ウィルとナタリーが駐車場でティムに衝突され、ナタリーが意識不明に。ナタリーの治療は夜勤の外科医クロケット・マルセルが担当する。ウィルも負傷していたが治療もそこそこにナタリーの病室へ。そこでフィリップからナタリーと婚約したと告げられ、ショックを受ける。しかしクロケットは婚約がフィリップのウソだと見抜いていた。やがてナタリーが目を覚ますが、事故前後の記憶がない。

悪天候続きのシカゴが停電。メッドの非常用発電機は排水管の漏れで水浸しになり、作動が止まってしまった。そんななか、近くで救急車と乗用車の衝突事故が発生。搬送途中だった心疾患の患者リチャードと、衝突で負傷した救命士ダレンがメッドに運び込まれる。イーサンは救急医を目指す医学生スティーヴを指導しながらダレンを担当。ハイブリッド手術室で処置を行うが、停電という非常事態でＥＤは人手が足りず…。

手首を骨折したキャロライン。数週間ギプスをはめなければならないと聞き、残り少ない余命のうち何週間も手を使えないのは耐えられないと言って手術を希望する。チャールズは感染症のリスクが高いからと反対するが、キャロラインはなかなか折れない。チャールズも一度は説得を諦めるが、キャロラインはチャールズの気持ちを考えて手術をやめた。現代の医療では完治しない病気を患う１８歳の青年シェップが来院する。

突然発生した未知の感染症と、それに関連して起こった大学の放火事件について調べるシカゴ警察、消防、メッドの面々。感染者と接触したアプトンはメッドの隔離テントで様子を見ることに。やがて、サウス・フェアフィールド４５のアパートで大規模感染が起こり、住人たちは隔離テントへ。住人の１人消防士志望のクアンが発症し…。

ノアが外科のレジデントになりクロケットの下に付いた。クロケットを軽薄だと見なしているイーサンは、指導が行き届いているのか気になって仕方がない。そんな折、長年腹痛や嘔吐に悩んできた男性カールが来院。検査の結果、膵体尾部に腫瘤が見つかる。クロケットはすぐに膵体尾部を切除すべきだと主張するが、イーサンは症状の原因をじっくり見極めるべきだと反発。

肺炎が疑われる幼児の患者ルーカスに両親の許可なく抗生物質を投与したナタリー。裁判所命令で治療を続けることになるが、検査で肺炎ではないことが分かる。さらに検査を続けるが、ルーカスの両親の訴えによりナタリーは傷害罪などで連行。しかしナタリーの検査のおかげでルーカスの難病が判明して治療を早く始められることになり、告訴は取り下げられた。

子供を持つという目標に向かい、エイプリルの気持ちをよそに様々な工夫を始めたイーサン。ある日陸軍軍曹のジーナ・トッドを担当するが、ジーナが命令に反してシカゴに来たことを知り、守秘義務を破って陸軍に連絡してしまう。ジーナが敗血症で危険な状態の時に陸軍太尉のシムズが現れ、引き渡すよう求めてくるが、グッドウィンの説得により、ジーナは無事に手術を終えてから引き渡された。

ベンがはしかに感染。肺炎を発症し、余命わずかと宣告される。マギーはベンに最後の日々を自宅で過ごさせたいとグッドウィンに訴えるが、はしかの患者には隔離が義務づけられているため、退院は許されないとの返事だった。マギーはナタリーのサインを偽造して救急車を呼び、ベンの自宅前まで行くが、街の人たちに感染させるリスクに気づき…。

婦人科の検査を受けて妊娠は難しいと知ったエイプリルはイーサンに「自分は子供が欲しくないかもしれない」と言ってしまう。その日エイプリルはクロケットと共に腎臓移植が必要な患者マイクを担当するが、イーサンも同じく腎臓移植が必要なダンを担当していた。マイクの兄デニスがダンと適合し、ダンの母マーサがマイクと適合することから、マーサからマイクに移植後、デニスからダンへの移植が行われることとなる。

チャールズはパニック障害の患者プリヤについてエルサから相談を受ける。パニック発作の引き金となるような言葉を録音して歌に変換し、ネガティブなイメージを払拭するという趣旨のスマホアプリをプリヤに紹介したいというのだ。チャールズは却下するが、エルサは悩むプリヤを見かねてアプリを紹介。プリヤはアプリを試す途中で馬鹿馬鹿しくなり、処方外の時間に抗うつ剤を飲んで発作を起こしてしまう。

