Kara gaat weer reporters-werk doen en verwelkomt Kara een nieuwe cub-reporter bij CatCo. Ondertussen discussiëren James en Lena over James' dreigende aanklacht voor het optreden als vigilante Guardian, terwijl Alex en Brainy moeite hebben om op een lijn te komen met de DEO. Supergirl moet in actie komen wanneer overgebleven leden van de anti-alien terroristische organisatie Cadmus Pro-Alien leiders proberen te vermoorden, maar dit eindigt veel anders dan ze had verwacht. J'onn geniet van zijn vreedzame nieuwe leven, maar een uitje met een oude vriend maakt hem bezorgd.

Een schokkende onthulling veroorzaakt chaos in National City. Supergirl gaat op pad om Mercy Graves te pakken, terwijl Alex de controle overneemt bij de DEO. Terug bij CatCo besluit Kara een onderzoeksverhaal over Mercy te schrijven en vraagt Lena of ze haar kan interviewen terwijl Mercy banden heeft met de Luthors. Ondertussen ontmoet Brainy Nia en komen de twee in een precaire situatie terecht.

Ben Lockwood haatte niet altijd buitenaardse wezens. Door een reeks incidenten en input van zijn anti-alien vader, transformeert Ben zich langzaam van een zachtaardige professor in de kwaadaardige agent Liberty.

Wanneer Supergirl hulp nodig heeft, vraagt Alex Lena en Brainiac om samen te werken. Ondertussen overdenkt J'onn zijn beslissing om de DEO te verlaten. Echter, na het tegenkomen van Manchester Black, realiseert hij zich dat er veel manieren zijn om zijn mede-aliens te helpen in deze tumultueuze periode.

Kolonel Haley neemt een verrassende beslissing met betrekking tot Supergirl. Kara schrijft een serie artikelen waarin aliens in National City worden belicht in de hoop dat mensen zullen ophouden zo bang voor hen te zijn. Helaas brengt het artikel een aantal buitenaardse wezens in gevaar.

Hank verzekert Supergirl dat Manchester een betrouwbare bondgenoot is. Ondertussen ontmoet James Agent Liberty en moet hij kiezen tussen het verraden van zijn reputatie of een daad van terrorisme begaan voor de Children of Liberty.

Nia heeft een droom over Agent Liberty, maar weigert ernaar te kijken als een profetische droom en legt het naast zich neer. Nadat ze heeft opgemerkt dat Nia iets dwarszit, schakelt Kara de hulp van Brainy in en proberen ze Nia over te halen haar lot te omarmen. Ondertussen brengt Manchester Black Ben Lockwood een dreigend bezoek.

Deegan "denkt groots" en herschrijft de realiteit van Aarde-1 zodat hij de enige superheld is, en een bekend gezicht. Terwijl Barry en Oliver contact proberen te maken met Superman op Aarde-38, probeert Kara door te dringen tot haar pleegzuster Alex, die zich niet meer herinnert wie Kara is.

Kolonel Haley wil Supergirls geheime identiteit absoluut achterhalen, maar Alex is vastberaden om haar te beschermen. Brainy spoort Nia aan om haar gaven te gebruiken.

Een nieuw soort drugs dat in de straten van National City wordt gebruikt, geeft mensen tijdelijk superkrachten. Kara gaat mee met Nia die haar familie gaat bezoeken.

Valentijnsdag draait anders uit als J'onn en Kara een zaak aanpakken die verband houdt met een gruwelijk DEO-onderzoek en een angstaanjagende nieuwe schurk.

Manchester Black komt weer in actie met een nieuw team van bondgenoten dat zich de Elite noemt. Ondertussen gaat Nia tot het uiterste tijdens haar training.

Als de spanning tussen mensen en aliens oploopt, moet Supergirl een vuist maken om de vrede te bewaren. Tijdens een moeilijke opdracht worstelt Alex met haar principes.

Lex Luthor brengt Lena een bezoek en aast op haar medeleven. Het leven van James staat op het spel en J'onn en Kara zijn op zoek naar Manchester Black.

Flashbacks onthullen dat de terugkeer van Lex Luthor deel uitmaakte van een veel groter plan waarbij Lena, Kara en een bijzonder sterke lookalike betrokken waren.

Nu Lex Luthor nog vrij rondloopt, moeten Supergirl, Alex en Lena achter zijn trouwste handlangster aan. J'onn maakt zich zorgen en roept de geest van zijn vader op.

Lena en Supergirl zoeken op Stryker's Island naar aanwijzingen die hen naar Lex kunnen leiden. James gaat in therapie en Brainy heeft een gewetenscrisis.

Dreamer komt de stad beschermen. Kara werkt aan de ontmaskering van Lex en aan het zuiveren van de naam van Supergirl. James wordt geconfronteerd met z'n grootste trauma.

De zoektocht naar Lex leidt Kara en Lena naar Kaznia, waar ze voor schokkende verrassingen komen te staan. Een treurende Lockwood vindt troost in wraak.

Kara ontmoet Rode Dochter. Elders leidt Brainy een missie om aliens te redden. Lockwood komt achter de waarheid over Lex.

Lex Luthor daalt neer in Washington D.C. en roept Lena en Lillian op om naar het Witte Huis te komen. Wanneer Supergirl beseft dat ze nog slechts één kans heeft om Lex te stoppen, besluit ze de kracht van de pers te benutten om haar te helpen.