Un mois après l'attaque informatique lancée par fsociety sur la multinationale E-Corp, Elliot s'est réfugié chez sa mère. Depuis, il s'impose un rythme de vie millimétré à l'extrême : repas à heures fixes avec son nouvel ami Leon, tâches ménagères et rédaction d'un journal intime font désormais partie de son quotidien. Le hacker espère ainsi garder le contrôle sur son esprit, mais cette routine passée loin des écrans déplaît à Mr Robot. L'alter ego d'Elliot veut à tout prix le convaincre de reprendre ses anciennes activités, tandis que Darlene continue la lutte avec un petit groupe de fidèles…

La routine qu'Elliot s'impose ne porte toujours pas ses fruits : Mr Robot continue de le harceler jour et nuit pour qu'il reprenne ses anciennes activités. Le hacker tente tant bien que mal de canaliser son alter ego en marchandant une rencontre avec Tyrell, toujours porté disparu. Le FBI, bien décidé à traduire les membres de fsociety en justice, confie l'enquête à la brillante Dom DiPierro. De son côté, Angela gravit petit à petit les échelons dans son nouveau travail au sein d'E-Corp. Son ascension suscite beaucoup de jalousie chez ses collègues, mais la jeune femme s'accroche malgré ses nombreux doutes…

Encore choqué par la mort de son ancien patron, Elliot décide de prendre un médicament très puissant pour calmer sa douleur. Grâce à ce traitement, le hacker espère aussi neutraliser Mr Robot pour de bon. De son côté, Mobley cherche à reprendre contact avec Romero, mais retrouve ce dernier assassiné dans la maison de sa mère. Il en vient à se demander si la Dark Army ne serait pas derrière ce meurtre, tandis que Darlene se montre plus préoccupée par l'enquête du FBI. Peu de temps après, l'agent DiPierro se met à fouiller la maison des Romero à la recherche d'indices qui la mettraient sur la piste de fsociety…

Complètement dépassée par les événements, Darlene se résout à appeler son frère à la rescousse, mais Elliot sent qu'elle lui cache quelque chose. Mr Robot rôde toujours, et Elliot repousse comme il peut les assauts son alter ego. Mais ce dernier est plus que jamais déterminé à reprendre la lutte, et propose à son hôte de jouer une fois pour toutes leur destin avec une partie d'échecs. Pendant ce temps, les agents du FBI fouillent de fond en comble l'ancien quartier général de fsociety dans l'espoir de trouver des indices. DiPierro croit toujours en ses chances de débusquer les pirates informatiques…

Elliot se retrouve dans le monde étrange et fantastique d'une sitcom des années 90. Il est en fait à l'hôpital après s'être fait tabasser par les hommes de Ray, qui n'a pas apprécié qu'Elliot mette le nez dans ses affaires. Angela pose la femtocell à l'étage d'E Corp où s'est installé provisoirement le FBI. Dom, qui l'a aperçue vient l'interroger.

Elliot tente de reconstituer la nuit où fsociety a fait tomber E Corp en discutant avec Mr. Robot. Il lui demande ce qu'il est advenu de Tyrell. Angela réussit à pirater les serveurs du FBI, mais se retrouve nez-à-nez avec DiPierro. Celle-ci la soupçonne immédiatement, de par son lien avec Allsafe. La jeune femme négocie alors avec Phillip Price pour se protéger. Pendant ce temps, Elliot est violemment agressé par les anciens clients de Ray…

Grâce à Angela, fsociety parvient à intercepter une conférence téléphonique du FBI. Les agents fédéraux révèlent l'existence d'une opération de mise sur écoute massive et illégale de plusieurs suspects. Darlene veut saisir cette opportunité pour mettre en ligne l'enregistrement afin de provoquer un scandale qui stoppera ce programme. Mais Susan Jacobs rentre chez elle et surprend les pirates. La situation dégénère…

Elliot réalise qu'il se trouve en prison, où il effectue une peine pour le piratage des données personnelles et le vol du chien de l'ex-petit-ami de sa thérapeute. Grâce à Whiterose, il est enfin libéré et Darlene l'attend à sa sortie. Il veut aussitôt reprendre les activités de fsociety, mais son trouble de la personnalité en relation avec Mr. Robot s'accentue. De son côté, Angela tente de récupérer des documents sensibles d'E Corp.

Phillip Pryce demande un service à Terry Colby : annexer le Congo pour y favoriser les intérêts de la Chine. Elliot se retrouve chez Joanna Wellick, qui lui ordonne de localiser les appels sur son portable pour retrouver son mari. Cisco convainc Darlene d'emmener Vincent à l'hôpital tandis que le FBI dresse son portrait-robot et le diffuse publiquement contre l'avis de Dipierro. Celle-ci craint que la Dark Army ne le tue.

Les mystérieux ravisseurs conduisent Angela dans une maison, où elle se trouve face à une enfant lui posant une série de questions absurdes. A l'hôpital, l'agent Dipierro, choquée mais indemne, veut continuer à enquêter, persuadée que cette dernière opération de la Dark Army était destinée à effacer des indices avant d'effectuer une attaque de plus grande ampleur. Mais son supérieur lui conseille de laisser tomber.

Darlene est interrogée par Dipierro, encore très choquée par la mort de Cisco. Joanna, qui a compris que Scott Knowles se cachait derrière les mystérieux appels, se rend chez lui. Elle trouve alors un homme dévasté par la mort de sa femme. Elliot a du mal à réaliser que Tyrell est bel et bien vivant et croit que son esprit lui joue encore des tours. Il le suit dans un bâtiment pour y effectuer une immense destruction.