עם תחילתה של פלישת הדאקסמי, קארה עדיין מבולבלת ממעשה ההקרבה שלה. בעל הון כריזמטי מטפח תוכניות לבנות מחדש את נשיונל סיטי.

נבלית רבת עוצמה ובעלת יכולות על-חושיות מותירה את קארה חסרת אונים. לינה מגיעה לעבוד בקאטקו במשרה מלאה ומוסרת את האחריות על אל-קורפ לידי מנהלת חדשה.

על סף מסיבת החתונה שלה, מגי מנסה ליצור קשר עם אביה המתנכר. קארה מצטרפת לז'ון למסע טעון-רגשית אל המאדים.

סמל מוכר מסב את תשומת לבה של קארה אל אדם הנתון במשימה מעוותת. סמנת׳ה משקיעה מעצמה במקום העבודה, אבל חוששת שהיא מאכזבת את בתה.

כשהרעלת עופרת פוגעת בילדי נשיונל סיטי, מורגן אדג' יוצא בהאשמה פרועה. אלכס ומגי מבינות אמת כואבת.

קארה לוקחת את אלכס לסוף שבוע במידווייל, ושם, חדר שינה מהילדות מעלה זיכרון של טרגדיה כואבת שלימדה אותן לעבוד כצוות.

מסע תת-ימי מקים לתחייה תקווה שנקברה מזמן. סמנת׳ה נוסעת בזמן הביתה כדי לחקור את עברה, ומגלה את האמת על סיפורה המקורי.

בפרק חוצה-סדרות מיוחד ולרגל חתונתו של הפלאש, קארה, אלכס, החץ הירוק וצוות 'אגדות המחר' מתכנסים בסנטרל סיטי, שם כוחות רשע מאיימים להעיב על השמחה.

ריין מסתובבת חופשי בנשיונל סיטי. לאחר תבוסתה של קארה, מון-אל שולח את אחד מחברי לגיון גיבורי-העל לתוך התת-מודע המיוסר שלה.

סופרגירל חוברת אל סאטורן גירל ואל שני בני ברית מפתיעים, ויוצאת איתם אל פורט רוז. שם הם צפויים למצוא אסירה שיודעת כיצד לחסל את ריין.

לאחר נסיון התנקשות בחייו, מורגן אדג' מאשים את לנה במשחק מלוכלך. אלכס בודקת מדוע סמנת'ה חווה אובדן זיכרון.

קארה משוכנעת שבהורגת עולמות שבויה עוד נותר שמץ של טוב, אבל אלכס לא קונה את זה. וין מצטרף לז'ון ולמון-אל היוצאים למשימה חשובה.

וין פוגש את האם שנטשה אותו ושומע ממנה גילוי מפתיע על עברו. אלכס מרגישה שמשהו אצל מירן אינו תקין.

שיבוש במחלקה לפעילויות לא-רגילות (די-אי-או) מציב את ז'ון מול בחירה קשה. מון-אל מתחיל לאמן את קארה בטכניקות לחימה שהובאו מהעתיד.

מגפה משתוללת ברחבי העיר. כל הרמזים מצביעים על כך שפסטילנס גרמה למגפה, אבל איש אינו יודע את זהותה האמיתית. לנה וסמנת'ה מנסות לבודד את האנזים שגורם לשינוי של ריין.

שלוש הורגות העולמות מתאחדות, והזמן הולך ואוזל. לינה ואלכס משתפות פעולה עם סופרגירל בניסיון לשכנע את סמנת'ה, שנמצאת בממד אחר, לחזור לעולם האמיתי לפני שיהיה מאוחר מדי.

ריין סופגת את הכוחות של פסטילנס ושל פיוריטי ומתחזקת. כעת היא מסוכנת מאי-פעם – והיא מחפשת את רובי.

תלמידה שנמלטה מהכת של קוביל מוסרת יומן שיכול לעזור להציל את סם. מישהו מאיים לחשוף את זהותו של גארדיאן.

מון-אל וסופרגירל יוצאים למשימה חשובה ונדהמים נוכח תגלית מפתיעה. במקביל, בכדור הארץ, זעמה של ריין מעמיד למבחן את הנאמנות של לינה.

קארה צריכה לקבל החלטה גורלית שעלולות להיות לה השלכות כבדות על חבריה בכדור הארץ. ג'יימס וז'ון מאתרים את מקור הנשק הקטלני.

סופרגירל, מון-אל ואלורה משתפים פעולה כדי לעצור את סלינה, שנמצאת בדרכה לכדור הארץ ובאמתחתה תוכנית זדונית. ז'ון מתכונן לפרידה חשובה.

בפרק האחרון לעונה, כדור הארץ שרוי בכאוס והצוות משתף פעולה כדי להילחם בריין. המצב החדש מעורר בסופרגירל מחשבות על הייעוד שלה. סם נחלשת ומחפשת מקור כוח.