Nachdem sich die durchtriebenen Mitglieder der ersten Generation in alle Winde verstreut haben, erinnert sich nur noch Shigeo Shiba, der alte Leiter des Reparatur-Teams, an den längst vergangenen Ruhm der zweiten Abteilung.

Endlich kommt der lang ersehnte Befehl zu einem Notfalleinsatz! Wird es die Crew der SV2 schaffen, gegen den außer Kontrolle geratenen, industriellen Labor KURATAS 2000 einen glorreichen Sieg einzufahren?

INGRAM wird bei Testlauf beschädigt, bevor er bei einem Fest präsentiert werden soll. Gotoda bittet den Leiter des Reparatur-Teams um Hilfe. Sollten sie den Labor nicht in Gang bringen, ist es das Ende der SV2.

Akira Izumino, Pilotin des INGRAMs, ist eine unangefochtene Profigamerin in Kampfspielen. Doch dann trifft sie auf einen unerwartet starken Gegner, der sie vom Platz fegt. Sie unterzieht sich einem Spezialtraining und fordert ihn zu einer Revanche heraus.

Zwei Terroristen nehmen in einem Supermarkt Kunden und Angestellte als Geiseln. Unglücklicherweise gehören Akira, Yuma und Yamazaki, die zum Einkaufen dort sind, mit dazu. Als Gotoda davon erfährt, gibt er dem Rest der Crew den Befehl sie zu befreien.

Der Bürgermeister erfreut sich an dem Interesse für das Monster und schmiedet Pläne, es als Attraktion für Touristen zu benutzen. Die Ozeanografin Kotoko Nanami bleibt allerdings skeptisch und warnt, dass sich diese Pläne noch rächen werden.

Ein Bombenleger hat die SV2 ins Visier genommen und lässt eine Bombe nach der anderen innerhalb ihres Gebäudes explodieren - immer genau, wie der Täter es vorausgesagt hat. Doch Gotoda hat schon einen Plan.

Das Polizeipräsidium ernennt Kasha zur Leibwächterin eines russischen Abgeordneten, auf den ein Attentat geplant ist. Doch als Kasha herausfindet, dass der Attentäters ihr eigener Ausbilder ist, treffen beide zu einem alles entscheidenden Lehrer-Schüler-Duell aufeinander.

Nach ihrem Abstieg in die Kanalisation verschwindet das Reparatur-Team der SV2 spurlos. Hat der weiße Alligator, der in der Kanalisation unter dem Gebäude der alten SV2 gefangen sein soll, etwas damit zu tun? Die Crew der SV2 startet eine unterirdische Suchaktion.

Der Terrorist Ichiro Hachino ist aus dem Gefängnis ausgebrochen und hat es auf den militärischen Labor RT99 BAUUK abgesehen. Die SV2 erhält von der Abteilung für öffentliche Sicherheit einen Sonderauftrag ihn zu stoppen.

Ein Klassentreffen der Oberschule steht bevor. Doch scheint Akira als Einzige nicht sonderlich erfreut zu sein, da eine dunkle Episode ihrer Vergangenheit dort auf sie wartet, der sie sich stellen muss.

Der Nachfolger des Präsidenten des Polizeipräsidiums wird zu aller Übel der Leiter der Wachpolizei. Um seiner Karriere auf die Sprünge zu helfen, will er die teure Abteilung SV2 aufzulösen, die er schon immer loswerden wollte.