一个分离舱坠落在地球上，分离舱里有一个沉睡的男子。卡拉的直觉告诉她这个男子也是氪星人。赶到公司的凯拉和格兰特见了面，格兰特命令卡拉在两天内想出自己想要的工作。卡拉回到家里打开了电视，电视里正在直播冒险号飞船的发射，没想到的是冒险号出了意外。卡拉奋不顾身地前去营救冒险号。

原本被送往医院的科本被卡德摩斯的人劫走了，卡德摩斯是一个与超查部对立的组织。他们认为地球现在这么乱都是因为外星人的出现，于是他们发誓要杀死所有外星人。科本被带回卡德摩斯，并且被卡德摩斯的女领导者改造成了金属人。科本找到卡拉和克拉克，三人进行了一场激烈的恶战。

那个昏迷的氪星人醒过来了，他在超查部大打出手，并且逃跑了。荣恩告诉大家总统马上就要来到本市，并且还要签订外星人和平法案。卡拉很高兴，因为她一直很崇拜总统。让卡拉更高兴的是，总统亲自点名让她作为外星人代表接机。而就在这时，卡拉和荣恩、超查部人员发生了矛盾，他们并不同意总统给予外星人与美国公民相同的权利。

蒙慢慢的适应了在地球的生活，而且也开始配合超查部的调查。这天玛吉给艾丽克斯打来了电话，艾丽克斯赶到了现场。只见在一辆车的后备箱里有一具外星人的尸体，而且初步判断这个外星人的死亡应该是外星人造成的。就在此期间荣恩又来到了外星人酒吧找到了梅根，荣恩想要和梅根联结，可是梅根拒绝了。

卡拉向超查部提出请求，由自己接管蒙，超查部同意了她的请求。卡拉带着蒙来到了公司，想让蒙像地球人一样的生活，还给蒙取了个新的名字（迈克）。这天卡拉和詹姆斯一起下班，两个人走在路上。遇见了一群正要抢劫的人，卡拉本想阻止他们。可没想到的是，反倒被那群人给攻击了，詹姆斯也受了伤，就连父亲留下的相机都被毁了。卡拉回到超查部，一调查才知道是外星的武器伤害了她。

超查部就像平常一样的工作、生活，但是就在这天，挪威小岛上的气象研究所发来了求救信号。卡拉和荣恩赶到了那里，所有人都死了。除了一个叫做琼斯的气象学家。一条寄生虫从琼斯的嘴里爬了出来，又从耳朵进入了琼斯的身体，但这时候琼斯刚刚离开超查部，超查部对琼斯的状况一无所知。

这天又发生了假守护者伤害群众的事件，詹姆斯和温赶到了现场。不料却反被假的守护者攻击了。这个时候卡拉正要赶到现场，却接收到了卡德摩斯的消息。卡德摩斯说蒙在他们的手上，如果卡拉想要救他的话就马上过去，而且只能她自己一个人。卡拉赶到了卡德摩斯，在那里她看见了马克，马克已经不再是原来的马克，他被卡德摩斯改造成了机械人。卡拉和马克大战了一场，最终败了下来。卡拉也被卡德摩斯监禁了。

蒙在外星人酒吧喝酒，他看见了荣恩，于是追了出去。这时才发现那个人并不是荣恩，同时酒吧里传来了尖叫声。蒙进去一看所有的外星人都死了，而人类却毫发无损。蒙回到超查部告知了卡拉他们，为了安全蒙被隔离了。就在卡拉要去调查的时候，被艾丽克斯阻止了，因为他们无法保证卡拉不会受到伤害。就在这个时候卡德摩斯发来了视频，这时卡拉终于知道卡德摩斯为什么要取自己的血了。卡拉赶到了孤独城堡，她的父亲告诉了卡拉什么是美杜莎计划。

蒙和卡拉找到了医生，并被引到了一间实验室。在那里有一个时空传导器，卡拉叫蒙回去通知超查部，自己便进去了，到了另一个星球。没想到的是蒙也跟了进去，因为他很担心卡拉。到了另一个星球的卡拉和蒙失去了超能力。失去超能力的卡拉和蒙被一个外星人抓了过去，他告诉卡拉人类都被抓到一个基地了，正准备贩卖给玛多利亚星人。卡拉在那里看见了很多人类，失去超能力的卡拉仍然保护着人类。

