Supergirl e il DEO sono assegnati alla protezione dei Presidente in seguitgo a un attacco che prova delle tensioni in National City per i diritti degli alieni. Alex indaga sul caso insieme a Maggie Sawyer mentre Kara teme che Mon-El possa essere il responsabile della faccenda.

Kara e gli altri cercano di fermare un ring clandestino di lotta tra alieni; Kara capisce che Mon-El ha bisogno di una famiglia con cui imparare a vivere sulla Terra e si offre di ospitarlo a casa sua. Intanto J'onn vorrebbe instaurare un collegamento mentale con M'gann, ma si scopre che lei non è chi dice di essere...

Alex parla con Kara dei suoi sentimenti per Maggie, ma inizialmente Kara reagisce male. In seguito si scopre che la sua reazione è dovuta a sensi di colpa nei confronti di Alex. Kara è furiosa con Mon-El perchè sta usando i suoi poteri per scopi personali e non per aiutare il prossimo, intanto Supergirl deve vedersela con un parassita alieno che si nutre di energia.

Lillian ricatta Kara richiedendo la sua presenza minacciando di fare del male a Mon-El. Una volta arrivata, Supergirl viene catturata dal vero Hank, che ora è dotato di poteri. Intanto in città c'è un nuovo vigilante che sta uccidendo i criminali che James ha catturata e che non sono stati condannati. Si scopre il motivo per cui Lillian vuole il sangue di Kara. Alex finalmente riesce ad accettare che tra lei e Maggie c'è solo amicizia.

Quando Livewire riesce, apparentemente, a scappare di prigione, Supergirl si mette a lavoro per rintracciarla e catturarla di nuovo.

Un marziano bianco di nome Armek arriva a National City intenzionato a catturare M'gann e riportarla sul loro pianeta per essere affrontare le accuse di tradimento.

Supergirl sfida Rhea a una battaglia uno contro uno per salvare National City, ma dovrà fare i conti con la sua scorrettezza. Superman ritorna, ma finisce sotto l'effetto di una sostanza che lo metterà contro Kara e i due finiranno per scontrarsi. Alla fine Supergirl è costretta a prendere una decisione drastica che le costerà un caro prezzo.

Un ladro con poteri mentali attacca National City e prova essere un avversario formidabile per Supergirl.

Maggie si rivolge a suo padre quando Eliza organizza una festa per l'imminente matrimonio di Alex. Supergirl intanto si unisce a J'onn per una missione personale.

Lex, dopo la crisi sulle Terra Infinite, usa la nuova Terra per architettare un piano per uccidere Supergirl.

Gemma Cooper, alias Gamemnae, incarica Rama Khan di procurare la Kryptonite custodita nel DEO.

Ora che Rama Khan e' in possesso della Kryptonite, Supergirl non puo' combattere ne' lui ne gli altri dominatori degli elementi.

Lex ottiene i poteri combinati dei membri di Leviathan e progetta ciò che l'Anti-Monitor non poteva fare: distruggere tutta la vita sulla Terra.

Il team di Supergirl convince Silas, un alieno, a costruire un portale per entrare nella Zona Fantasma e salvare Supergirl.

Zor-El viene catturato da Scar e dai suoi amici nella Zona Fantasma. Kara conosce Nyxly, un folletto che crede di aver perso i suoi poteri.

M'gann in parte è ancora un Fantasma, quindi ha il potere di percepire le forze vitali. Lena entra a far parte del team. Crea la Proto-Trappola, un'arma per catturare i Fantasmi