Na zijn verkiezing tot Paus, begint Lenny Belardo zich te navigeren door het politieke doolhof van Vaticaanstad. De nieuwe paus choqueert al snel zijn medewerkers met zijn eigenzinnige beleid en gedrag.

De jonge Paus schokt de wereld door katholieken op te dragen hun hele lichaam en ziel te geven aan God, wat ook de gevolgen mogen zijn. Lenny verklaart zijn conservatieve, starre visie aan de hand van zijn ouders die hem op jonge leeftijd achterlieten om hun hedonistische levensstijl verder te kunnen zetten.

Paus Pius XIII toont snel dat hij niet eenvoudig te manipuleren is, in tegenstelling tot wat het Vaticaan had gehoopt. Ester, de vrouw van een 'Swiss Guard', is de eerste persoon die de boodschap van de nieuwe Paus lijkt te begrijpen.

Pius XIII geniet van enkele uren vrijheid buiten de muren van het Vaticaan in het gezelschap van zijn jeugdvriend Dussolier. Ondertussen plant hij een vergadering met de kardinalen om hen te overtuigen van een revolutionaire visie op hun geloof.

Negen maanden zijn gepasseerd sinds de aanstelling van Pius XIII. Voor het eerst ontvangt hij de Italiaanse eerste minister die hij verbouwereerd achterlaat. De Paus begint een campagne tegen homoseksuele priesters en vraagt Dussolier de leiding te nemen.

Dussolier voelt zich verantwoordelijk voor de tragische dood van een jongeman die de kans geweigerd werd priester te worden omwille van zijn geaardheid. Pius XII denkt dat zijn heerschappij wel eens snel zou kunnen eindigen.

Paus Pius XIII onderneemt een reis naar Afrika om gloednieuwe helderheid te vinden in zijn leven en visies. Hij ontmoet Zuster Antonia, een geliefde missionaris, met wie hij danig van visie verschilt.

In New York slaagt Gutierrez er niet in bewijs te vinden om Kardinaal Kurtwell te veroordelen voor seksueel misbruik. De verschijning van een nieuwe getuige kan dit misschien wel veranderen.

De jonge Paus maakt schijnbaar reisplannen naar Guatemala, om ze op het laatste moment te veranderen naar een trip richting Venetië, waar hij zijn eerste publieke verschijning maakt. Hij vermoedt dat zijn ouders hier leven.