반외계인 정서가 커지고 있다고 경고하는 존. 그러나 카라는 그리 대수롭지 않게 여기는 듯하다. 얼마 후 캣코의 신입 여기자와 마주친 카라는 왠지 모를 친근감을 느낀다.

대통령의 정체가 폭로되자 온 나라가 들끓기 시작한다. DEO의 끈질긴 추적에도 불구하고 행방이 묘연한 머시 그레이브스. 이 와중에 엘 코프 건물이 갑자기 공격을 당하는데!

고작 몇 년 전까지만 해도 평범한 교수였던 벤. 비극을 몇 차례 겪은 후 외계인을 혐오하게 됐다. 나아가 잔인한 악당으로 변모한 사연이 2년 전 플래시백을 통해 밝혀진다.

크립토나이트가 완전히 정화되지 않은 상황. 여러 영웅이 악당들의 무자비한 계략을 막으려 목숨을 걸고 출동한다. 피오나를 찾아 나선 존은 피오나의 약혼자를 만나게 되고.

숙주의 손에 닿는 모든 것에서 생명력을 빨아들이는 패러사이트. 이 가공할 위력을 지닌 무기가 악당의 손에 들어가고 말았다. 한편 사라진 부적을 찾아 나선 카라와 존.

추수감사절이 다가오는 가운데, 자유의 대리인은 증오의 말로 가득한 선언문을 뿌려댄다. 이런 분위기 속에서 외계인을 노린 조직 공격을 막는 건 제임스, 알렉스, 카라의 몫.

자유의 아이들에 대한 단서를 찾으려는 슈퍼걸과 맨체스터 블랙. 하지만 둘의 협력 관계는 이내 삐걱거리기 시작하고. 그 사이 리나는 인간을 대상으로 첫 실험을 진행한다.

벤 록우드를 찾아간 맨체스터 블랙은 대체 무슨 생각인 걸까. 예지몽 속에서 본 것을 카라와 브래이니에게 전하는 니아. 얼마 후 셋은 그 의미를 알아내려 한 마을로 향한다.

선과 악이 뒤엉키고 영웅과 악당이 뒤바뀐 세상. 엉망이 된 현실을 다시 쓰려 슈퍼히어로들이 뭉친다. 플래시, 그린 애로우, 슈퍼걸, 슈퍼맨이 총출동한 크로스오버 에피소드.

슈퍼걸의 숨겨진 정체를 알아내려 혈안이 된 헤일리 대령. 그러나 알렉스는 이를 가만히 두고 볼 수 없다. 브래이니는 예지몽 능력으로 슈퍼걸을 도우라고 니아를 설득한다.

평범한 시민들이 정체불명의 약을 먹고 괴력을 발휘하는 일이 생긴다. 추수 감사제를 앞두고도 집에 가기를 망설이는 니아. 그 사정을 알아챈 카라는 니아와 동행하기로 한다.

때는 밸런타인데이. DEO가 미지의 생명체에 의해 벌어진 끔찍한 살인 사건을 수사하는 사이, 존과 카라도 새로운 사건에 착수한다. 이 와중에 새롭게 등장한 악당의 정체는?

맨체스터 블랙이 '엘리트'로 알려진 이들과 한패가 되어 돌아온다. 그리고는 슈퍼걸에게 대결을 청하는 맨체스터 블랙. 같은 시각, 니아는 브래이니와 함께 훈련에 매진한다.

자유의 대리인과 엘리트로 대표되는 두 세력의 갈등이 극에 달한 가운데, 슈퍼걸은 오직 평화를 지켜야 한다는 생각뿐. 알렉스는 새로 맡게 된 임무가 마음에 들지 않는다.

건강이 악화되어 잠시 출소한 렉스가 리나를 찾아온다. 미지의 인물에게 총을 맞아 제임스의 생명이 위태로운 상황. 절박해진 리나는 어쩔 수 없이 오빠에게 도움을 구한다.

렉스의 치밀한 계략은 언제 어디서부터 시작된 걸까. 얼마 전의 탈출은 그동안 구상해 온 원대한 포부의 일부에 불과했으니. 그가 준비한 엄청난 무기의 실체가 밝혀진다.

렉스의 행방은 오리무중. 그를 찾기 위해 그의 가장 충성스러운 부하를 쫓는 슈퍼걸과 알렉스, 리나. 정체성이 무너져가는 존은 아버지의 영혼을 소환해 도움을 받으려 한다.

렉스에 대한 단서를 찾아내려 스트라이커 섬의 교도소를 방문하는 리나와 슈퍼걸. 제임스가 트라우마 전문의에게 상담을 받는 사이, 브래이니는 홀로 은밀한 임무에 착수한다.

카라는 렉스의 범죄를 폭로하는 동시에 슈퍼걸의 오명을 벗기려 애쓴다. 이때 슈퍼걸을 대신해 나선 영웅은 바로 드리머. 한편 제임스는 자신의 핵심 트라우마와 맞서야 한다.

렉스 사건을 수사하던 카라와 리나가 도착한 곳은 카즈니아. 이곳에서 누구도 예상치 못한 충격적인 사실이 드러난다. 끔찍한 상실을 겪은 록우드에게 남은 것은 복수심뿐.

렉스 루터가 미국을 구한 영웅이라니. 막강한 지위에 오른 렉스는 리나와 릴리안을 백악관으로 초대한다. 그리고 곧 셸리 아일랜드에서 렉스와 슈퍼걸의 결전이 벌어지는데.