Le voyage d'été de la classe 3E dans l'île touche à sa fin et Koro-sensei organise un test de courage pour tenter de créer quelques couples parmi ses élèves.

Quand Kaede imagine un plan pour tuer Koro-sensei avec un énorme pudding explosif, toute la classe l'aide à le fabriquer.

Grâce à son talent en électronique, Itona construit un gadget téléguidé pour attaquer Koro-sensei, mais les autres garçons veulent l'utiliser à des fins plus légères.

Asano découvre que le président de la classe 3E travaille à temps partiel et accepte de ne pas le dénoncer à une condition : les 3E doivent gagner un match contre les 3A.

Quand un raccourci mal négocié emmène un vieil enseignant à l’hôpital, Koro-sensei donne aux élèves à réfléchir sur leurs actes en gérant les petits écoliers du blessé.

Jouant les Cupidon, les élèves se débrouillent pour que Karasuma offre des fleurs à Irina. Mais celui-ci insulte Irina, et elle ne vient plus à l'école.

Karasuma et Koro-sensei tentent de sauver les élèves, mais quand le professeur est capturé par le Dieu de la mort, Karasuma et Irina font face à un choix difficile.

C'est le moment de faire des projets de carrière. Alors que sa mère veut le retirer de la classe 3E, Nagisa se demande s'il désire vraiment être un assassin.

Lors de la fête du collège Kunugigaoka, un concours permet de lever des fonds. 3E sert des plats cuisinés avec des ingrédients de montagne, mais 3A ne recule devant rien.

Les examens finaux arrivent rapidement et tandis que les 3A subissent un vrai lavage de cerveau pour haïr les 3E, Gakushu demande aux 3E de faire mieux que les 3A.

Lors de l'examen final, Karma et Gakushu rivalisent pour résoudre un difficile problème de maths. Et maintenant, c'est l'heure des résultats...

Koro-sensei déjoue le plan majeur conçu par Asano pour l'assassiner, laissant à celui-ci le dernier manuel scolaire et ses réflexions sur sa propre carrière d'enseignant.

Alors qu'ils nettoient le cabanon, Kaede attaque Koro-sensei, révélant un lien surprenant avec l'ancien professeur de la classe E, Aguri Yukimura.

La furie de Kaede va la tuer si Koro-sensei et les autres élèves n'interviennent pas immédiatement. Surprenant ses camarades, Nagisa tente le tout pour le tout.

Leur captivité dans le laboratoire de Yanagisawa a rapproché émotionnellement le Dieu de la mort et Aguri Yukimura. Mais l'une des souris de Yanagisawa fait tout déraper.

Nagisa veut sauver Koro-sensei, mais la classe ne parvient pas à un consensus. Koro-sensei suggère de résoudre le conflit dans un match de paintball.

Au terme du match de paintball, Karma et Nagisa restent seuls sur le terrain. Karma défie alors Nagisa en un duel ultime.

Aidés par leur classe, Nagisa, Karma et Ritsu se faufilent dans la fusée pour la Station spatiale internationale afin de trouver les données requises par Koro-sensei.

Les examens d'entrée au lycée et la Saint-Valentin approchent. Après avoir parlé avec Sakura, Nagisa envisage de faire carrière dans l'enseignement.

Koro-sensei décide de réaliser un album de fin d'année en utilisant ses propres photos. Alors que le temps presse, Nagisa évoque son projet d'enseignement avec lui.

Il ne reste plus que trois heures avant le chargement complet du laser. Les élèves lancent une ultime mission d'infiltration pour sauver Koro-sensei.

Le Dieu de la mort continue d'attaquer Koro-sensei avec Yanagisawa qui s'en prend maintenant aux élèves. Karasuma tente alors d'intervenir.

Si Kaede a survécu, Koro-sensei est très affaibli. Quand il exprime une dernière requête, les élèves de la classe 3E doivent décider d'honorer sa volonté ou pas.

La classe 3E assiste à la cérémonie de départ de Kunugigaoka. Avant la dispersion générale, Nagisa apprend que Koro-sensei lui a fait une dernière faveur.