Члены экипажа оказались разбросанными в разных точках, основная задача — выжить, перегруппироваться и воссоединиться.

Воспоминания Четвёртого помогают выяснить, где находится тайная научная станция, откуда необходимо забрать причитающееся.

Третий попадает в занятную ситуацию, когда все события происходят по новой, чтобы решить такую проблему необходимо проявить смекалку и эрудицию, но над экипажем нависает опасность и не только из-за наличия опасного и тайного приобретения нового члена экипажа. В свою очередь Артефакт показывает Андроиду далеко идущие последствия всех событий и действий экипажа.

Новый член экипажа получает сообщение о выкупе, иначе пострадает не безразличный ему человек. Но найти выкуп весьма не простая и лёгкая задача, и всё оказывается весьма не просто на первый взгляд.

Рю Ишида в силу тяжёлых поражений в боевых действиях решается пойти на грубые действия, его действиями так или иначе желают воспользоваться его бывшие члены экипажа. И в свою очередь о себе дают знать незваные гости.

Рудная корпорация решает ускорить свои действия по активации тайного агента. С которым придётся столкнуться Разе и принять не простые решения.

На саммит отделившихся колоний происходит нападение, все участники экстренно покидают место секретного сбора, а тем временем на Разе происходят сбои, которые приводят к тайному вторжению. И только один член экипажа остаётся незамеченным и может найти путь к спасению.

При тестировании «Блинк драйва» происходит выброс электромагнитной энергии, который отключает всех членов экипажа. Когда все очнулись оказывается что корабль переместился во времени на 600 лет в прошлое, и единственное пригодное место для жизни является планета Земля. Экипажу предстоит выбраться из этой ситуации, постаравшись не навредить временной линии. К тому моменту к Рю Ишида поступает предложение о заключении альянса с одной из противоборствующих корпораций.

К Андроиду поступает сообщение от друга (который дал ей программу по эмуляции человеческих эмоций) с просьбой о помощи, так как они находятся в беде. При изучении кода обнаруживаются координаты, которые могут привести к Создателю. Но Третий не доверяет андроидам, и его недоверие весьма обосновано, поскольку у синтетиков имеются свои «тёмные» планы.

При изучении данных обнаруживается база Корпорации «Карликовая звезда», в которой находится секретный проект по инфильтрации агентов в различные структуры для скорейшей победы и контроля галактики в последующем. С этого момента Третий испытывает панический страх — его опасения не напрасны, потому что с этого момента может стоить жизни всему экипажу.

Путём ухищрений Рю Ишиде получается заманить к себе всех членов экипажа Разы. Предлагая в обмен на модуль «Блинк драйв» (мгновенный квантовый двигатель) немалые средства, но, чтобы члены экипажа согласились, он искушает каждого, чтобы посеять раздор и надломить волю команды, используя нежелаемые тайны прошлого и печальные секреты, о которых некоторые желают забыть. Пока тем временем Сама Империя Ишида трещит по швам, раздираемая войной и внутренними врагами, которые готовы нанести удар в любой момент.

На связь с Разой выходит Текку, и предлагает в виде акта доброй воли координаты, куда скрылся Бун, данные приводят к секретной базе Рудной корпорации, а именно к проекту «Феникс». Для атаки на базу Вторая обращается за помощью к Командору Трюффо, но всё идёт не по плану, новые союзы приводят к подставам бывших союзников. Всё это приводит к трагическим последствиям и к появлению новых проблем.