Kara est étonnée d'apprendre que CatCo a un nouveau propriétaire en la personne d'une journaliste vedette. De nouveaux couples émergent pendant que J’onn J’onzz reçoit un visiteur inattendu.

Supergirl, Alex et Brainiac contrecarrent une attaque extraterrestre pendant que William enquête sur Kara. J’onn J’onzz et Kelly ont recours à la technologie Obsidian pour résoudre un problème.

Kara essaye de recoller les morceaux avec Lena. J’onn J’onzz replonge dans ses souvenirs. Au même moment, Kelly vient en aide à un vieil ami.

L’enquête de Kara sur les activités " criminelles " de William Dey aboutit à la révélation choquante qu’il n’est pas ce qu’elle pense. Au même moment, le conflit entre Malefic et J’onn J’onzz atteint un point critique...

À la veille du lancement mondial des lentilles de contact VR d’Andrea Rojas, Kara et William s’associent. Ils ne vont pas tarder à découvrir l'existence d'un complot terroriste. Kelly et Alex célèbrent un anniversaire mais la sécurité d’Alex est menacée...

Quand un ennemi est arrêté, Supergirl l’utilise pour tenter de comprendre qui est responsable des récents attentats. Pendant ce temps, Andrea et Lena repensent à leur passé tumultueux.

Supergirl apprend enfin la vérité sur Lena lorsqu’elle s’embrouille avec Leviathan. Parallèlement, J’onn J’onnz fait une découverte sur les allées et venues de son frère.

Monitor envoie Harbinger pour réunir les plus grands héros du monde : Supergirl, Flash, Green Arrow, Batwoman, White Canary, The Atom et Superman en prévision de la Crise imminente. Le monde est en danger. Les super-héros se préparent au combat tandis que J’onn et Alex recrutent Lena pour les aider à trouver le moyen de sauver les habitants de Earth-38.1ère partie du crossover avec Arrow, Flash, Batwoman et Legends of Tomorrow.

Les complications suite à la Crise laissent Supergirl face à une menace terrible.

Supergirl tente de contrecarrer les plans d'un imitateur de Toyman. Au même moment, Winn Schott revient du futur.

Supergirl aide Winn à faire face à sa plus grande peur. Alex recherche des preuves contre Lex, Brainy doit décider entre aider son ami ou continuer à travailler secrètement pour Luthor.

Mxyzptlk fait une drôle de proposition à Kara. Si elle pouvait remonter le temps et dire à Lena son secret avant Lex, les choses seront-elles différentes ? A travers de nombreux flash-backs, Kara doit décider si elle veut changer le cours de l'histoire et redevenir amie avec Lena.

Lex charge Supergirl de protéger Andrea d'un extrémiste anti-technologie, mais ce but cache un autre beaucoup plus néfaste. Pendant ce temps, Lena avance avec Non Nocere, avec l'aide de Lex.

La colocataire de Nia, Yvette, est attaquée par un homme qui cible Dreamer parce qu'il n'aime pas que cette dernière soit un super-héros transgenre. Déterminée à protéger sa communauté, Dreamer refuse de céder à ses menaces. Supergirl et Brainy viennent en aide à Dreamer. Pendant ce temps, Alex, J’onn et Kelly tentent de secourir un homme coincé dans un escape game.

Alex utilise une paire de lunettes pour visiter une ville virtuelle où elle se prend pour une nouvelle personne. Pendant ce temps, Kelly aide William à enquêter sur Lex et Kara fait face à des nouvelles difficiles.

Lex a accédé au pouvoir après la Crise. Il procède à l'élaboration d'un plan complexe pour rapprocher Lena de lui, vaincre la dernière attaque de Leviathan et opposer Supergirl et son équipe contre Leviathan.

Supergirl et son équipe font face à Rama Khan, libéré par Léviathan. Brainy soupçonne encore une manœuvre de Lex Luthor et se demande que faire. Pendant ce temps, Lena et Lex doivent unir leurs forces lorsque le projet Non Nocere commence à montrer de sévères défaillances et que les détenus utilisés comme sujets de test plongent dans une rage incontrôlable.

Supergirl se rend compte que pour arrêter Lex et Leviathan, elle doit travailler avec la seule personne en qui elle ne pensait plus avoir confiance : Lena, prête à admettre ses erreurs. Nia continue de rêver de Brainy mais peine à comprendre ce que ses rêves essaient de lui dire. Pendant ce temps, Brainy se rend compte qu'il n'y a qu'une seule façon d'arrêter Lex.