárman titkolnak valamit.

Egy névtelen tipp miatt Wellerék csapata előbb a halálsorra megy, majd a kivégzését váró férfi ártatlanságának bizonyítása érdekében Zapata beépül egy szervezett bűnözői csoportba. Jane egyre kétségbeesettebb, ezért azt fontolgatja, hogy kilép az FBI-tól. Aggályait Dr. Bordennel is megosztja, aki próbálja maradásra bírni. Reed és Mayfair titokban tovább kutakodik Carter eltűnésének körülményei után.

Egy kiállításról ellopnak egy festményt, ami a Jane-re tetovált égő rózsát ábrázolja. Egy bombamerénylet után rájönnek, hogy Jane a támadó valódi célpontja. Hogy védje a csapatát, Jane eltűnik, és nem jelentkezik Welleréknél. Reedet megfenyegetik, ezért nehéz döntésre szánja el magát. Mayfairnek egyre gyanúsabbá válik Jane…

Miután kirabolnak egy páncélautót, és Patterson megfejti Jane egyik tetoválását, a csapat rájön, hogy a támadók vegyi fegyvereket zsákmányoltak. Weller és Allison kapcsolata egyre komolyabbra fordul, Jane-t pedig a saját Taylor Shaw temetésével kapcsolatos emlékek kísértik. Pattersonnak szembe kell néznie a gyászával, Zapata pedig tovább gyötrődik játékszenvedélye miatt.

Patterson rájön, hogy David a New York Times keresztrejtvényében hagyott neki egy üzenetet, ami alapján egy újabb tetoválás jelentését fejtheti meg, de ez könnyedén veszélybe sodorhatja. Reed továbbra is vacillál, hogy színt valljon-e a fenyegetésekről Mayfairnak, Zapatát pedig szerencsejáték-függősége ezúttal is kellemetlen helyzetbe sodorja. Weller és Allison egyre több időt tölt együtt, akárcsak Jane és Oscar.

Ezúttal Zapata fejti meg Jane egyik tetoválását: az ábrában elrejtett számok egy egyetemi amerikai labdarúgó csapathoz vezetik az egységet. Reed korábbi edzője is ott dolgozik, és nagyon úgy tűnik, hogy titkol valamit. Mielőtt Wellerék mélyebbre ásnának, lövöldözés tör ki a kampuszon.

Egy sebesült kislányt szállítanak be a kórházba. Mivel a 12 éves gyermek autista, és nem szól egy szót sem, a csapat kénytelen a lány rajzaiból kiindulni, akit egyébként legjobban Dr. Borden és Jane személye nyugtat meg. Kiderül, hogy a lány egy ismert terroristavezér rokona lehet, aki valószínűleg pont az Egyesült Államokban készül végrehajtani egy merényletet az embereivel. Patterson és Dr. Borden egyre közelebb kerül egymáshoz, Reed pedig óva inti Zapatát a szaglászástól.

Hackerek hatolnak be az FBI épületébe, és átveszik az irányítást: lezárják az iroda teljes területét, hogy bizalmas adatokat szerezzenek meg a számítógépekről. A bezártság kiélezi a személyes konfliktusokat Reed és Sarah-, illetve Zapata és Mayfair között. Jane és Weller kezd ismét egyre közelebb kerülni egymáshoz, miközben Weitz szövetségi ügyész azon fáradozik, hogy valamivel bemocskolhassa Mayfairt.

Mayfair kijön az előzetesből, de Pellington igazgató semmiképp nem akarja visszavenni az FBI köreibe. Weller és a többiek szakadatlan hűséggel kitartanak volt főnökük mellett, aki a házi őrizetben próbálja folytatni magánnyomozását Oscarék ellen. A csapat közben megdöbbentő ügyön dolgozik: találnak egy magára hagyott kisbabát egy kormányépület előtt, akire ugyanazt a szimbólumot tetoválták, mint Jane-re.

Weller és Sarah elkeseredetten keresi az igazságot Bill vallomása után, amit a halálos ágyán tett. Allison megfenyegeti az irodában maradt triót, (Zapata, Patterson, Reed) hogy bűnsegédi bűnpártolással vádolja meg őket, ha nem segítenek kézre keríteni Mayfairt – ám a csapat hisz a volt főnök ártatlanságában, és magánnyomozásba kezd. Eközben Jane a korábban megismert Ana segítségét kéri, hogy Oscar nyomába eredhessen. Kiderül, hogy Jane valójában nem is Taylor Shaw, mivel a kislány már meghalt