Nakon što je Kara-Zor-El otkrila svoje prisustvo na zemlji postala je interes kako zemaljskih tako i vanzemaljskih  tajnih organizacija.Karina zemaljska sestra Alexandra radi u jednoj od tih organizacija i upoznaje Karu sa onim što radi.Iza napada na Karu stoji njena zla tetka koja je oko sebe okupila vanzemaljske kriminalce.

Vanzemaljac zvani gusjenica teroriše grad, Supergirl i agencija u kojoj radi njena zemaljska sestra pokušavaju da ga uhvate.Karina šefica Cat insistira da Džejms sredi intervju između nje i Supergirl.Kara upoznaje svoju zlu tetku.

Reaktron stari neprijatelj Supermena se pojavio u National City, kada sazna da mu je Supergirl rođaka želi da se osveti jer smatra Supermena odgovornim za smrt svoje žene.

Dan Zahvalnosti je i svi se spremaju za proslavu a dolazi i Karina pomajka.Radio voditeljica Lesli nakon kraće prepirke u vezi sa Supergirl i svojom šeficom Ket, biva premještena da izvještava iz helikoptera.Alexndra i Kara odlaze zajedno ali primjećuju da helikopter u kojem je Lesli pada.Supergirl priskače u pomoć a udar munje baca Lesli u komu.Uskoro saznaju da je Lesli postala LiveVire koja pokušava da ih ubije.

Nakon niza bombaških napada trag vodi do bogataša i milijardera Maksvela Lorda koji pokušava da pokrene magnetni voz u National City.Supergirl dobija zadatak da pronađe bombaša uz to još mora da vodi računa o sinu svoje šefice koji bježi i ukrca se na voz kojem prijeti bombaški napad.

General Lejn želi da testira novo oružje zvano crveni tornado tako što će Supergirl da se bori protiv njega.Nakon što testiranje krene u neželjenom smjeru za sve okrive Supergirl.Alex pokušava da sazna šta se desilo s njenim ocem.Kara i Vin otkrivaju da je Henk taj koji ga je zadnji put vidio živog.

Nekoliko jakih potresa pogađa National City a Kara je prinuđena da sve to posmatra sa strane jer su njene moći istrošene nakon borbe sa crvenim tornadom.Alex i Henk pokušavaju da se izbore sa krizom u DEO gdje se oslobodio strašan neprijatelj.

Supergirl se sukobljava sa svojom tetkom Astrom, Džejms i Vin pokušavaju pronaći odgovorne hakiranje njihove šefice.Astra ima planove da odvuče pažnju Supergirl dok njeni podređeni napadaju Lordovo sjedište.

Astra je zarobljena u DEO a Non je zarobio Henka i traži razmjenu, Karina šefica je uvjerena da je ona Supergirl i daje joj ultimatum da to prizna ili će dobiti otkaz.Džejms i Vin se trude da otkriju šta radi Lord Maxwel.

Vinov otac bježi iz zatvora i svi saznaju da se radi o superzlikovcu koji ubija nemilice.Alex pokušava da obmane Lord Maxwella dok Henk istražuje njegove tajne laboratorije.

Supergirl pomaže Henku da se riješi pretnje koja dolazi sa njegovog rodnog planeta Mars, Bijeli Marsovac i njegova rasa su pobili Henkov narod.Žon Žonz/Henk želi da Bijeli Marsovac bude ubijen kada isti napadne bazu FBI.

Maks Lord je klonirao Superdjevojku tj njen alter ego Bizaro.Alex na svoju ruku privodi Maksvela i pokušava da pronađe Bizaro.

Vanzemaljski lovac na ucjene ubija vanzemaljce, Kara pokušava da ga spriječi u tome dok usput u sebi vodi bitku protiv nove pomoćnice i Henka za kojeg misli da je ubio njenu tetku Astru.

Opasni vanzemaljac koji sebe naziva Indigo a sposoban je da putuje kroz internet mrežu kao gomila podataka, hakira nuklerane kodove želeći da lansira nuklerano oružje.Kara putuje sa Džejmsom u Supermenovu tvrđavu na sjevernom polu gdje je baza podataka svih vanzemaljaca i saznaje da je Indigo ustvari Brainiac 8 vrlo opasan protivnik.

Nakon požara na jednoj zgradi Supergirl ne znajući biva izložena crvenom kriptonitu od kojeg postaje sušta suprotnost tj alter ego.Svi primjećuju da sa Supergirl nešto nije uredu jer svojim postupcima plaši sve oko sebe.Lord Max se osjeća odgovornim za ono što se desilo Supergirl i dolazi u DEO da napravi protuotrov.Henk je prinuđen da oda svoj identitet nakon borbe sa Supergirl i sada je zatvoren zajedno sa onima koje je hvatao.

Nakon što je Henk uhapšen na scenu stupa vojska koja želi da ga odvede u tajnu bazu gdje vrše opite nad vanzemaljcima.Alex je takođe uhapšena a Supergirl smišlja kako da ih oslobodi.Lucy Lane postaje nova Šefica DEO.

Šioban otkriva svoje moći nakon što je pala sa zgrade, i želi se osvetiti Kat i Kari.Nakon što Kara bude ozljeđena od strane Šioban a koja je uzela ime Silver Banshee, Karu spašava Flash poznati junak koji dolazi iz druge stvarnosti.Šioban oslobađa LiveVire koja takođe želi osvetu i zajedno kreću u napad na Ket i Karu.

Myriad moćno vanzemaljsko oružje koje je bazirano na kontroli uma je pušteno u rad i svi stanovnici National City su pogođeni sem Supergirl, Cat i Max Lorda.Ovo troje će učiniti sve da zaustave Nona i njegov plan.

Non i Indigo koriste Alex u borbi protiv Supergirl koja uz pomoć njene pomajke uspjeva da dopre do Alex.Lord Max otkriva da nisu uspjeli skroz da zaustave Myriad i da imaju malo vremena prije nego svi postanu žrtve.Žon Žonz i Supergirl pronalaze Nona i Indigo i uspjevaju ih poraziti.Supergirl pokušava da Fort Roz pošalje u svemir mada zna da nema povratka nakon toga.Alex uskače u brod s kojim je Supergirl došla na zemlju i spašava je.Svi slave povratak Supergirl a Žon Žonz je vraćen na mjesto šefa, Lord Max i General Lejn opet nešto mute.U toku je proslava za odabrano društvo u Karinom stanu, prekida ih eksplozija a na licu mjesta zatiču istu kapsulu s kojom je Kara Zor El stigla na zemlju.