세계 지배의 야욕에 불타는 렉스 루터. 그가 새로운 계획에 돌입하면서 그 어느 때보다 위협적인 존재로 부상한 상황. 이런 렉스를 막으려면 카라와 친구들이 힘을 합쳐야 한다.

힘든 역경에 맞서 희망을 지키기 위해 싸우는 카라와 팀원들. 그러나 이들 앞에는 숱한 시련과 고난이 기다리고 있다. 리나는 렉스를 상대하기 위해 모든 것을 건다.

부상을 당한 카라는 새로운 친구를 만난다. 끝없이 쫓고 쫓기는 렉스의 게임에 지친 리나와 브래이니는 한계에 다다르고, 알렉스와 존은 복잡한 감정에 휘말린다.

카라는 팬텀 존에서 탈출할 방법을 찾은 것도 같다. 슈퍼 프렌즈와 함께 작전에 나선 리나는 자신의 위치에 대한 의문이 생긴다.

카라가 다녔던 고등학교에서 DNA를 찾으려 2009년으로 시간 여행을 떠난 브래이니와 니아. 하지만 이들의 대담한 미션은 얼마 지나지 않아 궤도를 이탈한다.

졸업 무도회가 열리는 밤, 브래이니와 니아는 상황을 바로잡기 위해 동분서주한다. 타임라인이 꼬인 가운데 외계의 납치범, 유성우, 호기심 많은 캣 그랜트까지 상대하면서.

구조 작전을 위해 팬텀 존으로 향하는 카라의 친구들. 이들은 그 과정에서 자기 마음속에 깊이 자리한 가장 어두운 두려움과 마주한다.

다시 기자이자 내셔널시티의 슈퍼히어로로 살아가는 카라. 팬텀 존에서의 시간을 잊으려 애를 쓰지만, 고통스러운 기억은 카라를 놓아주지 않는다.

감옥에 갇힌 형을 걱정하는 어린 외계인 고아를 맡게 된 켈리. 카라는 켈리와 함께 그 아이를 돕기 위해 나선다. 한편, 닉슬리가 니아의 꿈속에 침투한다.

돌아온 믹시가 기운찬 노래로 카라와 친구들에게 닉슬리의 과거를 들려준다. 뉴펀들랜드를 찾아간 리나는 어머니의 과거에 대해 더 많은 것을 알게 된다.

가디언으로 활약하기 시작한 켈리는 한 건물이 붕괴되자 친구들에게 도움을 청한다. 그러나 곧 그녀는 한 가지 사실을 깨닫는다. 친구들이 더 큰 문제를 보지 못하고 있다는 것을.

박물관에 도둑이 침입하면서 마법의 토템이 둘로 쪼개진다. 토템을 온전히 제어하고자 하는 카라와 닉슬리. 그 통제권을 얻으려면 용기의 시험을 통과해야 한다.

감정이 극단을 오가는 닉슬리에게서 토템을 가져올 것. 카라는 새로운 힘을 발견한 리나가 이 일을 맡아주길 바란다. 윌리엄은 슈퍼 프렌즈를 취재한다.

나머지 토템을 두고 닉슬리와 싸움을 이어가는 카라. 알렉스와 켈리는 커플로서 가장 가슴 벅차고도 흥미진진한 도전에 나선다.

카라는 슈퍼히어로와 기자로서의 이중생활에 회의를 품기 시작한다. 꿈 토템을 찾으려던 니아는 소원해진 언니와 다시 만나게 된다.

렉스는 닉슬리를 자기편으로 끌어들이려 하고, 카라와 친구들은 토템을 이용해 덫을 놓는다. 그 사이, 알렉스는 조만간 켈리에게 아주 중요한 질문을 던질 생각이다.

토템을 두고 음모를 꾸미는 닉슬리와 렉스. 에스메를 돕고 싶은 카라는 알렉스에게 한 가지 조언을 하고, 브래이니는 반갑지 않은 소식을 접한다. 윌리엄은 안드레아에게 배신감을 느낀다.

소중한 이의 목숨이 경각에 달린 상황. 카라와 친구들은 토템이 렉스와 닉슬리의 손에 들어가는 걸 막기 위해 극단적 조치까지 고려한다.

자신의 미래를 다시 생각해 보는 카라. 결혼을 앞둔 알렉스와 켈리. 렉스와 닉슬리를 상대로 싸우는 슈퍼 프렌즈를 돕기 위해 과거의 동지들이 힘을 보탠다.