オヘア空港の着陸機が火災事故を起こし、全身に重度の熱傷を負って顔が判別できない患者がメッドに搬送されてくる。名前はサム・エイブラムス。神経外科のエイブラムスがその便を予約していたこと、ポケットから神経外科の学会のパスが出てきたことから同一人物だと特定された。エイブラムスの若妻ミシェルは、エイブラムスが介護の必要な体になると聞かされ、本人が嫌がるだろうと主張して呼吸器を外すことを決める。

スクールバスの事故が発生。クロケットとナタリーが現場に出向くと、ヘンリーとケイトという２人の生徒が鉄の棒でピッタリと串刺し状態になり、座席に固定された状態になっていた。通常であれば棒をずらして２人の間の隙間をあけて、２人を切り離してから搬送するが、ケイトは出血がひどく、棒を少しでもずらせば死亡することが明らかだった。

ハンナが再び未認可の注射室に来る。ウィルは薬物摂取をやめさせ、教会で行われている自助会に行くよう説得。しかしハンナは教会に現れなかった。依存症の治療を受けないまま医療行為を続けるハンナを見過ごせないと考えたウィルは…。交通事故に遭った夫婦、リックとキムが搬送されてくる。クロケットがリックの手術をするが、片方の脚を切断しなければ命に関わる状況に。

ナタリーは腹痛で訪れた男性ルイスを担当。元妻のエレインと娘のハーパーが付き添っていたが、実はルイスの本名はデレクで、エレインがハーパーの父親役として雇った役者だった。ハーパーはデレクを本物の父親だと信じて心から慕っており、２人の様子は実の父娘にしか見えない。しかし最近エレインはデレクに、ハーパーに連絡しなくなる形でルイス役を終わらせてほしいと依頼していた。

メッドの駐車場で助けを求められたナタリーとクロケット。その男の車へ行くと車内には脚に傷を負った脱獄囚タイラーがいて、銃を向けてくる。むりやり車に乗せられた２人は車内でタイラーの脚の治療を行い、そのままタイラーの母親の家へ連れて行かれる。そこには末期の脳腫瘍を患うタイラーの息子、ボビーがいた。タイラーが脱獄したのは死の近い息子に会うためだったのだ。

チャールズは元妻スーザンから呼び出され、停学になった１３歳の娘アンナを病院に伴う。ナタリーの患者ミンディの母親キャロル・レムスに代理ミュンヒハウゼン症候群の疑いがあるとのことで診察のオーダーが入り、アンナを自分のオフィスにとどめてＥＤへ。小児科のストラウスはすぐにも児童保護局に通報してミンディをキャロルから引き離すべきだと主張するが、チャールズは慎重に見極めるためにキャロルの話を聞こうとする。

ハンナと交際を続けるウィル。リハビリ１年目の恋愛はよくないとチャールズに諭されるが、聞く耳を持たない。その日、アルツハイマーで腎不全を患うイヴリンを担当するが、イヴリンは透析などの医療行為を拒否する意思を事前指示書で示していた。チャールズは現在のイヴリンを判断能力なしと診断、事前指示書を尊重するようウィルに求める。しかしウィルはチャールズの診断に疑問を呈し…。

歩道橋から落ちた１５歳の少年ザックと、車で通行中にザックが落ちてきたために負傷した女性テリーが搬送されてくる。イーサンはザックが自殺を図ったのではないかと疑い、チャールズに診察を依頼。しかしザックの父親ハリスは精神科への嫌悪をあらわにして息子の自殺を否定、母親ケイティは何も言い出せない。ザックに精神科の治療を受けさせたいイーサンは、証言を得ようと、テリーの病室へ。

ウィルは皮膚の発疹で訪れたロジャーと名乗る男性を担当。ロジャーのカルテをもとに、以前効果のあった抗生剤を投与するが、なぜかアレルギー反応が起きてしまう。実はその男性はロジャーではなく、保険を利用するために友人になりすましていたのだった。

さらにウィルはクリスチャンという男性患者を担当する。クリスチャンはハンナの元恋人で、ハンナが車でメッドに連れてきていた。