Deux, Trois et Quatre se réveillent sur Hypérion 8, une prison spatiale de haute sécurité. Un et Cinq y sont également mais dans une chambre du quartier du personnel où Six leur apprend que sa véritable identité est le lieutenant Kal Varrick appartenant à l'unité d'investigation spéciale de l'Autorité Galactique. Sa mission était de capturer l'équipage du Raza et il demande à Cinq et Un de témoigner contre les trois autres. Un est libéré grâce à l'intervention de son avocate et cherche toujours à élucider le meurtre de sa femme tandis que les autres font faces à la vie carcérale et cherchent à s'évader. Varrick donne à Cinq son véritable nom, Emily Kolburn et lui demande de l'aider à ouvrir son dossier personnel. Ils découvrent ainsi que l'AG savait pour la destruction d'une planète par les rebelles. Cinq est emmenée par le commandant Shadick, chef de la division des crimes graves de l'AG. Un est abattu par le vrai Jace Corso.

Emprisonné dans Hyperion-8, l'équipage doit négocier des tentatives d'assassinats, d'extraditions et de machinations derrière les coulisses alors qu'ils préparent leur évasion.

Le lien neuronal déclenche un problème dangereux et l'équipage commence à se tourner l'un contre l'autre en se cachant dans l'espace vide pour échapper à l'Autorité Galactique.

Le Raza fait une halte de plusieurs jours dans une station spatiale. Devon et Cinq réapprovisionnent l'infirmerie pour préparer entre autre l'opération de Six. Androïde fait une drôle de rencontre tandis que Trois tombe sur ses anciens coéquipiers, dont un certain Tanner...

Androïde installe une mise à jour lui permettant de se faire passer pour un humain. Elle peut ainsi se faire arrêter et pirater un ordinateur de l'Autorité Galactique. L'équipage du Raza découvre que c'est Jayce Corso qui a tué Un et décide d'aller le venger...

Pour aller chercher des réponses auprès d'Alicia, le Raza a besoin de carburant et d'argent. Nyx propose de voler un vaisseau qu'elle connaît et qui transporte de la drogue. Ce qu'elle ne dit pas, c'est que dans ce vaisseau, son frère est tenu captif...

Des clones de Trois, Quatre et Cinq sont envoyés dans la forteresse de Reynaud pour découvrir à quoi sert une mystérieuse carte. Ils apprennent qu'elle appartient à un système de déplacement très sophistiqué : l'Hyper Flash...

Deux est affaiblie et va bientôt mourir à cause de ses nanites, qui sont en fin de vie. Trois et Six partent en mission sur Terre, chez Dwarf Stars Technologies afin de récupérer des nanites plus perfectionnées...

Un virus s'attaque au vaisseau alors qu'Androïde est sur sa plateforme de charge. La simulation d'Androïde réussit presque à convaincre l'équipage que cette dernière est responsable du virus et qu'il faut la détruire...

Alors que Cinq est enlevé et que Trois vient à sa rescousse, le reste de l'équipage du Raza doit faire face à l'Autorité Galactique.

La fidélité de Quatre est mise à l'épreuve alors qu'il tente de récupérer le trône de Ishida...

Si, au début de leurs aventures, les six naufragés de l'espace se sont réveillés dans un vaisseau, c'est bien dans une prison qu'ils ouvrent cette fois les yeux. Tous essaient de comprendre le fonctionnement du lieu. Deux se lie d'amitié avec une des détenues, Nyx. Grâce à son aide, ils élaborent un plan d'évasion. Mais l'opération est remise en cause lorsque trois des reclus perdent soudainement la mémoire. Androïde, de son côté, installe un logiciel qui lui permet de se faire passer une humaine. Elle espère ainsi tromper la vigilance de l'Autorité Galactique.