近未來日本首都，新埼玉。超高層霓虹燈街道中高聳入雲的丸之內超級高層大廈。被捲入邪惡忍者組織“總會集團”的抗爭而身負瀕死重傷的藤木户健二，遭到前來抹殺事件目擊者的嗜血忍者們的追殺。此時，由於突然被邪惡的忍者靈魂附身，藤木户從死亡深淵中被喚回！“你好，我是忍者殺手……！”壽司！空手道！忍者！毫不留情的死鬥！忍者殺手的復仇之戰開幕了……！

為了替妻兒報仇，忍者殺手持續地殺戮總會屋的忍者。他的下一個敵人是使用“火遁術”的忍者亞松。再加上歐姆拉公司自上空瞄準的武裝金槍魚飛艇不斷逼近，雷射和追蹤導彈的波狀攻擊向他襲來。陷入危機的忍者殺手，會迎來怎樣的結局……！？

自京都共和國轉校來的女高中生，矢本小季。外表是看似平凡的女高中生，然而她身上卻寄宿着上級忍者的靈魂“和紙忍者”的力量。她是如何得到這種力量的？掌握這一疑問的鑰匙的是留着爆炸頭的男子轉學生，章剛間口。使用神秘的忍術收拾不良的章剛……他也是忍者靈魂的憑依者！

矢本將忍者靈魂的力量隱藏起來，以普通的女高中生身份平穩地生活。但在和好友亞沙裏一同去卡拉OK的她的面前，出現了成為總會集團爪牙的章剛——斯薩特，以及他的帶頭大哥音爆！矢本解放了和紙忍者的力量，使用摺紙飛彈抵抗！而音爆則毫不留情地使用音速流空手道向她襲來！

志垣最善。他有一個成為職業水墨畫師的夢想。但自從某天他在工作的豆腐工廠因豆腐壓制機而失去了右臂開始，他的人生就開始了巨大的扭曲。在失意當中吃着壽司的他，由於偶然的事件而參加了對坂家豆腐公司工廠的襲擊。但那卻是總會屋的陰謀！另一方面，追尋着總會屋秘密的忍者殺手也以豆腐工廠為目標……！

為了尋找礙眼的龍道場並在那裏放火，巨鏢和震地者自總會集團出擊。道場那裏有着在過去將忍者殺手自破滅中拯救的龍老師和他的孫女由佳乃。總會集團的刺客一邊對平民百姓施加毫不留情的拷問，一邊逼近龍道場！為了阻止他們卑劣的企圖，忍者殺手開始追蹤，但……！快呀！忍者殺手！快呀！

有能的黑客，同時是自由記者的南希·李。上圍非常豐滿。她在搭檔約瑟的引導下，前往古玉地區。手握洋巴拿刺身事件關鍵的人物，多良木韋恩應該就潛伏在此地。但，多良木已經被不知道什麼人給殺了。多良木所留下的死亡訊息“狸”所隱含的謎團是！？之後，遭到殘忍的總會忍者“蛇怪”襲擊的南希，其命運將會如何！？

夥伴約瑟被殺，南希為了揭露可惡的總會集團和黑暗巨型企業的陰謀，再度面臨危險的潛入作戰。找到了好好先生製藥工廠的南希，得到尋找“伐武”解毒劑的忍者殺手的協助，兩人最終會合。兩人在工廠深處所見到的是，令人恐懼的克隆黑道生產設施！不止如此，“佛雷斯特·佐渡”所率領的異形生化忍者們阻擋在他們的面前！

忍者殺手仍然對南希抱有不信任感，但他知道要從好好先生製藥之處奪取“伐武”的解毒劑，她的網絡攻擊是不可缺少的，於是在網絡上展開極秘會議。擁有生體LAN端子的南希，以超人的打字速度而自豪，並可以自在飛翔於在黑客之間被稱作“言靈空間”的電腦IRC空間當中。但總會集團的電腦安全擔當忍者代達羅斯卻向他們發動了襲擊！“防火牆在我的面前就和紙門沒什麼兩樣……！”危險！

為了尋找對忍者生物兵器“伐武病毒”的解毒劑，忍者殺手與南希潛入好好先生製藥的湯湯婆工廠。阻擋在他們面前的是擁有四條手臂的生化忍者惡漢，以及再度現身的佛雷斯特·佐渡。此外，在電腦IRC空間內，南希·李再次遭到代達羅斯的襲擊，陷入了危機！快呀！忍者殺手！快呀！現在只需要一記KICK就好！

龍·嚴道僧。他是龍道場曾經的主人，有着老師忍者別名的男人。但他如今卻因伐武病毒而處在死亡邊緣。到達他身邊的忍者殺手，將從好好先生製藥獲得的安瓿交給他。在他喝下放入解毒劑的茶的瞬間，響起了爆炸音！總會屋的刺客黑暗忍者出現在飛到外面的忍者殺手的面前，並拔出妖刀別品。在看到妖刀別品的忍者殺手腦中，那個夜晚的地獄光景復甦了。黑暗忍者正是在丸之內抗爭中將自己深愛的妻兒殺害的男人！藤木户的怒火燃燒！……忍者，該殺！

