Supergirl est appelée à agir lorsque les vestiges de l’organisation terroriste anti-extraterrestre Cadmus tentent d'assassiner des dirigeants pro-extraterrestres. Mais leur plan s'avère plus sinistre qu'elle ne le pensait.

Quand une révélation choquante amène le chaos à National City, Supergirl cherche à capturer Mercy Graves.

Ben Lockwood n'a pas toujours détesté les extraterrestres. Professeur aux méthodes douces, il est devenu Agent Liberty à la suite d’une série d'événements ainsi que de l'aide de son père anti-extraterrestres.

Alex demande à Lena et Brainiac de faire équipe pour épauler Supergirl. Pendant ce temps, J'onn découvre de nouvelles façons d'aider ses amis extraterrestres après avoir rencontré Manchester Black.

Alors que le colonel Haley prend une décision surprenante à propos de Supergirl, Kara écrit une série d'articles qui met en danger les extraterrestres de National City.

Alors que tout le monde est réuni pour Thanksgiving, Kara est déçue du débat télévisé avec Ben Lockwood concernant le mouvement anti-extraterrestre qui s’est emparé de National City. Pendant ce temps, James et Lena discutent de la meilleure façon de traiter les Enfants de la Liberté.

James s'implique davantage avec les Enfants de la Liberté dans le but de rencontrer l'Agent Liberté. Pendant ce temps, Supergirl et Manchester Black suivent une piste qui pourrait mener à l'Agent Liberté, mais les choses se compliquent. Lena, quant à elle, commence sa première série d'épreuves.

Nia a un rêve puissant concernant l'Agent Liberté, mais elle refuse d'y voir une prémonition et le laisse de côté. Tandis qu’elle remarque que Nia est préoccupée, Kara demande l'aide de Brainy pour la convaincre d'accepter son destin. Pendant ce temps, Manchester Black rend visite à Ben Lockwood et le menace.

Le Dr John Deegan se voit confier une deuxième de réécrire la réalité à sa guise grâce au précieux Livre du Destin. Cette fois, Oliver et Barry n'ont plus de pouvoirs. Assimilés à des criminels, ils vont devoir faire face à un redoutable Superman. Quelles ressources utiliseront-ils pour se sortir d'affaire ? D'autant que Kara est en mauvaise posture...3ème et dernière partie du crossover avec Flash et Arrow.

Le colonel Haley est en colère après que Supergirl a répondu à un appel de détresse qui s'est révélé être une attaque extraterrestre meurtrière. Elle décide alors de recentrer son énergie sur la découverte de la véritable identité de Supergirl. Pendant ce temps, Brainiac-5 tente de persuader Nia d’accepter ses super-pouvoirs mais celle-ci interprète mal ses motivations.

Kara accompagne Nia, de retour dans sa ville natale pour l'événement annuel le "Harvest Festival", qui célèbre les récoltes de l'année. La mère de Nia encourage sa fille à embrasser son destin. Au même moment, Alex doit faire face à une drogue qui se répand dans les rues. Celle-ci confère à ses consommateurs des super-pouvoirs temporaires qui les rendent très violents.

J'onn reçoit ses premiers clients en tant que détective privé. Afin d'oublier un peu ce qui se passe au DEO, Kara décide de s'associer à J'onn pour sa dernière mission. Malheureusement, elle se retrouve sur l'enquête menée par Alex sur Menagerie. Pendant ce temps, Lena partage des informations avec James mais ce dernier n'a pas la réaction à laquelle elle s'attendait. Nia invite Brainy pour la Saint-Valentin.

Manchester Black sort de prison avec l'aide de sa nouvelle équipe, l'Elite, qui est déterminée à punir les forces anti-extraterrestres. Kara tente d'appréhender Manchester Black et son groupe afin qu'ils puissent collaborer ensemble face au nouveau plan de Ben Lockwood.

Entre Ben Lockwood qui souhaite accroître le mouvement anti-extraterrestre et le désir de l’Élite de s'en prendre à Ben ainsi qu'à ses sbires, Supergirl s’inquiète pour la sécurité du peuple américain. Quand Lockwood organise un rassemblement, les aliens décident de manifester pacifiquement. Brainiac et J'onn rejoint la marche extraterrestre tandis que Supergirl et Dreamer patrouillent afin de protéger les foules. Quand les problèmes se multiplient, Supergirl se trouve obligée de prendre position.

Secrètement libéré de prison, Lex Luthor rend visite à sa soeur, Lena, afin de lui demander son aide pour trouver un traitement qu'il lui convienne. Avisée, Lena se méfie des motivations de son frère mais une situation dangereuse pourrait lui faire changer d'avis... Pendant ce temps, Supergirl et J'onn affrontent Manchester Black.

Après le retour de Lex Luthor, retour sur ses machinations et ses plans secrets depuis deux ans. Comment ses actions ont affecté Supergirl et Lena ?

Supergirl doit faire face aux conséquences des plans machiavéliques de Lex Luthor. Choquée par ce qu'il a créé, Supergirl doit relever son plus grand défi à ce jour.

Kara et Lena se rendent sur l’île de Stryker afin de dénicher des indices sur la façon de vaincre Lex. À la prison, Kara se lie d'amitié avec un prisonnier, Steve, qui pourrait avoir une idée sur les plans de Lex. De son côté, Lena étudie les nombreuses énigmes laissées par Luthor dans l'espoir de découvrir où il se trouve. Sur l'île, une émeute éclate et Kara doit trouver un moyen d'y mettre un terme sans révéler son identité secrète. Pendant ce temps, Kelly encourage James à parler à quelqu'un de son trouble de stress post-traumatique. Alex affronte Ben Lockwood qui souhaite s'en prendre à Supergirl.

Kara travaille avec acharnement comme journaliste afin de clarifier le personnage de Supergirl. Dreamer prend le relais en tant que protectrice de la ville. Elle se confronte à Ben Lockwood. James prend des mesures drastiques pour soulager les symptômes de son trouble de stress post-traumatique.

Kara et Lena se rendent à Kaznia afin de traquer Lex. Cependant, Eve Tessmacher tend un piège qui pourrait mettre en péril la couverture de Kara. Pendant ce temps, Alex reçoit un appel très attendu. James utilise ses pouvoirs et Ben Lockwood prend une position dangereuse au sein de la DEO.

Kara se retrouve face à Red Daughter. Les deux se lancent dans une bataille épique. Déterminée à trouver un moyen d'extraire Harun-El, Lena se tourne vers une aide improbable : Lillian Luthor. Pendant ce temps, Alex se rend compte qu’il lui manque une partie de sa mémoire. De leur côté, Brainy, Nia et J’onn ont décidé de retrouver les extraterrestres enlevés par Lex Luthor.