卡拉带着蒙回到了超查部，开始了对他的训练。这天一位心理学医生到监狱里探访一位女犯人，这位女犯人名叫莱丝丽，以前是一位主播。但是就在前几年她拥有了电击的超能力，因此自封为电女郎。电女郎到处伤害群众，是卡拉认为的劲敌。这天电女郎被人劫出了监狱，并开始犯事了。卡拉和蒙赶到现场，詹姆斯也悄悄的赶到了现场。卡拉命令蒙保护群众，电女郎由她来解决。蒙心甘情愿的保护者群众，但是这个时候卡拉出现了危险。蒙丢下了群众，卡拉责怪了蒙。卡拉很是气愤蒙没有始终保护群众，她不需要蒙的保护，就算她死在电女郎的手里也是心甘情愿。

卡梅根回家的路上发现荣恩在跟踪她，荣恩害怕梅根的族人出现找她的麻烦。说时迟那时快，白火星人出现了，还好卡拉出现打跑了那个白火星人。他们回到了超查部，温查出了那个白火星人的下落。卡拉本想帮梅根解决那个白火星人阿马克，但是梅根拒绝了，她说这是她自己的战争。原来阿马克是梅根的丈夫，阿马克想要带着梅根回到白火星。梅根不愿意和阿马克回白火星，阿马克用梅根的朋友们便威胁她。那晚梅根本想离开，但是却被荣恩拦了下来，因为他们会一起战斗。

卡拉找了莉娜，因为她觉得现在的莉娜需要朋友的陪伴。莉娜告诉卡拉莉莉安想要见她，但是她回绝了。卡拉的到来让莉娜好受了很多，而且卡拉还劝莉娜去看看她的母亲。莉娜去看了莉莉安，一进门莉莉安便抱怨莉娜一点没有亲情。莉莉安和莉娜谈起了莱奈尔，也就是莉娜的父亲。莉莉安很怨恨莱奈尔出轨生下了莉娜，而且莉莉安还表示想要和莉娜重新来过。这天莉莉安的助手科本接受了审讯，法庭上科本仍然认为莉莉安是他的救命恩人，莉莉安是在为人类着想。这时科本用莉莉安给他的武器在法庭上大打出手，救走了莉莉安。

捣蛋鬼向卡拉表明自己的心意之后便离开了。卡拉去了超查部，原来捣蛋鬼就是传说中的五维生物，他可以任意扭曲现实世界。这几天的气氛很是轻松，荣恩和梅根在一起了，卡拉和蒙也终于在一起了，大家都开始为情人节做准备。温一个人在酒吧里喝酒，这时两个外星人想要欺负他，一个女外星人莱拉救下了他。两个人很是聊得来，还相约了一起吃晚饭。这天超女正在追击那帮抢劫犯，捣蛋鬼又出现了，还险些伤害了那些人类。蒙建议杀掉捣蛋鬼，但是卡拉选择了抑制捣蛋鬼的能力。

蒙从卡拉的床上醒来，可是卡拉却不在身旁，因为卡拉一大早便出去拯救市民们了。一会儿卡拉便带着鲜花和咖啡回到了家里，两个人深深地拥吻。卡拉和蒙回到了超查部，蒙迫不及待的将他们两个爱情告诉了大家。轻松的时间并没有持续多久卡德摩斯便传来了坏消息，卡拉和荣恩一起前去执行了任务，他们成功的救回了艾丽克斯的父亲耶利米。

耶利米从超查部拿走了所有外星人的资料，而且他还帮助卡德摩斯绑架了二十多个外星人了。荣恩意识到了事情的严重性，他宣布从此之后耶利米便是敌人，可以直接缉拿。艾丽克斯因为这件事情很是烦恼，不管别人怎么想她的爸爸，她都无条件地相信他。这时有人在酒吧发起了动乱，他们抓走了所有的外星人。但是艾丽克斯只从那里抓回了一个卡德摩斯的人。晚上耶利米去见了艾丽克斯，他告诉艾丽克斯卡德摩斯想要杀死所有外星人，她想要艾丽克斯单独和他去救那些外星人。艾丽克斯答应了，但是这个人并不是耶利米。荣恩故意假扮成了耶利米试探艾丽克斯，果然就如他想的一样，就这样艾丽克斯被停职了。