在與忍者殺手死戰的最後，黑暗忍者的妖刀別品粉碎而敗北。他在隱藏於沙龍大廈內的非法私人空間中連接上生命維持裝置而開始沉睡。此時總會屋內的兩名忍者潛入，為了取他的地位和性命而打開了紙門。究竟是何人指使！？以無情的空手道將其抹殺的黑暗忍者，為了找出對自己派出刺客的總會屋背叛者而前往屋形船，將其燒落。

降下重金屬酸雨的灰色電腦巨大都市，新埼玉。在那裏生活的自由忍者，銀鴉。本名鍵·田中。他從事着名為“電腦試刀”的黑暗生意。得知自己的身體被病魔侵蝕，已經來日無多的鍵，某天在投幣式洗衣店與一位少女相遇了。她的名字是矢本小季。毫無意義的閒聊。分別的兩人。此時，總會屋的刺客“胡桃夾子”追殺身為總會屋通緝對象的她而來。南無三！“和總會屋有關的忍者嗎……我討厭麻煩事哪。”鍵·田中拔出了劍，為了拯救矢本而回到洗衣店。

銀鴉即鍵·田中，開始把空手道教給自己偶然救了的女高中生忍者矢本小季。但他收到的新任務，是將現在正隱藏在自己家中、遭到通緝的女忍者——也就是矢本——發現並抹殺。即使知道了這一點，鍵仍然在道場持續鍛鍊着矢本，並將居合道傳授給她。之後，安穩的時間無情地飛逝。終於，追尋着矢本的蹤跡，來自總會屋的兩名老手“劍舞者”和“第三隻眼”被派遣前來。南無阿彌陀佛！矢本小季的命運將如何！？消失的烏鴉最後所歌唱的是！？鍵·田中究竟給矢本傳達了什麼，又留下了什麼！？

在小村公司開發的新型機械忍者“馬達亞虎”的攻擊下，鳥取村的水壩建設反對勢力幾乎要全軍覆沒。雖然支援着反企業反抗軍的革命鬥爭組織一揆打毀的代理人“極樂者”和“忘卻者”也來援助他們，但小村公司把擅長使用爆炸物的忍者“爆破者”也派遣來了！槍林彈雨！空手道！爆炸！陷入絕境的反抗軍！突然現身的忍者殺手！他幫助了忘卻者，並稱她為“由佳乃”。是的，她正是失蹤並且喪失記憶的龍·由佳乃本人！

忘卻者由佳乃成為了進步的革命組織“一揆打毀”的戰鬥代理人。為了看透他們的本質，忍者殺手也成為一揆打毀的一員。忍者殺手和戰鬥代理人“指彈”一起，前去襲擊與總會屋息息相關的兩輛編成輸送新幹線“銀河號”。在那裏現身的是總會屋的“日珥”！在戰鬥的最後，忍者殺手等人將日珥逼入絕境，但此時傳入他耳中的是乘客中富豪幼兒園的孩子們發出的悲鳴。指彈連想要保護無力的孩子們的職員也毫不留情地肅清。殺吧！忍者殺手！殺吧！現在就將一揆打毀那暴力的忍者本質公之於眾吧！

被總會屋派來的殺手追殺，度過着逃亡生活的矢本小季，在流落的教會中與自稱為“滅絕者”的恐怖忍者相遇了。問過之後，發現他幾乎沒有到這裏來之前的記憶。事實上他是在老元手下工作的瘋狂科學家“李醫師”製造出來的殭屍忍者，後來覺醒了自我，從李醫師的實驗室逃走了。矢本和滅絕者在教會獲得了喘息之機，此時李醫師的助手吹雪·納哈塔所製造的最新生化忍者“巨蠍”，以及追殺矢本而來的總會屋刺客“投彈者”，兩名刺客被送來了！南無阿彌陀佛！決定並肩作戰的矢本和滅絕者的命運究竟如何！？

Naraki, a student at Neo-Saitama 1st University, meets a woman named Maname at a coffee shop to join in a march against poverty. However, Maname is not all that she appears, and the march takes an unexpected turn.

Just as Nancy and Ninja Slayer put the finishing touches on a plan to finally eliminate Laomoto, Nancy is compromised by an unforeseen band of ninjas. Before his big mission, Fujikido deals with some domestic violence next door.

In events from the previous day, Trufflehog sniffs out Ninja Slayer's hideout, locating his computer with the plans to kill Laomoto. In kotodama space, an entity named Baba Yaga approaches Nancy.

Fujikido gets some much-needed rest at home, with Agata caring for him. Laomoto holds a press conference, and makes a shocking declaration. Ninja Slayer runs into an old rival while storming Tokorozawa Pillar.

Ninja Slayer and Darkninja fight one-on-one. After Laomoto is called away to appear in a live broadcast, two other ninjas appear and encourage Darkninja to take on a different task in Kyoto, saying it is his destiny.

With assistance from Nancy, Ninja Slayer challenges the Six Gates ninjas on his way to Laomoto's castle keep. A strange phenomenon tortures Ninja Slayer's mind with images of the dead, including his wife and son.

Laomoto offers Hellkite a last chance to redeem himself. Ninja Slayer at last reaches the castle keep housing Laomoto, but must defeat the last of his bodyguards before he can finally confront him.

As Naraku Ninja and Laomoto continue their rooftop duel, Fujikido must come to terms with the symbiotic relationship that he and Naraku have. Laomoto strikes back with the many ninja souls that he possesses.