Защитники Мира отражают нападение группы киборгов (похожих на рядовых солдат армии Шао Кана), возглавляемой Сектором и Сайрексом. Ситуация для Защитников складывалась весьма плохо, пока не вмешался Саб-Зиро и не помог Защитникам оттеснить нападавших обратно во Внешний Мир. Саб-Зиро пытается предупредить бойцов о грядущем вторжении Скорпиона, но Соня Блейд напоминает ему, что он предал свой клан.

Серия продолжается там, где закончился первый эпизод. Команда Защитников выясняет, что атака началась через древнюю усыпальницу в Тибетских горах. Наполненный силой тьмы, Скорпион, оживший мертвец, которого не приняли в мир павших воинов из-за его бесчестья, выбрался из мира падших душ и путешествует по всем мирам, собирая армию оживших мертвецов. Защитники следуют за Скорпионом во Внешний Мир, опасаясь атаки Шао Кана. Китана ведёт их в гробницу, в которой похоронены самые жестокие воины Внешнего Мира, такие как Шан Цзун. Скорпион планируется воскресить Шан Цзун, но его преследует Саб-Зиро, которые пытается помешать ему.

Новый опасный враг в виде смертельно опасных рептилий, возглавляемых Комодаем (ранее упоминавшийся как просто «Рептилия»). Во время схватки Комодай повредил кислотой бионические имплантаты Джакса, из-за чего тот потерял важный микрочип, без которого имплантаты не могут нормально функционировать. В результате этого Джакс потерял уверенность в себе, а Соня возвращается на место битвы, чтобы найти пропавший чип, но её похищает Комодай. В это время на Землю вторгаются четырёхрукие Шоканы во главе с Шивой, и остальные Защитники Земли вынуждены сражаться с ними, в то время как Джакс ищет пропавшую Соню. В ходе спасения Джаксу приходится полагаться не как обычно на свои имплантаты, а думать головой, что и помогает ему победить Комодая. И хотя Джакс говорит, что усвоил урок не полагаться исключительно на силу имплантатов, но все же надевает их обратно, объясняя это дополнительным преимуществом в бою.

Странный всплеск энергии в Новой Гвинее приводит к встрече Воинов Земли с Рэйном, бывшим возлюбленным Китаны, который как она считала был мертв уже довольно длительное время. Встреча Китаны и Рэйна вызывает ревность у Лю Кана. Рэйн сообщает им, что Шао Кан ищет могущественный жезл, скрытый в священном храме. Воины Земли готовятся к битве пока не стало поздно, но Рэйн их обманывает и похищает Китану. Лю Кан находит Рэйна в его замке, но после освобождения Китаны она сама решает защитить свою честь в битве с Рэйном. В ходе битвы начинает рушиться замок, в результате чего Рэйн убегает, а Лю Кан и Китана с помощью Рэйдена переносятся в безопасное место.

Саб-Зиро встречается со своим давним другом Смоуком, неожиданно вернувшимся после своего исчезновения много лет назад. Саб-Зиро и Смоук были лучшими друзьями до того, как Ониро, Великий мастер клана Лин Куэй, отдал приказ о превращении ниндзя в киборгов. Саб-Зиро спасаясь, сбежал из клана, а Смоук был пойман и превращен в киборга. Теперь Саб-Зиро пытается выяснить, сохранил ли его старый друг свою человеческую душу или стал лишь машиной для убийства. Смоук получает приказ уничтожить Саб-Зиро и почти его выполняет, но неожиданно вспоминает про свою человеческую душу и вновь объединяется с Саб-Зиро против Ониро. Вместе они одолевают Ониро и тот сбегает. Но Смоук говорит Саб-Зиро, что они больше не могут быть друзьями, поскольку Саб-Зиро стал врагом Лин Куэй, но при этом Смоук гордится их прежней дружбой и не хочет воевать против Саб-Зиро, после чего исчезает.

В битве против Шоканов Соня отказалась подчиниться приказу. В результате, Страйкер был серьёзно ранен. Он решает временно отстранить Соню от участия в группе, поскольку по его мнению она неспособна работать в команде с остальными. Обнаружив очередную атаку Страйкер приказывает Ночному Волку сражаться с воинами Шивы, вынудив его покинуть базу. Защищать базу остаются сам Страйкер, Соня и волчица Кива. Во время нападения Шоканов на базу Соня действует согласно приказам Страйкера, в результате чего им удается отразить нападение. После победы Страйкер говорит о том, что Соня выучила урок и может вновь вернуться ко своим обязанностям.

