Un mese dopo gli eventi della stagione 1, Elliot ha cambiato vita, ora vive diversamente, mantenendo una routine ripetitiva nel tentativo di indebolire l'influenza di Mr. Robot, il quale gli appare continuamente e lo tormenta, pur rifiutando di dirgli ciò che è successo a Tyrell.

Scott Knowles è costretto dalla fsociety a bruciare pubblicamente i 5,9 milioni di dollari in contanti del riscatto mentre indossa una loro maschera. Angela prosegue la scalata all'interno della E-Corp, contenta della sua nuova posizione aziendale, e sembra abbandonare la causa legale contro la stessa azienda.

Dopo una conversazione confusa con Tyrell al telefono, Elliot cerca di liberarsi completamente di Mr. Robot. Quando il telegiornale riporta la notizia della morte di Gideon, Elliot rimane scioccato. Più tardi, Mobley trova Romero morto in casa.

Mr. Robot afferma che se Elliot lo batterà a scacchi, egli lo abbandonerà per sempre. Anche se Krista sconsiglia di giocare questa partita, Leon gli dice di combattere per ciò che vuole: tuttavia le tre partite finiscono in tre situazioni di stallo.

Elliot scrive il malware per hackerare l'FBI dal computer di Ray. Darlene dice ad Angela che può rimuovere i registri dell'FBI riguardanti il CD alla Allsafe se contribuisce, ma lei rifiuta. Il contatto di Joanna teme che l'FBI sia sulle loro tracce, così lei ordina di ucciderlo.

Elliot si ritrova in un mondo fittizio, in cui è in viaggio con la sua famiglia con Tyrell legato nel portabagagli in quella che sembra una commedia anni 80. Dopo essersi risvegliato, Elliot è in ospedale in seguito all'aggressione commessa dagli uomini di Ray.

Angela, nonostante l'arrivo improvviso di Dom, riesce ad hackerare l'FBI, ma l'agente comincia ad avere sospetti su di lei, nonostante non abbia nessuna prova per incriminarla. Nel frattempo, Joanna dice al suo fidanzato che ha il modulo per il divorzio da Tyrell.

La fsociety scopre che il Project Berenstain è un progetto illegale della FBI atto alla sorveglianza di tre milioni di persone, tutte possibilmente legate in qualche modo all'attacco hacker. 17 sono i sospettati, uno dei quali deceduto: Mobley teme che il sospetto deceduto sia Romero presupponendo di conseguenza che l'FBI si stia avvicinando sempre di più a loro.

Si scopre che fu la polizia a bussare a casa di Elliot alla fine dell'ultima puntata della prima stagione. Elliot viene arrestato per aver hackerato gli account dell'ex di Krista, Lenny Shannon, e al processo Elliot si dichiara colpevole dei reati imputatogli.

Nell'appartamento di Susan, Cisco trova Vincent, uno dei membri della fsociety, ferito gravemente: così egli lo porta da Darlene e i due lo portano al pronto soccorso. Dopo che l'FBI arriva a casa di Susan, diversi testimoni dicono di aver visto due uomini uscire dall'appartamento, uno dei quali viene ricondotto a Cisco tramite la descrizione del volto.

Angela si ritrova in un furgone condotto da un uomo e una donna, che la porteranno in una misteriosa stanza di una casa fuori città: qui la ragazza subisce un interrogatorio da parte di una bambina attraverso frasi a risposta secca dettate da un programma informatico visualizzato tramite un vecchio Commodore 64.

In un flashback Elliot, che in quel momento ha assunto l'identità di Mr Robot, è con Tyrell Wellick: quest'ultimo gli racconta che quando era bambino, il padre gli cantava una filastrocca sulla "carriola rossa". Alla fine del ricordo, confida ad Elliot che odia suo padre.