ミネルバ環礁沖で海底地震が発生。震源地付近の深海調査ステーションから救難信号を受けて、バージルとゴードンが出動。ゴードンは海中での救出活動の中、地震を発生させていた装置を発見する。インターナショナル・レスキューがその装置を調べて行くと…。

不自然に起こった地震はフッドのたくらみだとわかった。地震は激しさを増しながら世界中に広がり、SOSが殺到。台北では地震の影響でソーラーコレクターパネルが調整不能に陥り、太陽光が街を焼きつくしてしまう恐れがでてきた。夜明け前に街を救うため、スコットとバージルはすぐさま救助に出動するのだが。

他の兄弟たちがレスキュー任務の中、アランは一人宇宙ゴミの回収作業をしていた。「つまらない任務」だと気分が乗らないアランだったが、回収したゴミの１つが動き出し、原因を突き止めるために近づいてみたところカウントダウンが始まった。実はゴミではなく、ステルス機雷だった。

南アフリカで突然放射線の数値が上昇。発生源を見つけるためスコットとバージルが緊急出動、閉鎖されたウラン鉱山を見つける。何者かが坑内へと侵入したため、鉱山の入口が開いてしまったことが原因だとわかったスコットは侵入者を突き止めるため、鉱山の地下深くに降りていく。一方、バージルが待機する地上では巨大な嵐が近づいており、一刻も早く鉱山の入口を閉鎖しなくてはならなかった…。

アップグレードされた新エンジンを搭載した旅客機ファイアーフラッシュがロンドンから飛び立った直後に姿を消す。偶然乗客として飛行機に乗り合わせていたケーヨは日光の角度の変化から飛行コースが変更されたことに気づき５号に連絡を試みるも、通信できない。さらに機内アナウンスに従い、酸素マスクを着用した乗客が次々に眠り込んでしまう事態に。原因を探るべくコックピットに忍び込んだケーヨは…。

ペネロープとお茶をするため、バージルはおばあちゃんを乗せてロンドンへと向かう。ところがロンドンの上空に差し掛かったところで突然２号のパワーがダウン。更に目の前には真っ暗な市街が広がっていた。なんとロンドン中が停電していたのだ。制御不能な２号をなんとか道路に不時着させることはできたが、本部と通信もできなければ自慢の装備も使えなかった。そんな状況でも助けを求める人の声を聞いたバージルは救助へと向かう…

高速でテスト走行をしていた機関車のコンピューターが突如反応しなくなって暴走を始める。スコットはブレインズを連れて１号で緊急出動。暴走を止めるため、ブレインズがケーブルを伝って機関車に飛び乗ることになったが、一人では無理だと判断したスコットは１号をリモート制御しながら、ブレインズと一緒に機関車へ。コンピューターは操作不能、前方には満員の通勤電車が走っていた…。

宇宙ステーションのサンダーバード５号が人工知能に乗っ取られてしまう。船外で作業をしていたジョンは締め出され、戻れなくなってしまう。自分の指示に従うようジョンは懸命に人工知能の説得を試みるが、全く応じようとしない。この人工知能は、ジョンが作ったコードから生まれたゲーム・プログラムが進化したものだった。酸素残量は刻々と減っていき、ジョンに死の危機が迫っていた…。

大規模な太陽フレアの影響で、小惑星の鉱山で作業中のドリルが中心核に達して大爆発が発生。小惑星は太陽との衝突コースに入ってしまう。作業員からのSOSを受け、アランとケーヨが緊急出動するが、小惑星の到着直前にまたもや大規模な太陽フレアが発生。アランの３号は制御不能な状態に陥ってしまう…。

鉱山事故から作業員を救出する際、バージルとゴードンは遺跡の入口のようなものを見つける。古代言語のデータベースで調べたところ、それは1100年頃この地域を支配していた王の墓だった。５か月後、墓の発掘作業を進めるハロルド教授の元へ、世界遺産協会の一員としてペネロープとパーカーが訪れる。教授に遺跡の財宝を狙っている疑いがあるからだった。更にパーカーに呼び出されたゴードンも加わり一同は遺跡の中へと入るが…

インド洋で巨大ハリケーンが発生。５号のジョンは、ハリケーンの上空、上部成層圏で気象調査をしているシルス・ステーションの様子が気になり通信を試みる。返事をしてきたのは、ステーションを開発したフィシュラー産業の経営者フィシュラーだった。ところが、フィシュラーがシルスの快挙を自慢げに語り始めている最中、ハリケーンの影響を受けたステーションは大気圏外へと上昇を始めてしまう。

小惑星での危機からインターナショナル・レスキューによって救助された作業員のネッドは、転職をして深海で有害廃棄物を除去する仕事に就いていた。ところが、今度は乗っている回収車で火災が発生、制御不能となり、またもや危険な状態に陥ってしまう。ネッドを救出するためバージルとゴードンが現場へ急行。一方、ジョンはネッドの雇い主であるハイドレクスラー社のCEOに連絡を取るが、様子がおかしい…

ブレインズの大学時代の仲間が研究のチームリーダーをつとめるリサーチセンターをアランはブレインズとともに訪れる。オタク仲間を予想していたアランだったが、驚いたことに現れたモファット教授は魅力的な女性だった。彼女の案内でアランたちは、稼働中のハドロン衝突型加速器を見せてもらう。アランは加速器の原子を衝突させるためのボタンを押すが、期待していたような大きな反応がおきずがっかりする。ところが…