Кван Чи (указанный в оригинальном заголовке серии) захватил рубин Тетзурри — волшебный кристал, способный пробудить все самое худшее в человеческой душе. С его помощью колдун, представ в облике беглеца из Внешнего Мира, околдовал Воинов Земли, из-за чего они стали враждебны друг другу. В результате, Земля лишилась всякой защиты, и может быть легко захвачена Кван Чи, если бы не Ночной Волк, избежавший влияния рубина. Воины Земли летят на Затерру, чтобы уничтожить кристалл, но влияние кристалла мешает им выступить одной командой и они дерутся друг с другом. Но в бою они смогли преодолеть черноту в своих душах и помочь Ночному Волку уничтожить кристалл, а затем и прогнать Кван Чи.

Шао Кан воскрешает Шан Цзуна и дает ему сферу, способную контролировать силы природы (огонь, ветер, воду и землю). Шан Цзун благодаря своей огромной злобе — наиболее подходящий человек для управления сферой, поскольку чем злее хозяин сферы, тем сильнее разрушительная сила самой сферы. Шан Цзун создаёт глобальные природные катастрофы и ослабляет Рэйдена. Воины Земли попадают в ловушку Шан Цзуна и помочь им может лишь Бог грома. Таким образом, на Рэйдена ложится ответственность за судьбу всего мира. Но к счастью, даже сильно ослабленный Рэйден оказывается сильнее зла, усиленного сферой. Победив Шан Цзуна, Рэйден отправил его самого обратно к Шао Кану, а сферу — в один из миров, где её больше не смогут найти.

Эпизод начинается с битвы Китаны и предводительницы амазонок по имени Зара после смерти наставника Китаны Рамата. Действие происходит в мире Илкан. Прибывшая стража по приказу Китаны арестовывает Зару. Несмотря на то, что битва была прервана, Китана всегда знала, что однажды она продолжится. Много лет назад враги принцессы смогли вернуться и Зара нашла один из двух мечей Илкана. Когда сила двух мечей будет объединена, то они смогут открывать порталы в другие миры. Джакс, Соня и Китана переходят через один из обнаруженных порталов, но портал после них блокируется и не пропускает остальных Воинов Земли. Чтобы получить второй меч, Зара берет Джакса в заложники.

Соня и Саб-Зиро ищут логово Черных Драконов, но на них нападают в заброшенном театре. Соня получает ранения в бою, но её спасет Кабал — бывший член банды Черных Драконов. Несколько лет назад он был одним из лучших воинов банды, но Шао Кан узнал о пророчестве, которое гласило, что Кабалу суждено переродиться Избранным и стать на сторону добра, и приказал своим воинам убить Кабала. Кабал лишь чудом выжил в схватке с подосланными убийцами, но его лицо осталось страшно изуродованным, и он был вынужден носить респиратор чтобы скрывать лицо. Кано и его сообщники открыли портал, чтобы вывести армию Зла в другие миры. С помощью Кабала Воины Земли смогли помешать планам Кано и уничтожить портал. Воины Земли предлагают Кабалу присоединиться к ним, но он предпочитает продолжить свой крестовый поход против Черных Драконов в одиночку. Соня сильно потрясена историей Кабала и расстроена его уходом.

Джакс устал от бесконечных битв и решает уйти из команды, поселившись в уединенной хижине, доставшейся ему в наследство от деда. Там он знакомится с девушкой по имени Руби, которая на самом деле является тайным агентом Шао Кана. Она пытается выведать у него место расположения базы Воинов Земли. В результате внезапной атаки Джакса схватывают ниндзя Эрмака и заточают в пещере под замком Шао Кана, где готовятся для него пытки. Его друзья, тайно подсматривавшие за ним, узнают о похищении и идут ему на выручку, но попадают в ловушку Шао Кана и атакованы превосходящими силами. Когда их поражение становится очевидным, Руби решает помочь им и выводит через тайный выход. Джакс понимает, что мирная жизнь невозможна, пока Земля находится под угрозой вторжения из другого мира, и возвращается в группу.

В заключительной серии всего сериала Защитники Земли готовятся к решающей битве с силами Шао Кана. Битва назначена на пятитысячелетнюю годовщину гибели Джеррода, короля Эдении и отца Китаны. Они с большой тревогой готовятся к грядущей битве, осознавая свою малочисленность, но у Лю Кана свои причины для уныния: в случае победы Китана станет правительницей Эдении.