Tíz évvel azután, hogy az állatokat meggyógyították, egy új veszély leselkedik az emberiségre. A hibridek, a hadsereg által kifejlesztetett egyedek támadják a lakosokat. Clementine meggyőződése, hogy apja életben van.

Mitch Morgen továbbra is fogságban van, és a kék diaszpóráról faggatják. Logan és Jackson a bombarobbanás elkövetőjének nyomába ered, és különös kapcsolatra bukkannak a hibridek támadásával kapcsolatban. Abraham kutatásai veszélybe sodorják családját.

Isaac-et elrabolják, Abraham pedig bármire hajlandó, hogy fiát kiszabadítsa a kormány karmaiból. Clementin készül megosztani apjával a nagy hírt, de ez veszélyeztetheti Mitch állapotát, akinek egy életét fenyegető szerkezetet ültettek az agyába fogsága idején.

A Jackson és Jamie közötti konfliktus újra felelevenedik, miután összefutottak egymással. Abraham és Dariella fiuk életéért cserébe Clementinet ajánlják. A csapat közösen ered Abigail nyomába, aki különeges szerkezettel éri el a hibridek figyelmét.

Clementine-t elrabolják, ám Leanne halálával az egyezség felbomlik. Jamiet letartóztatják gyilkosság vádjával, az ügyvédnek pedig Mitchet kéri fel, hogy segíthessen neki az Abigail utáni nyomozásban a nő letartóztatása után. Jackson egy különleges hibriddel találja szemben magát.

Abe szerint Clementine lehet a kulcs a sterilitás megszüntetéséhez. Jackson elmondja Tessának, mitől képes az elméjével irányítani az állatokat. Jamiet szabadon engedik, mert Leanne gyilkosságával kapcsolatban új gyanúsított kerül a rendőrség látókörébe.

Miután Mitch rájön, ki a titokzatos Mr. Duncan, minden áron próbálja az információt titokban tartani. A csapat közösen rajtaütést szervez Abigai táborhelye ellen, ahol a gyermekeket is fogva tartják, azonban a nőt nem sikerül elkapniuk. Abigail Clementine-re támad, s bár sérülést nem okoz neki, Abe biztosra szeretne menni, hogy a babával is minden rendben.

Mitch alteregója Duncan elmenekül, miután meghiúsult terve a a csapat kiiktatásáról. Jamie, Max és Abe a nyomába erednek. Jackson továbbra is Abigail fogja, akinél felbukkan Clementine gyermekének apja, az igazi Sam Parker.

Mialatt Abe és Max Abigail életéért küzd, Jamie titokban Mitch alteregóját, Duncant kényszeríti a nő meggyilkolására. Jackson Szöulba utazik, hogy Logannel együtt mintákat vegyenek a hibrid-petékből az ellenszer elkészítéséhez. Gyorsan kell dolgozniuk, a peték bármely pillanatban kikelhetnek.

Szöul városát karantén alá helyezték, a csapat pedig saját repülőgépük fogságába esik Abigail szökése után. A csapatnak csak pár órája van a túlélésre ebben a környezetben. Clementine-nél pedig megindul a szülés...

Clementine babájának születése után a csapat az IADG főhadiszállására igyekszik, hogy végre megalkothassák a sterilitás ellenszerét. Abigail azonban ismét feltűnik a színen, megakadályozva a tervet. Sam és Jackson konfliktusa megoldódni látszik, de minden megváltozik, amikor kiderül, Sam nem az, akinek eddig hitték.

A hibridek a gátat és a generátort támadják, Mitchnek pedig rá kell jönnie, hogyan hatástalaníthatja a jeladót az emberiség védelmében. Rájön, hogy Jackson képes egyedül megközelíteni az adó területét. Jacksonnak döntenie kell, vállalja-e az életveszélyes küldetést.