33年ぶりにしし座流星群が観測された。しかしその結果、大量の隕石が月に降り注ぐことが判明、そこには月面基地「シャドー・アルファ・ワン」があった。基地には、トレーシー兄弟の父ジェフの旧友でインターナショナル・レスキューの創設にも関わったリー・テイラー大尉がいた。スコットはアランの３号に同乗し、５号のジョンと連絡を取りつつ大尉のレスキューに向かう。基地と通信を試みるが大尉からの応答はない…

バージルは自らの誕生日の朝、それとなく他の兄弟やおばあちゃんに話題をふるが、全員から話をはぐらかされてしまう。そこへ北極圏からのSOSが入ったため、一人救助へと向かう。SOSは「故障した」という一言だけだったので、救助はすぐにすむだろうと考えた兄弟たちはバージルのためのサプライズ・パーティーの準備を始める。一方、現場に到着したバージルは救助を要請した男性を発見するが…

モファット教授は新たに発見された量子「センチュリアム２－１」を世界防衛軍の研究所に運ぶため、ペネロープとパーカーが同行して、海底トンネルを走るレイキャビック急行でアイスランドへと向かっていた。そこへ、この量子を狙っていたフッドが巨大潜水艇でやってきて、海底トンネルの支柱を破壊してしまう。列車は緊急停止、トンネル内に水が流れ込んできたため、運転士はインターナショナル・レスキューに救助を求める。

任務続きの大変な１週間を終えてゆっくりできるかと思った兄弟たちだったが、そこへ再び救助要請が入る。SOSは北極圏にあるオーロラをエネルギー源とする発電所からで、過剰にエネルギーがたまり続けており、このままでは大規模な爆発を起こしかねない危機的な状況だった。スコットとバージルが現地へ向かうが、二人に同行したのは北極圏の厳しい環境にも耐えられるように改良されたマックスだった。果たして活躍やいかに？

野原でサンダーバード３号の模型を飛ばしていた少年エイデンと父ウィリアムズは、エネルギー泥棒が設置した音速採掘マシンを見つける。マシンを停止させようと中に入り、エネルギー省に通報するが、その直後に地面が陥没して親子は地中に埋もれたマシンのコントロール・セクションに閉じ込められてしまう。親子からの通報をキャッチしたインターナショナル・レスキューは救助のためゴードンとバージルを現地へと向かわせる。

大学の研究所で反物質の実験を行っていたラングレン教授が、最新技術の粋を集めて作られた格納庫の中に閉じ込められてしまう。世界防衛軍の要請を受けたパーカーが教授の救出に乗り出すことに。実は、パーカーはかつてその名をとどろかせた伝説の金庫破りだった！？パーカーが、インターナショナル・レスキューとともに救出に挑む！

冒険家のフランソワ・ラメアーが、妻マドレーヌと共に、スペースヨットで75年ぶりに地球に接近したハレーすい星の尾の中に入り、その模様を生中継しようとしていた。ところが、アランたちがＴＶで見ている目の前で、ヨットは巨大な物質に激突して放送が中断してしまう。アランたちは３号で救出に向かう。

アランは突然、クレイトン＝ワード邸に連れて行かれ、パーカーから自動車教習を受けることになる。教習車として使われるのは、旧式のFAB0（ファブ・ゼロ）だった。アランが車の猛特訓を受けてる最中、ペネロープの大おばのシルビアがお茶にやってきた。ふたりがお茶を楽しんでいると、そこへ現れたのは２人組の泥棒ビルとテリー…。

寸断された橋に世界防衛軍の運転手が取り残された。困っていたケイシー大佐たちのところに、インターナショナル・レスキューが駆けつけて、無事救出に成功。ところがその直後に橋が崩れ落ちてしまう。そこへ新任の副司令官ジャナス大佐が突如現れて、ケイシーに解任を伝えるとともに、インターナショナル・レスキューには今後出動する際に自分の許可を必ずとるように命じる。

ケーヨはサンダーバードＳ号を駆使して、暗号解読装置を盗んだ犯人を捕まえた。「人命救助が優先で犯人を捕まえるのは自分たちの仕事じゃない」と主張するスコットと対立するケーヨだったが、そこへ中央航空管制センターの機能が停止したために、世界中の空で飛行機が立往生していると緊急連絡が入る。ケーヨは管制センターに偵察に向かい、スコットとバージルは着陸できない飛行機を救うべく出動する。

ペネロープとパーカーは世界防衛軍のケーシー大佐の要請を受けておとり作戦に参加。バニーノという男から強力な磁場を発生させる発明品リパルサーを買い取ろうとする。犯罪捜査はインターナショナル・レスキューの本来の職務ではないため、スコットはケーヨを密かに見張りとして取引現場に向かわせる。

ケーヨはトレーシー兄弟に、自分とフッドとの関係を話そうとするが、世界各地で同時多発的に緊急事態が発生し、インターナショナル・レスキュー全員出動となり、タイミングを失してしまう。救難信号の発せられた各地に急行するも、どこにも遭難者は見つからない。ケーヨは罠ではないかと疑い、ブレインズとおばあちゃんにシェルターに隠れるよう連絡し、トレーシー・アイランドへ急ぎ戻るが…。