卡拉被辞退后整日闲来无事，那晚卡拉和蒙正在看电视，这时他们的电视和超查部都被外星人入侵了。外星人叫他们交出蒙，不然的话他们便要发起武力攻击。卡拉和蒙赶到了超查部，卡拉决定独自前往会会那些外星人，可是卡拉受到了极大的威胁，险些丧了命。蒙见此情况只好答应外星人交出了自己以确保卡拉的安全，但是卡拉却跟着蒙上了那艘飞船。卡拉和蒙上了那艘飞船，可是让卡拉惊讶的是那些外星人却向他们俩行礼。这时出来了一男一女，那是蒙的父母，也是达克萨姆星的国王和王妃。卡拉这时才明白蒙是达克萨姆的王子。

卡拉知道了莉娜和杰克吃晚餐的事情，卡拉带着蒙去了餐厅。卡拉本想询问杰克关于人体试验的事情，可没想到杰克居然扯到了他想回到莉娜身边的事情，莉娜因此完全迷失了自我。蒙带着卡拉去了杰克办公的地方，因为他偷偷地拿到了杰克的门卡。卡拉他们入侵了杰克的电脑，在那里他们发现杰克早已将自己和“生极”结合在了一起，而且就是杰克杀死了那两位员工。就在这时候杰克知道了卡拉入侵电脑的事情，还好卡拉他们及时离开了。卡拉将这件事情告诉了莉娜，莉娜还是去见了杰克。就在助理想要控制杰克杀死莉娜的时候卡拉赶到了，在打斗过程中卡拉差点就是失去了性命，关键时刻莉娜选择了牺牲杰克拯救卡拉。

这天卡拉、蒙、艾丽克斯和玛吉一起在家里吃饭，这时候玛吉就卡拉的处事方法提出了看法。玛吉说卡拉做事情太果断了，她不给犯人任何机会解释，她认为只要把犯人抓起来关进监狱就好了。卡拉和玛吉展开了激烈地讨论，蒙和艾丽克斯插不上一句话，终于卡拉受不了了，她认为玛吉一点都不了解她，而且还对她存在着深深的误会。卡拉气愤地离开了，蒙追了出去，艾丽克斯也留下了玛吉，她告诉玛吉她去找卡拉谈谈，她希望玛吉能够等她回来，到时候她们俩也好好谈谈。第二天玛吉找到了卡拉公司，她质问卡拉艾丽克斯到底在那里。卡拉很困惑，昨天晚上她离开后就再也没有见过艾丽克斯，这时候她们意识到艾丽克斯出事情了。

詹姆斯和温还在进行着两个人的伟大事业，但是詹姆斯越来越不明白自己这样做到底对不对，因为每当人们面对他的时候总是恐慌的，他只是救了这些人的性命，并没有拯救他们的思想，詹姆斯开始陷入了无限地自我怀疑当中。这天在纳市发生了一件大事，一个外星女人用自己的超能力将整个纳市陷入了危险当中，她伤害了很多人，之后便不见了踪影，而詹姆斯和温目睹了这一切。卡拉和整个超查部都开始着手这件事情，詹姆斯想要加入他们，但是荣恩拒绝了詹姆斯，荣恩告诉詹姆斯这是超查部的事情。詹姆斯并没有放弃调查这件事情，他找到了那个女外星人的住处，但是在那里只有一个小男孩，这个男孩是女外星人的儿子。

昏睡的莉娜终于醒了过来，瑞亚一直都照顾在她的身边。莉娜很害怕身边的这个瑞亚，而此时的她正和瑞亚处于那纳市上空，达克萨姆星人正在攻击整个纳市，大家都束手无策。就在这时达克萨姆星人打入了超查部，瑞亚誓言要在地球建立一个新的达克萨姆星球。蒙看出了瑞亚的想法，蒙劝瑞亚放弃她的想法，因为他知道人类远比他们想象的强大。可是瑞亚毫不在乎这些，她绑架了纳市所有的精英，而且她还想蒙娶莉娜作为妻子。

决战开始了，卡拉占了上风，但是这时候瑞亚开始用阴招了，她使用了银氪星石，而且瑞亚还出尔反尔了，她下命开始了对纳市的攻击。卡拉坚持不住，尽管这时候大家都开始奋力反抗，而且梅根也回到了地球，带着帮手。卡拉选择了开启装置，顿时地球上的空气都布满了铅。达克萨姆星人坚持不住了，他们离开了地球，而瑞亚死在了地球上。蒙也快就坚持不住了，别无选择，卡拉送走了蒙，临走前卡拉将她母亲留下的项链交给了蒙。两个人惜惜相别，蒙告诉卡拉他一定会回来，他一定会成为卡拉想要他成为的人。地球的危机解除。