いまや特車二課の最古参となった整備班 班長 シバシゲオ。彼が語る、初代から今に至る特車二課の歴史とは？

特車二課は老朽化した98式イングラムと共にずっと待機を強いられている毎日だったが久しぶりの出動要請に色めき立つ隊員たち。

特車二課の解体を画策する上層部からの命令で警備部恒例の装備総点検に参加することになる。立つこともままならないイングラムで警視総監面前での礼砲は撃てるのか？

コンビニに今日も買い出しに駆り出された明と、大量の爆発物と重機関銃で武装したテロリストが運悪く遭遇。捕われた明を探しにきた、佑馬や山崎も次々と人質となっていった。後藤田隊長の秘策と共にイングラムとカーシャが動きだす。

熱海に巻き起こる謎のサーファー失踪事件。時を同じくして現れた、巨大な海棲生物。調査に乗り出した海洋学者：七海言子と、たまたま慰安旅行にきていた特車二課。果たして大怪獣は現れるのか！？

遂にその姿を現し、熱海の街を焼き尽くす大怪獣！それは財政復活を目論む市長の陰謀だった。海洋学者：七海に権力の魔の手が迫る中、傍観の特車二課。網代湾に度々浮かび上がる謎の巨大生物にイングラムのリボルバーカノンが火を噴くとき真実が明らかになる！

爆破予告電話に戸惑う二課メンバー。山崎の鳥小屋、二課棟オフィスが大爆発し棟内の大捜索する中、またもや起こる大爆発。緊急避難を余儀なくされた特車二課に迫る、さらなる大型爆弾の罠。

公安の依頼から来日中のロシア高官の特別警護に任命されたカーシャは“赤いゴルゴ”の異名を持つ元KGBの狙撃手と対峙する。彼はカーシャが、ロシア連邦保安庁時代に師と仰ぎ、ほのかに思いを寄せたセルゲイだった。

特車二課の居る埋立地に広がる地下迷宮で過去に捕獲された白ワニが、地価20億円の真珠を産んだニュースに沸き立つ二課棟の面々。白ワニを求め、欲望のままに潜り込んだ整備班を捜索するために、特車二課メンバーが編成される。

公安部から冷戦中に開発された旧ソ連製軍用レイバーRT99が、新潟経由で密輸されとの極秘情報と協力要請を受ける後藤田。テロリスト蜂野がレイバー強奪を狙って逃亡した為、明と佑馬が新潟出張に行く。

明が高校時代のほろ苦い思い出を胸に訪れた同窓会で出会ったのは、あの時、思いを遂げられなかったあの男だった。忘れかけていた女心に戸惑いつつも、懐かしい思い出に浸る明。しかし、男には隠された秘密があった。

病に倒れた警視総監の後継者人事が噂される中、何とか存続してきた特車二課の解体が遂に現実となり始めた。不穏な空気を察知した後藤田は、先代の隊長が特車二課の存続のために、警察内部に仕掛けた“遺産”を探り始めたどり着いたのは、かつて幻のクーデターを率い、いまは収監されている男だった。