הצטרפותו של סאב-זירו ללוחמים מעוררת זכרונות וספקו בלבו של ליו קאנג וחוסר אמון בניניג'ות הקרח אצל סוניה והאחרים. כאשר המפקשה מותקפת, על סאב-זירו להוכיח את נאמנותו.

סקורפיון, יריבו של סאב-זירו, מארגן את צבא המתים המרושע שלו ונראה שידו על העליונה. על ליו קאנג להתגבר על חוסר האמון בכוחותיו ולהתייצב לבדו מול סקורפיון רב העוצמה.

ג'קס נפצע בקרב ומאבד את היכולת להניע את זרועותיו הביוניות. כך הוא מתעמת עם פחד המקנן בלבו - הוא איננו שווה ללא הכוח שלו.

פליטת אנרגיה מוזרה בגינאה החדשה מובילה את הלוחמים ל-"ריין", חבר ותיק של קיטאנה. הוא מודיע להם כי שאו קאהן מחפש נשק רב עוצמה החבוי במקדש סודי.

סאב-זירו יוצא להיפגש עם חברו "סמוק", שחוזר במפתיע לאחר שנעלם במשך שנים רבות, לאחר פקודת האוטומציה של הנינג'ות. סאב-זירו רוצה לדעת האם לחברו הוותיק יש עדיין נשמה של אדם.

כאשר קיינו יוצר חורים לא טבעיים על פני כדוה"א במטרה לייסר את המגינים, לוחמי כדוה"א יודעים שהדרקון השחור חוזר. זאב לילה משתמש בכוח הקסם שלו כדי לברר את מיקומם.

קוואן צ'י מוצא גביש קסם שבעזרתו הוא מסוגל להעיר את כל הרוע שבנפש האדם. באמצעותו המכשף משפיע על לוחמי כדוה"א וגורם להם לשנוא זה את זה.

שאו קאהן מקים לתחייה את שאנג טסונג ומפקיד בידיו כדור השולט ביסודות הטבע. שאנג טסונג הוא האדם המתאים לכך, מכיוון שככל שהאדון זדוני יותר כך קסם הכדור חזק יותר.

כאשר האויבת המרושעת של הנסיכה קיטאנה, מנהיגת האמזונות חוזרת, היא שובה את ג'קס. כעת קיטאנה וסוניה צריכות ללכת לכוכב הלכת אילקאן כדי להציל את חברם.

סוניה וסאב-זירו יוצאים לגלות את התוכנית של הדרקונים השחורים. כשהם מותקפים, סוניה ניצלת על ידי חבר לשעבר בדרקון השחור, קבאל - אחד הלוחמים הטובים ביותר בשבטו.

לג'קס נמאס מהקרבות האינסופיים וברצונו לעזוב. חבריו מנסים להניא אותו מכך, אך ג'קס מתעקש - הוא עוזב את החוליה והולך לביתו של סבו המת, שם הוא מכיר נערה בשם רובי.

מגיני הממלכה מתכוננים לקרב האחרון מול כוחות הרוע. קיטאנה מגיעה להסכם עם לוחמיה של שיבה על השליטה בכל חלקי העולם האפל. אך לא הכול כפי שהוא נראה.